Pesquisa de literatura e bancos de dados sobre anticorpos
Do questionamento à evidência com fonte, cada citação verificada.
Resolver antes de escrever
Um identificador que não foi buscado nesta sessão não é escrito. Isso se aplica a PMIDs, DOIs, accessions, PDB IDs, nomes de clones, números de catálogo e IDs de ensaios clínicos.
A disciplina, nesta ordem:
- Buscar, não recordar. Citações de anticorpos e imunologia são a coisa mais fácil neste campo de gerar de forma plausível e errada: o autor, periódico e ano de aparência correta anexados a um artigo que não existe.
- Obter o registro para cada identificador que aparecer na saída.
- Combinar o registro com a afirmação. Um PMID que resolve prova que o artigo existe, não que ele diz o que a resposta atribui a ele. Leia o resumo no mínimo; leia os métodos quando a afirmação for sobre como algo foi medido.
- Carregar a proveniência na saída — identificador, título, ano, e o que essa fonte realmente suporta.
Se uma fonte não puder ser resolvida, escreva a afirmação como sem fonte ou descarte-a. Declarar "Não consegui encontrar uma referência para isso" é uma resposta correta.
Registros de bancos de dados também carregam proveniência. Um registro é citado com seu accession mais, quando o recurso versiona seus dados, a versão e a data em que foi recuperado — UniProt P04626 (recuperado em 2026-11-13), PDB 1N8Z, Thera-SAbDab trastuzumab, IEDB epitope ID 12345. O conteúdo do banco de dados muda entre versões, portanto um accession simples sem versão não é reproduzível. Prefira a fonte primária (o registro depositado) a um resumo secundário dele.
Escolha o recurso pela pergunta
| Pergunta | Vá para |
|---|---|
| O que está publicado sobre este alvo, anticorpo ou método? | Europe PMC ou PubMed |
| O que é esta proteína, seus domínios, isoformas, PTMs, sequência? | UniProt |
| Quais epítopos são conhecidos ou mapeados para este antígeno? | IEDB |
| Existe uma estrutura deste complexo? | RCSB PDB, depois SAbDab (SAbDab-nano para VHHs) para anotação específica de anticorpo |
| O que preciso saber sobre este alvo antes de projetar contra ele? | o dossiê do alvo: references/target-dossier.md |
| Quais ligantes projetados foram testados para este alvo ou por este método, e o que aconteceu? | Proteinbase |
| Quais dados de ligação mutacional ou desenvoltura existem para calibrar? | SKEMPI 2.0, AB-Bind, Ginkgo Datapoints |
| Qual é a sequência e formato de um anticorpo terapêutico nomeado? | Thera-SAbDab, IMGT/mAb-DB |
| Esta sequência de anticorpo já foi publicada ou patenteada antes? | PLAbDab |
| Quais genes e alelos de linhagem germinativa existem? | IMGT/GENE-DB, OGRDB |
| Este repertório ou clonótipo já foi visto em um estudo? | OAS, iReceptor, VDJbase |
| Quais ensaios clínicos existem e em que fase? | ClinicalTrials.gov, EU CTIS, WHO ICTRP |
| Quais anticorpos são aprovados ou estão em revisão? | Tabela da The Antibody Society, YAbS |
| Esta sequência foi reivindicada em uma patente? | Google Patents, Lens.org, bancos de dados de sequências de patentes |
| Quais anticorpos comerciais visam esta proteína, e são validados? | antibody-reagent-selection |
Detalhes, URLs e notas de API: references/resources.md. Sintaxe de consulta e receitas práticas: references/search-recipes.md.
Com o immuno MCP
Quando o servidor MCP immuno estiver conectado (get_server_capabilities mostra ele), prefira-o a consultas escritas manualmente para estas etapas; cada resultado carrega provenance para citar.
resolve_identifierconfirma um PDB id, UniProt accession, PMID, PMCID ou DOI antes de ser escrito.search_antibody_structuresconsulta SAbDab2. Busque por UniProt accession, não por nome da proteína: um nome como "PD-1" ou "Programmed cell death protein 1" com o filtro VHH não retornou linhas em 2026-11-14, enquanto o accession Q15116 retornou 51. O filtro de nome corresponde a 25 caracteres, não verifica espécie, e perde entradas que nomeiam o antígeno de forma diferente. Depoisget_structurepara a entrada, seus CDRs e suas cadeias de antígeno.search_literaturedepoisget_passageslêem e citam o texto; um título sozinho não é evidência, e passagens são apenas resumo a menos quecoveragediga texto completo.query_binding_dataretorna linhas do SKEMPI 2.0 (ddG, Kd, o PMID de origem). O conjunto de dados data de 2018.- Conjuntos de dados que o servidor lista como planejados (OAS, AB-Bind, GDPa1, Adaptyv) ainda não são consultáveis. Diga isso em vez de citá-los.
Amplitude de busca
Uma única consulta quase não responde a nada neste campo. Para qualquer pergunta além de uma consulta direta, execute várias buscas em um lote e varie o vocabulário, porque o mesmo objeto tem muitos nomes:
- o alvo: símbolo do gene, nome da proteína, número CD, nomes anteriores, espécie.
- o anticorpo: INN, nome de código (frequentemente
ABC-123), nome de marca, ID do clone, empresa originadora. - o conceito: o nome do método mais sua abreviatura comum.
Pare quando os mesmos artigos continuarem retornando de diferentes vocabulários. Essa saturação é o critério de conclusão, não um número fixo de buscas.
Sumarize com a evidência anexada
Para cada artigo que ganha um lugar na resposta, extraia os campos em references/reading-a-paper.md — alvo, anticorpo e formato, o que foi medido e como, sistema modelo, controles, tamanho do efeito, limitações — e distinga ao longo de todo:
- o que foi medido versus o que foi concluído,
- evidência in vitro, animal, e humana,
- revisado por pares versus preprint versus resumo de conferência versus comunicado de imprensa da empresa.
Classifique as afirmações por essa hierarquia em vez de quão recentes ou enfáticas são. Um comunicado de imprensa relatando uma fase 2 positiva é evidência mais fraca do que o ensaio publicado, e ambos devem ser rotulados como o que são.
Buscando educadamente
As APIs públicas aqui são gratuitas e com limite de taxa. Agrupe requisições, obedeça aos limites documentados, e armazene resultados em cache no scratchpad em vez de buscá-los novamente.
Os E-utilities do NCBI pedem que os chamadores se identifiquem com parâmetros tool e email. Envie um nome de cliente genérico, e pergunte ao usuário antes de colocar seu próprio endereço de e-mail em uma requisição a qualquer serviço externo.