pacsomatic

pacsomatic 是做什么的？

概述

本技能为 nf-core/pacsomatic 提供了一个可复现的执行工作流，核心是一个单一辅助入口点，用于处理验证、工件生成和可选执行。

主要入口点：

• scripts/run_pacsomatic.py

辅助脚本的功能：

• 验证所需的标识符、文件、参考模式和运行时前提条件
• 写入与 pacsomatic 兼容的样本表（patient,sample,status,bam,pbi）
• 生成参数 YAML 和启动脚本以实现可复现的重新运行
• 支持 dry-run 验证和运行/提交执行路径

将此技能作为 pacsomatic 操作的默认路径。除非用户明确要求手动构建命令，否则不要通过手动拼接 nextflow run nf-core/pacsomatic 命令来绕过它。

何时使用此技能

当用户要求执行以下操作时调用此技能：

• 从 BAM 文件运行配对肿瘤-正常分析
• 生成或修复 pacsomatic 样本表和启动工件
• 在本地执行或提交到调度器（LSF/Slurm/PBS/SGE）
• 在执行前进行 dry-run 验证
• 排查启动失败或总结运行输出

以下情况不使用此技能：

• 超出运行级健全性检查的深度生物学解释
• 除非明确要求，否则编辑管道内部逻辑

典型触发短语：

• "运行 nf-core/pacsomatic 分析这对肿瘤-正常样本"
• "准备 pacsomatic 样本表和启动脚本"
• "先做一次 dry run，告诉我缺少什么"
• "将 pacsomatic 提交到 slurm/lsf 并返回作业 ID"
• "为什么 pacsomatic 提交失败了"

路由与执行规则

1. 始终先收集所需的运行输入。
2. 始终通过 scripts/run_pacsomatic.py 进行验证和工件生成。
3. 当用户仅要求检查/验证时，默认使用 --dry-run。
4. 仅当用户要求执行/提交时使用 --run。
5. 对于调度器模式，包含执行器特定的资源参数，并在可用时返回检测到的作业 ID。
6. 如果执行失败，报告第一个失败点以及下一步排查目标（.nextflow.log、pipeline_info、失败的任务日志）。

所需输入

必需：

• 肿瘤 BAM 路径
• 正常 BAM 路径
• 患者 ID
• 肿瘤样本 ID
• 正常样本 ID
• 输出目录
• 恰好一种参考模式：--fasta 或 --genome

可选：

• profile、资源、调度器账户/队列
• 管道版本（-r）
• 参数文件、resume/report/dag 标志
• --dry-run 和/或 --run

工作流

1. 验证标识符和输入约束。
2. 验证所需的本地路径（BAM、可选的 PBI、可选的 FASTA）。
3. 解析运行时和依赖检查。
4. 构建样本表和生成的参数 YAML。
5. 为所选执行器生成启动脚本。
6. 如果指定了 --dry-run 而未指定 --run，则在工件生成后停止。
7. 如果指定了 --run，则在本地执行或提交到调度器。
8. 返回命令/脚本路径、验证状态和作业 ID（如果检测到）。

代理响应契约

每次调用后的响应必须包括：

• 使用的确切命令或生成的脚本路径
• 确认验证检查已运行
• 运行类型（dry-run 或 run）
• 调度器作业 ID（如果可用）
• 一个具体的下一步验证/排查操作

快速开始

Dry-run：

python scripts/run_pacsomatic.py \
  --tumor-bam /path/to/tumor.bam \
  --normal-bam /path/to/normal.bam \
  --patient-id P001 \
  --tumor-sample-id P001_T \
  --normal-sample-id P001_N \
  --outdir /path/to/output \
  --genome GRCh38 \
  --profile singularity,sanger \
  --dry-run

调度器执行示例（Slurm）：

python scripts/run_pacsomatic.py \
  --tumor-bam /path/to/tumor.bam \
  --normal-bam /path/to/normal.bam \
  --patient-id P001 \
  --tumor-sample-id P001_T \
  --normal-sample-id P001_N \
  --outdir /path/to/output \
  --genome GRCh38 \
  --profile singularity,sanger \
  --executor slurm \
  --queue compute \
  --project my_account \
  --cpus 16 \
  --memory-gb 64 \
  --walltime 48:00 \
  --run

配置

使用 config.yaml 作为 profile/executor/runtime 默认值的基线。当用户需求不同时，可在调用时覆盖。

测试

从技能根目录运行单元测试：

python -m unittest discover -s tests/pacsomatic -v

参考资料

• references/agent-playbook.md
• references/config-and-output.md
• references/pacsomatic_guide.md
• scripts/run_pacsomatic.py