pacsomatic

pacsomatic 是做什麼的？

概述

此技能提供一個可重現的 nf-core/pacsomatic 執行工作流程，以一個統一的輔助入口點為核心，負責驗證、工件生成和選擇性執行。

主要入口點：

• scripts/run_pacsomatic.py

輔助腳本：

• 驗證所需的標識符、檔案、參考模式及執行環境先決條件
• 寫入 pacsomatic 相容的樣本表（patient,sample,status,bam,pbi）
• 生成一個參數 YAML 檔案和啟動腳本，以確保可重現的重新執行
• 支援乾運作驗證與執行/提交兩種執行路徑

請將此技能作為 pacsomatic 操作的預設路徑。除非使用者明確要求手動建構指令，否則不要繞過它，直接使用手動組合的 nextflow run nf-core/pacsomatic 指令。

何時使用此技能

當使用者要求以下事項時，請呼叫此技能：

• 從 BAM 檔案執行匹配的腫瘤-正常樣本分析
• 生成或修復 pacsomatic 的樣本表與啟動工件
• 在本地端執行或提交至排程器（LSF/Slurm/PBS/SGE）
• 在執行前進行乾運作驗證
• 排除啟動失敗或總結執行輸出

請勿將此技能用於：

• 超出運行層級合理性檢查的深層生物學解釋
• 除非明確要求，否則編輯管線內部邏輯

典型觸發短語：

• "為這個腫瘤-正常配對執行 nf-core/pacsomatic"
• "準備 pacsomatic 樣本表和啟動腳本"
• "先做一次乾運作，告訴我缺了什麼"
• "將 pacsomatic 提交至 slurm/lsf 並回傳任務 ID"
• "為什麼 pacsomatic 提交失敗了"

路由與執行規則

1. 始終先收集所需的執行輸入。
2. 始終經由 scripts/run_pacsomatic.py 進行驗證和工件生成。
3. 當使用者僅要求檢查/驗證時，預設使用 --dry-run。
4. 僅在使用者要求執行/提交時使用 --run。
5. 對於排程器模式，請包含執行器特定的資源參數，並在可用時回傳偵測到的任務 ID。
6. 若執行失敗，請報告第一個失敗點及下一個要排查的目標（.nextflow.log、pipeline_info、失敗的任務日誌）。

所需輸入

必要：

• 腫瘤 BAM 路徑
• 正常 BAM 路徑
• 患者 ID
• 腫瘤樣本 ID
• 正常樣本 ID
• 輸出目錄
• 選擇一種參考模式：--fasta 或 --genome

選擇性：

• 設定檔、資源、排程器帳號/佇列
• 管線版本（-r）
• 參數檔案、resume/report/dag 旗標
• --dry-run 和/或 --run

工作流程

1. 驗證身分和輸入限制。
2. 驗證所需的本地路徑（BAM、可選的 PBI、可選的 FASTA）。
3. 解析執行環境與相依性檢查。
4. 建立樣本表和生成的參數 YAML。
5. 為所選的執行器生成啟動腳本。
6. 若為 --dry-run 且非 --run，則在工件生成後停止。
7. 若為 --run，則在本地端執行或提交至排程器。
8. 回傳指令/腳本路徑、驗證狀態及任務 ID（若偵測到）。

Agent 回覆合約

每次呼叫後，回覆中應包含：

• 使用的確切指令或生成的腳本路徑
• 確認已執行驗證檢查
• 執行類型（dry-run 與 run）
• 排程器任務 ID（若可用）
• 一個具體的後續驗證/排查步驟

快速開始

乾運作：

python scripts/run_pacsomatic.py \
  --tumor-bam /path/to/tumor.bam \
  --normal-bam /path/to/normal.bam \
  --patient-id P001 \
  --tumor-sample-id P001_T \
  --normal-sample-id P001_N \
  --outdir /path/to/output \
  --genome GRCh38 \
  --profile singularity,sanger \
  --dry-run

排程器執行範例（Slurm）：

python scripts/run_pacsomatic.py \
  --tumor-bam /path/to/tumor.bam \
  --normal-bam /path/to/normal.bam \
  --patient-id P001 \
  --tumor-sample-id P001_T \
  --normal-sample-id P001_N \
  --outdir /path/to/output \
  --genome GRCh38 \
  --profile singularity,sanger \
  --executor slurm \
  --queue compute \
  --project my_account \
  --cpus 16 \
  --memory-gb 64 \
  --walltime 48:00 \
  --run

配置

使用 config.yaml 作為設定檔/執行器/執行環境預設值的基準。可在呼叫時根據使用者需求覆寫。

測試

從技能根目錄執行單元測試：

python -m unittest discover -s tests/pacsomatic -v

參考資料

• references/agent-playbook.md
• references/config-and-output.md
• references/pacsomatic_guide.md
• scripts/run_pacsomatic.py