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Búsqueda de literatura y bases de datos de anticuerpos

Desde una pregunta hasta evidencia con fuente, con cada cita verificada.

Resolver antes de escribir

Un identificador que no se haya recuperado en esta sesión no se escribe. Esto aplica a PMIDs, DOIs, accesiones, PDB IDs, nombres de clon, números de catálogo e identificadores de ensayos por igual.

La disciplina, en orden:

1. Buscar, no recordar. Las citas de anticuerpos e inmunología son lo más fácil de generar de forma plausible pero incorrecta en este campo: el autor, revista y año que parecen correctos adjuntos a un artículo que no existe.
2. Recuperar el registro para cada identificador que aparecerá en la salida.
3. Coincidir el registro con la afirmación. Un PMID que se resuelve demuestra que el artículo existe, no que dice lo que la respuesta le atribuye. Lea al menos el resumen; lea los métodos cuando la afirmación sea sobre cómo se midió algo.
4. Llevar la procedencia a la salida — identificador, título, año y qué respalda realmente esa fuente.

Si una fuente no se puede resolver, escriba la afirmación como no fundamentada o elimínela. Decir "No pude encontrar una referencia para esto" es una respuesta correcta.

Los registros de bases de datos también llevan procedencia. Un registro se cita con su acceso más, si el recurso versiona sus datos, la versión o lanzamiento y la fecha en que se recuperó — UniProt P04626 (recuperado 2026-11-13), PDB 1N8Z, Thera-SAbDab trastuzumab, IEDB epitope ID 12345. El contenido de las bases de datos cambia entre versiones, por lo que un acceso sin versión no es reproducible. Prefiera la fuente primaria (el registro depositado) sobre un resumen secundario del mismo.

Elija el recurso según la pregunta

Pregunta	Ir a
¿Qué se ha publicado sobre este objetivo, anticuerpo o método?	Europe PMC o PubMed
¿Qué es esta proteína, sus dominios, isoformas, PTMs, secuencia?	UniProt
¿Qué epítopos se conocen o están mapeados para este antígeno?	IEDB
¿Existe una estructura de este complejo?	RCSB PDB, luego SAbDab (SAbDab-nano para VHH) para anotación específica de anticuerpos
¿Qué necesito saber sobre este objetivo antes de diseñar contra él?	el dosier del objetivo: references/target-dossier.md
¿Qué binders diseñados se probaron para este objetivo o mediante este método, y qué sucedió?	Proteinbase
¿Qué datos de unión mutacional o desarrollo existen para calibrar?	SKEMPI 2.0, AB-Bind, Ginkgo Datapoints
¿Cuál es la secuencia y formato de un anticuerpo terapéutico nombrado?	Thera-SAbDab, IMGT/mAb-DB
¿Se ha publicado o patentado esta secuencia de anticuerpo antes?	PLAbDab
¿Qué genes y alelos de línea germinal existen?	IMGT/GENE-DB, OGRDB
¿Se ha visto este repertorio o clonotipo en un estudio?	OAS, iReceptor, VDJbase
¿Qué ensayos existen y en qué fase?	ClinicalTrials.gov, EU CTIS, WHO ICTRP
¿Qué anticuerpos están aprobados o en revisión?	La tabla de The Antibody Society, YAbS
¿Se ha reclamado esta secuencia en una patente?	Google Patents, Lens.org, bases de datos de secuencias de patentes
¿Qué anticuerpos comerciales tienen como objetivo esta proteína, y están validados?	antibody-reagent-selection

Detalles, URLs y notas de API: references/resources.md. Sintaxis de consulta y recetas prácticas: references/search-recipes.md.

Con el immuno MCP

Cuando el servidor MCP immuno esté conectado (get_server_capabilities lo muestra), prefieralo a las consultas escritas a mano para estos pasos; cada resultado lleva provenance para citar.

• resolve_identifier confirma un PDB id, acceso de UniProt, PMID, PMCID o DOI antes de que se escriba.
• search_antibody_structures consulta SAbDab2. Busque por acceso de UniProt, no por nombre de proteína: un nombre como "PD-1" o "Programmed cell death protein 1" con el filtro VHH no devolvió filas el 2026-11-14, mientras que el acceso Q15116 devolvió 51. El filtro de nombre coincide con 25 caracteres, no verifica la especie y omite entradas que nombran el antígeno de manera diferente. Luego get_structure para la entrada, sus CDRs y sus cadenas de antígeno.
• search_literature y luego get_passages leen y citan el texto; un título solo no es evidencia, y los pasajes son solo de resumen a menos que coverage diga texto completo.
• query_binding_data devuelve filas de SKEMPI 2.0 (ddG, Kd, el PMID de la fuente). El conjunto de datos data de 2018.
• Los conjuntos de datos que el servidor lista como planeados (OAS, AB-Bind, GDPa1, Adaptyv) aún no se pueden consultar. Dígalo en lugar de citarlos.

Amplitud de búsqueda

Una sola consulta responde casi nada en este campo. Para cualquier pregunta más allá de una consulta directa, ejecute varias búsquedas en un lote y varíe el vocabulario, porque el mismo objeto tiene muchos nombres:

• el objetivo: símbolo génico, nombre de proteína, número CD, nombres anteriores, especie.
• el anticuerpo: INN, nombre en clave (a menudo ABC-123), nombre comercial, ID de clon, empresa originadora.
• el concepto: el nombre del método más su abreviatura común.

Deténgase cuando los mismos artículos sigan apareciendo de diferentes vocabularios. Esa saturación es el criterio de finalización, no un número fijo de búsquedas.

Resumir con la evidencia adjunta

Para cada artículo que gane un lugar en la respuesta, extraiga los campos en references/reading-a-paper.md — objetivo, anticuerpo y formato, qué se midió y cómo, sistema modelo, controles, tamaño del efecto, limitaciones — y distinga en todo momento:

• qué se midió versus qué se concluyó,
• evidencia in vitro, animal y humana,
• revisado por pares versus preprint versus resumen de conferencia versus comunicado de prensa de la empresa.

Clasifique las afirmaciones según esa jerarquía en lugar de por lo reciente o enfáticas que sean. Un comunicado de prensa que informe un ensayo de fase 2 positivo es evidencia más débil que el ensayo publicado, y ambos deben etiquetarse como lo que son.

Recuperar de forma educada

Las APIs públicas aquí son gratuitas y con límite de velocidad. Procese por lotes, respete los límites documentados y almacene en caché los resultados en el scratchpad en lugar de volver a recuperarlos.

Las E-utilities del NCBI piden a los usuarios que se identifiquen con parámetros tool y email. Envíe un nombre de cliente genérico y pregunte al usuario antes de poner su propia dirección de correo electrónico en una solicitud a cualquier servicio externo.