抗體文獻與資料庫搜尋
從問題到有來源的證據，每個引用都經過驗證。
先解析再撰寫
任何在本會期中尚未被獲取的標識符，都不會寫入輸出中。這適用於 PMID、DOI、存取號、PDB ID、克隆名稱、目錄號碼和試驗編號。
紀律如下：
- 搜尋，而非回憶。抗體和免疫學的引用是這個領域中最容易看似合理但錯誤生成的：看起來正確的作者、期刊和年份，卻附在一篇不存在的論文上。
- 獲取記錄：針對每個將出現在輸出中的標識符，獲取其記錄。
- 將記錄與主張進行比對：一個可解析的 PMID 證明論文存在，但並不證明它說明了答案所歸因的內容。至少閱讀摘要；當主張涉及某個測量方法時，則需閱讀方法部分。
- 將來源資訊帶入輸出：包含標識符、標題、年份，以及該來源實際支持的內容。
如果無法解析來源，則將主張標記為無來源或直接刪除。陳述「我找不到此論點的參考資料」是一個正確的答案。
資料庫記錄本身也帶有來源資訊。記錄應以其存取號加上資源版本（若有版本管理）、發行版或版本號以及檢索日期來引用，例如 UniProt P04626 (retrieved 2026-11-13)、PDB 1N8Z、Thera-SAbDab trastuzumab、IEDB epitope ID 12345。資料庫內容會在版本之間變更，因此僅有存取號而無版本是不可重現的。應優先使用主要來源（已提交的記錄），而非次要的摘要。
根據問題選擇資源
| 問題 | 請前往 |
|---|---|
| 關於這個目標、抗體或方法有哪些已發表的資料？ | Europe PMC 或 PubMed |
| 這個蛋白質的結構域、異構體、轉譯後修飾和序列為何？ | UniProt |
| 已知或已定位的此抗原表位有哪些？ | IEDB |
| 是否有這個複合體的結構？ | RCSB PDB，然後針對抗體專用註釋使用 SAbDab（VHH 使用 SAbDab-nano） |
| 在針對此目標進行設計之前，我需要知道什麼？ | 目標資料檔案：references/target-dossier.md |
| 哪些設計的結合劑已針對此目標或透過此方法進行測試，結果如何？ | Proteinbase |
| 有哪些突變結合或可開發性數據可供校準？ | SKEMPI 2.0、AB-Bind、Ginkgo Datapoints |
| 已知治療性抗體的序列和格式為何？ | Thera-SAbDab、IMGT/mAb-DB |
| 此抗體序列之前是否曾被發表或申請專利？ | PLAbDab |
| 存在哪些種系基因和等位基因？ | IMGT/GENE-DB、OGRDB |
| 此受體庫或克隆型是否曾在某項研究中出現？ | OAS、iReceptor、VDJbase |
| 有哪些試驗存在以及處於第幾期？ | ClinicalTrials.gov、EU CTIS、WHO ICTRP |
| 哪些抗體已獲批准或正在審查中？ | The Antibody Society 的表格、YAbS |
| 此序列是否已在專利中被主張？ | Google Patents、Lens.org、專利序列資料庫 |
| 有哪些商業抗體針對此蛋白質，並且是否經過驗證？ | antibody-reagent-selection |
詳細資訊、URL 和 API 說明：references/resources.md。查詢語法和操作範例：references/search-recipes.md。
使用 immuno MCP
當 immuno MCP 伺服器連線時（get_server_capabilities 顯示已連線），對於這些步驟應優先使用它而非手動查詢；每個結果都帶有 provenance 可供引用。
resolve_identifier在撰寫前確認 PDB ID、UniProt 存取號、PMID、PMCID 或 DOI。search_antibody_structures查詢 SAbDab2。請使用 UniProt 存取號搜尋，而非蛋白質名稱：例如，使用 "PD-1" 或 "Programmed cell death protein 1" 加上 VHH 過濾器在 2026-11-14 時未回傳任何結果，而使用存取號 Q15116 則回傳了 51 筆。名稱過濾器僅比對 25 個字元，不檢查物種，且會錯過抗原名稱不同的條目。接著使用get_structure獲取條目、其 CDR 和抗原鏈。search_literature接著使用get_passages閱讀並引用文本；僅有標題不算證據，且除非coverage標示為全文，否則 passages 僅限於摘要。query_binding_data回傳 SKEMPI 2.0 的數據列（ddG、Kd、來源 PMID）。該數據集源自 2018 年。- 伺服器列為計畫中的數據集（OAS、AB-Bind、GDPa1、Adaptyv）目前尚無法查詢。請如實告知，而非引用它們。
搜尋廣度
在抗體領域，單一查詢幾乎無法回答任何問題。對於任何超出直接查找範圍的問題，應在一次批次中執行多次搜尋，並變換詞彙，因為同一對象有許多名稱：
- 目標：基因符號、蛋白質名稱、CD 編號、舊名、物種。
- 抗體：INN、代碼名稱（通常為
ABC-123）、品牌名稱、克隆 ID、原始研發公司。 - 概念：方法名稱及其常見縮寫。
當不同詞彙反覆回傳相同論文時停止。此飽和狀態即為完成條件，而非固定搜尋次數。
摘要時附上證據
對於每篇納入答案的論文，提取 references/reading-a-paper.md 中的欄位——目標、抗體和格式、測量內容及方法、模型系統、對照組、效應量、限制——並全程區分：
- 測量的內容與結論的內容，
- 體外、動物和人類證據，
- 同儕審查文獻與預印本和會議摘要以及公司新聞稿。
根據此層級排序主張，而非根據其新穎程度或強調程度。報導陽性二期結果的新聞稿是比已發表的試驗更弱的證據，且兩者都應明確標示其性質。
禮貌性獲取
此處的公共 API 是免費的，但有速率限制。請批次處理請求，遵守文件中的限制，並在暫存區中快取結果，而非重新獲取。
NCBI 的 E-utilities 要求呼叫者使用 tool 和 email 參數來識別自身。請發送一個通用的客戶端名稱，並在將使用者自己的電子郵件地址用於任何外部服務的請求之前，先詢問使用者。