抗体文献・データベース検索は何をしますか？

質問から証拠に基づいた情報へ、すべての引用は検証済みです。

解決してから書く

このセッションで取得されていない識別子は書き出されません。これはPMID、DOI、アクセッション番号、PDB ID、クローン名、カタログ番号、試験IDにも同様に適用されます。

以下の順序で厳密に進めます：

検索し、記憶から思い出さない。抗体および免疫学の引用は、この分野でもっとももっともらしく誤って生成されやすいものです。存在しない論文に対して、それらしい著者、ジャーナル、年が付与されることがあります。
出力に使用するすべての識別子のレコードを取得する。
レコードを主張と照合する。PMIDが解決したことは論文の存在を証明しますが、その論文が回答の主張を裏付けていることは証明しません。最低でもアブストラクを読み、測定方法に関する主張の場合は方法のセクションも読みます。
証明可能性を出力に含める — 識別子、タイトル、年、およびそのソースが実際に裏付けている内容。

ソースが解決できない場合は、その主張を「出典なし」として書くか、削除します。「この主張の参考文献を見つけられませんでした」と述べることは正しい回答です。

データベースレコードにも証明可能性が付随します。レコードはアクセッション番号に加えて、リソースがデータをバージョン管理している場合はリリースまたはバージョン、および取得日を添えて引用します — UniProt P04626 (retrieved 2026-11-13)、PDB 1N8Z、Thera-SAbDab trastuzumab、IEDB epitope ID 12345。データベースの内容はリリースごとに変化するため、バージョンのない単なるアクセッション番号は再現可能ではありません。二次的な要約よりも、一次ソース（実際に登録されたレコード）を優先します。

質問に応じたリソースの選択

質問	リソース
この標的、抗体、または方法について何が発表されていますか？	Europe PMC または PubMed
このタンパク質のドメイン、アイソフォーム、翻訳後修飾、配列は？	UniProt
この抗原について既知またはマッピングされたエピトープは？	IEDB
この複合体の構造はありますか？	RCSB PDB、次に抗体特異的アノテーションのためにSAbDab（VHHの場合はSAbDab-nano）
この標的に対して設計する前に知っておくべきことは？	標的ドシエ：references/target-dossier.md
この標的または方法に対してテストされた設計結合パートナーとその結果は？	Proteinbase
キャリブレーションに使用できる変異結合性または開発可能性データは？	SKEMPI 2.0、AB-Bind、Ginkgo Datapoints
名前の付いた治療用抗体の配列とフォーマットは？	Thera-SAbDab、IMGT/mAb-DB
この抗体配列は以前に発表または特許化されましたか？	PLAbDab
どのような生殖系列遺伝子と対立遺伝子が存在しますか？	IMGT/GENE-DB、OGRDB
このレパートリーまたはクロノタイプは研究で見られましたか？	OAS、iReceptor、VDJbase
どのような試験が存在し、どのフェーズですか？	ClinicalTrials.gov、EU CTIS、WHO ICTRP
承認済みまたは審査中の抗体は？	The Antibody Society's table、YAbS
この配列は特許で主張されていますか？	Google Patents、Lens.org、特許配列データベース
このタンパク質を標的とする市販抗体とその検証状況は？	antibody-reagent-selection

詳細、URL、APIノート：references/resources.md。クエリ構文と実践的なレシピ：references/search-recipes.md。

immuno MCPの使用

immuno MCPサーバーが接続されている場合（get_server_capabilitiesで確認）、これらのステップでは手書きのクエリよりもそれを優先します。すべての結果には引用のためのprovenanceが付随します。

resolve_identifierは、書き出す前にPDB ID、UniProtアクセッション番号、PMID、PMCID、DOIを確認します。
search_antibody_structuresはSAbDab2をクエリします。タンパク質名ではなく、UniProtアクセッション番号で検索します：「PD-1」や「Programmed cell death protein 1」などの名前をVHHフィルターとともに使用すると、2026-11-14時点では0行が返されましたが、アクセッション番号Q15116では51行が返されました。名前フィルターは25文字に一致し、種をチェックせず、抗原を異なる名前で登録しているエントリを見逃します。その後、get_structureでエントリ、そのCDR、およびその抗原鎖を取得します。
search_literatureの後、get_passagesでテキストを読み、引用します。タイトルだけでは証拠にならず、パッセージはcoverageが全文を示さない限りアブストラクのみです。
query_binding_dataはSKEMPI 2.0の行（ddG、Kd、ソースPMID）を返します。データセットは2018年からです。
サーバーが計画中とリストしているデータセット（OAS、AB-Bind、GDPa1、Adaptyv）はまだクエリできません。引用するのではなく、そのように伝えてください。

検索の幅

この分野では、単一のクエリではほとんど答えが得られません。直接的な検索以外の質問については、一度に複数の検索を実行し、語彙を変えてください。同じ対象には多くの名前があるからです：

標的：遺伝子シンボル、タンパク質名、CD番号、旧名、種。
抗体：INN、コード名（多くの場合ABC-123）、ブランド名、クローンID、創薬企業。
概念：メソッド名とその一般的な略語。

異なる語彙から同じ論文が繰り返し返ってくるようになったら終了します。その飽和が完了基準であり、固定された検索回数ではありません。

証拠を添えて要約する

回答に含める価値のある各論文について、references/reading-a-paper.mdのフィールド（標的、抗体とフォーマット、測定内容と方法、モデルシステム、コントロール、効果量、制限事項）を抽出し、以下の項目を常に区別します：

測定されたことと結論づけられたこと、
in vitro、動物、ヒトでの証拠、
査読済み vs プレプリント vs 学会抄録 vs 企業プレスリリース。

新しいまたは強調された順序ではなく、この階層に基づいて主張をランク付けします。陽性のフェーズ2を報告するプレスリリースは、公開された試験よりも弱い証拠であり、両方ともそのようにラベル付けされるべきです。

丁寧な取得

ここでの公開APIは無料ですが、レート制限があります。リクエストをバッチ化し、文書化された制限に従い、再取得せずにスクラッチパッドに結果をキャッシュします。

NCBIのE-utilitiesは、呼び出し元にtoolパラメータとemailパラメータで自己識別するよう求めています。汎用的なクライアント名を送信し、外部サービスへのリクエストにユーザー自身のメールアドレスを含める前にユーザーに確認を取ってください。

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