抗体文献与数据库搜索 是做什么的？
从问题到有来源支撑的证据，每一条引用都经过验证。
先解析，再写入
任何在本会话中尚未获取的标识符都不应被写入。这适用于PMID、DOI、登录号、PDB ID、克隆名称、目录号和试验ID。
按顺序执行以下纪律：
- 搜索，而非回忆。 抗体与免疫学引用是该领域最容易合理错误生成的内容：看起来正确的作者、期刊和年份，但对应的论文却不存在。
- 获取记录：对于输出中出现的每一个标识符，都要获取其原始记录。
- 将记录与主张匹配。 一个可解析的PMID只证明论文存在，不证明它支持答案所归因的内容。至少阅读摘要；当主张涉及测量方式时，需阅读方法部分。
- 在输出中携带来源信息——标识符、标题、年份，以及该来源实际支持的内容。
如果某个来源无法解析，则将相关主张标记为无来源或直接删除。说出“我找不到该说法的参考文献”是一个正确的答案。
数据库记录也附带有来源信息。记录引用时应包含其登录号，如果资源对数据进行了版本控制，还应包含版本号或发布日期以及检索日期——例如 UniProt P04626 (retrieved 2026-11-13)、PDB 1N8Z、Thera-SAbDab trastuzumab、IEDB epitope ID 12345。数据库内容在不同版本之间会发生变化，因此仅提供无版本的登录号是无法复现的。优先使用主要来源（已提交的记录），而非其次级总结。
根据问题选择资源
| 问题 | 前往 |
|---|---|
| 关于某个靶点、抗体或方法，已有哪些发表内容？ | Europe PMC 或 PubMed |
| 这个蛋白质的结构域、异构体、翻译后修饰、序列是什么？ | UniProt |
| 该抗原已知或已定位的表位有哪些？ | IEDB |
| 这个复合物是否有结构？ | RCSB PDB，然后对于抗体特异性注释，使用 SAbDab（VHH 使用 SAbDab-nano） |
| 在设计针对该靶点的方案前，我需要了解什么？ | 靶点档案：references/target-dossier.md |
| 针对该靶点或通过该方法的哪些设计结合剂被测试过，结果如何？ | Proteinbase |
| 有哪些突变结合或可开发性数据可用于校准？ | SKEMPI 2.0, AB-Bind, Ginkgo Datapoints |
| 某个已知治疗性抗体的序列和格式是什么？ | Thera-SAbDab, IMGT/mAb-DB |
| 该抗体序列是否曾发表或申请专利？ | PLAbDab |
| 存在哪些胚系基因和等位基因？ | IMGT/GENE-DB, OGRDB |
| 某个研究是否曾观察到该库组或克隆型？ | OAS, iReceptor, VDJbase |
| 有哪些试验存在，以及它们处于什么阶段？ | ClinicalTrials.gov, EU CTIS, WHO ICTRP |
| 哪些抗体已获批或正在接受审评？ | The Antibody Society's table, YAbS |
| 某个序列是否已在专利中声明？ | Google Patents, Lens.org, patent sequence databases |
| 哪些商业抗体靶向该蛋白质，并且它们是否经过验证？ | antibody-reagent-selection |
详细信息、URL 和 API 说明：references/resources.md。查询语法和实用示例：references/search-recipes.md。
与 immuno MCP 配合使用
当 immuno MCP 服务器已连接（get_server_capabilities 显示时），对于以下步骤，优先使用它而非手动编写查询；每个结果都带有 provenance 用于引用。
resolve_identifier在写入前确认 PDB ID、UniProt 登录号、PMID、PMCID 或 DOI。search_antibody_structures查询 SAbDab2。按 UniProt 登录号而不是蛋白质名称搜索：例如名称“PD-1”或“Programmed cell death protein 1”加上 VHH 过滤器，在 2026-11-14 返回零行，而登录号 Q15116 返回了 51 条结果。名称过滤器匹配 25 个字符，不检查物种，并会遗漏那些抗原命名不同的条目。然后对条目、其 CDR 和抗原链使用get_structure。search_literature随后使用get_passages阅读并引用文本；只有标题不足以作为证据，并且除非coverage表明为全文，否则仅返回摘要。query_binding_data返回 SKEMPI 2.0 行（ddG、Kd、来源 PMID）。该数据集日期为 2018 年。- 服务器计划中的数据集（OAS、AB-Bind、GDPa1、Adaptyv）目前尚不可查询。应如实说明，而非引用它们。
搜索广度
单一查询几乎无法回答该领域的任何问题。对于任何超出直接查找的问题，应一次性运行多个搜索，并变换词汇，因为同一对象有多个名称：
- 靶点：基因符号、蛋白质名称、CD 编号、曾用名、物种。
- 抗体：INN、代码名称（通常是
ABC-123）、品牌名称、克隆 ID、创始公司。 - 概念：方法名称及其常见缩写。
当不同词汇开始反复返回相同的论文时停止。这种饱和状态是完成标准，而不是固定的搜索次数。
总结并附上证据
对于每篇值得在回答中提及的论文，提取 references/reading-a-paper.md 中的字段——靶点、抗体和格式、测量的内容及方法、模型系统、对照、效应大小、局限性——并始终区分：
- 测量的内容与结论的内容，
- 体外、动物和人体证据，
- 同行评审与预印本与会议摘要与公司新闻稿。
按此层级排序主张，而非按其更新时间或强调程度。报告阳性 2 期试验的新闻稿是比已发表的试验更弱的证据，两者都应被标记为它们实际是什么。
礼貌地获取数据
这里的公共 API 是免费且受速率限制的。批量请求时，遵守文档规定的限制，并将结果缓存在草稿板中，而非重复获取。
NCBI 的 E-utilities 要求调用者使用 tool 和 email 参数标识自己。发送一个通用客户端名称，并在将用户自己的电子邮件地址发送到任何外部服务之前询问用户。