pacsomatic

¿Qué hace pacsomatic?

Visión General

Esta habilidad proporciona un flujo de trabajo de ejecución reproducible para nf-core/pacsomatic, centrado en un único punto de entrada auxiliar que maneja la validación, la generación de artefactos y la ejecución opcional.

Punto de entrada principal:

• scripts/run_pacsomatic.py

El script auxiliar:

• valida los identificadores requeridos, archivos, modo de referencia y prerrequisitos de ejecución
• escribe un muestrario compatible con pacsomatic (patient,sample,status,bam,pbi)
• genera un YAML de parámetros y un script de lanzamiento para reejecuciones reproducibles
• soporta validación en modo --dry-run y rutas de ejecución/envió

Utiliza esta habilidad como la ruta predeterminada para operaciones con pacsomatic. No la evites con comandos nextflow run nf-core/pacsomatic ensamblados manualmente a menos que el usuario solicite explícitamente la construcción manual de comandos.

Cuándo Usar Esta Habilidad

Invoca esta habilidad cuando el usuario pida:

• ejecutar análisis tumor-normal emparejados a partir de archivos BAM
• generar o corregir el muestrario y los artefactos de lanzamiento de pacsomatic
• ejecutar localmente o enviar a planificadores (LSF/Slurm/PBS/SGE)
• realizar una validación previa (dry-run) antes de la ejecución
• solucionar fallos de lanzamiento o resumir los resultados de la ejecución

No uses esta habilidad para:

• interpretación biológica profunda más allá de comprobaciones de cordura a nivel de ejecución
• editar los componentes internos del pipeline a menos que se solicite explícitamente

Frases típicas que activan esta habilidad:

• "ejecuta nf-core/pacsomatic para este par tumor-normal"
• "prepara el muestrario y el script de lanzamiento de pacsomatic"
• "haz primero un dry-run y dime qué falta"
• "envía pacsomatic a slurm/lsf y devuelve el ID del trabajo"
• "por qué falló el envío de pacsomatic"

Reglas de Enrutamiento y Ejecución

1. Siempre recopila primero las entradas requeridas para la ejecución.
2. Siempre enruta a través de scripts/run_pacsomatic.py para la validación y generación de artefactos.
3. Usa --dry-run por defecto cuando el usuario solo pida comprobaciones/validación.
4. Usa --run solo cuando el usuario pida ejecutar/enviar.
5. Para modos con planificador, incluye argumentos de recursos específicos del ejecutor y devuelve el ID del trabajo detectado cuando esté disponible.
6. Si la ejecución falla, reporta el primer punto de fallo y el siguiente objetivo de diagnóstico (.nextflow.log, pipeline_info, registros de tareas fallidas).

Entradas Requeridas

Obligatorias:

• ruta del BAM tumoral
• ruta del BAM normal
• ID del paciente
• ID de la muestra tumoral
• ID de la muestra normal
• directorio de salida
• exactamente un modo de referencia: --fasta o --genome

Opcionales:

• perfil, recursos, cuenta/cola del planificador
• versión del pipeline (-r)
• archivo de parámetros, banderas de resume/report/dag
• --dry-run y/o --run

Flujo de Trabajo

1. Validar identidad y restricciones de entrada.
2. Validar rutas locales requeridas (BAM, PBI opcional, FASTA opcional).
3. Resolver comprobaciones de ejecución y dependencias.
4. Construir el muestrario y el YAML de parámetros generado.
5. Generar el script de lanzamiento para el ejecutor seleccionado.
6. Si es --dry-run y no --run, detenerse después de la generación de artefactos.
7. Si es --run, ejecutar localmente o enviar al planificador.
8. Devolver la ruta del comando/script, el estado de la validación y el ID del trabajo (si se detecta).

Contrato de Respuesta del Agente

Cada respuesta después de la invocación debe incluir:

• el comando exacto utilizado o la ruta del script generado
• confirmación de que se ejecutaron las comprobaciones de validación
• tipo de ejecución (dry-run vs run)
• ID del trabajo del planificador cuando esté disponible
• un siguiente paso concreto para validación/diagnóstico

Inicio Rápido

Dry run:

python scripts/run_pacsomatic.py \
  --tumor-bam /ruta/al/tumor.bam \
  --normal-bam /ruta/al/normal.bam \
  --patient-id P001 \
  --tumor-sample-id P001_T \
  --normal-sample-id P001_N \
  --outdir /ruta/de/salida \
  --genome GRCh38 \
  --profile singularity,sanger \
  --dry-run

Ejemplo de ejecución con planificador (Slurm):

python scripts/run_pacsomatic.py \
  --tumor-bam /ruta/al/tumor.bam \
  --normal-bam /ruta/al/normal.bam \
  --patient-id P001 \
  --tumor-sample-id P001_T \
  --normal-sample-id P001_N \
  --outdir /ruta/de/salida \
  --genome GRCh38 \
  --profile singularity,sanger \
  --executor slurm \
  --queue compute \
  --project my_account \
  --cpus 16 \
  --memory-gb 64 \
  --walltime 48:00 \
  --run

Configuración

Usa config.yaml como línea base para los valores predeterminados de perfil/ejecutor/ejecución. Sobrescribe en el momento de la invocación cuando los requisitos del usuario difieran.

Pruebas

Ejecuta las pruebas unitarias desde la raíz de la habilidad:

python -m unittest discover -s tests/pacsomatic -v

Referencias

• references/agent-playbook.md
• references/config-and-output.md
• references/pacsomatic_guide.md
• scripts/run_pacsomatic.py