pacsomatic

pacsomatic은(는) 무엇을 하나요?

개요

이 스킬은 단일 도우미 진입점을 중심으로 nf-core/pacsomatic의 재현 가능한 실행 워크플로우를 제공합니다. 검증, 아티팩트 생성 및 선택적 실행을 처리합니다.

주 진입점:

• scripts/run_pacsomatic.py

도우미 스크립트는:

• 필수 식별자, 파일, 참조 모드 및 런타임 전제 조건을 검증합니다.
• pacsomatic 호환 샘플시트(patient,sample,status,bam,pbi)를 생성합니다.
• 재현 가능한 재실행을 위한 파라미터 YAML 및 실행 스크립트를 생성합니다.
• dry-run 검증 및 실행/제출 경로를 지원합니다.

이 스킬을 pacsomatic 작업의 기본 경로로 사용하십시오. 사용자가 명시적으로 수동 명령어 구성을 요청하지 않는 한, 수동으로 조합한 nextflow run nf-core/pacsomatic 명령어로 우회하지 마십시오.

이 스킬을 사용해야 하는 경우

사용자가 다음을 요청할 때 이 스킬을 호출하십시오:

• BAM 파일로 매칭 종양-정상 분석 실행
• pacsomatic 샘플시트 및 실행 아티팩트 생성 또는 수정
• 로컬 실행 또는 스케줄러(LSF/Slurm/PBS/SGE)에 제출
• 실행 전 dry-run 검증 수행
• 실행 실패 문제 해결 또는 실행 결과 요약

이 스킬을 사용하지 말아야 하는 경우:

• 런 수준의 온전성 검사를 넘어서는 심층 생물학적 해석
• 명시적으로 요청되지 않은 파이프라인 내부 편집

일반적인 트리거 문구:

• "이 종양-정상 쌍에 대해 nf-core/pacsomatic을 실행해"
• "pacsomatic 샘플시트와 실행 스크립트 준비해"
• "먼저 dry run 하고 무엇이 빠졌는지 알려줘"
• "pacsomatic을 slurm/lsf에 제출하고 작업 ID를 반환해"
• "pacsomatic 제출이 왜 실패했지"

라우팅 및 실행 규칙

1. 항상 먼저 필요한 실행 입력을 수집합니다.
2. 항상 scripts/run_pacsomatic.py를 통해 검증 및 아티팩트 생성을 라우팅합니다.
3. 사용자가 검증/확인만 요청할 때는 기본적으로 --dry-run을 사용합니다.
4. 사용자가 실행/제출을 요청할 때만 --run을 사용합니다.
5. 스케줄러 모드의 경우 실행기별 리소스 인수를 포함하고 사용 가능한 경우 감지된 작업 ID를 반환합니다.
6. 실행이 실패하면 첫 번째 실패 지점과 다음 문제 해결 대상(.nextflow.log, pipeline_info, 실패한 작업 로그)을 보고합니다.

필수 입력

필수:

• 종양 BAM 경로
• 정상 BAM 경로
• 환자 ID
• 종양 샘플 ID
• 정상 샘플 ID
• 출력 디렉토리
• 정확히 하나의 참조 모드: --fasta 또는 --genome

선택:

• 프로파일, 리소스, 스케줄러 계정/대기열
• 파이프라인 버전 (-r)
• 파라미터 파일, 재개/보고서/DAG 플래그
• --dry-run 및/또는 --run

워크플로우

1. 신원 및 입력 제약 조건을 검증합니다.
2. 필수 로컬 경로(BAM, 선택적 PBI, 선택적 FASTA)를 검증합니다.
3. 런타임 및 종속성 검사를 확인합니다.
4. 샘플시트 및 생성된 파라미터 YAML을 구축합니다.
5. 선택한 실행기에 대한 실행 스크립트를 생성합니다.
6. --dry-run이고 --run이 아닌 경우 아티팩트 생성 후 중지합니다.
7. --run인 경우 로컬로 실행하거나 스케줄러에 제출합니다.
8. 명령어/스크립트 경로, 검증 상태 및 (감지된 경우) 작업 ID를 반환합니다.

에이전트 응답 계약

호출 후 모든 응답에는 다음이 포함되어야 합니다:

• 사용된 정확한 명령어 또는 생성된 스크립트 경로
• 검증 검사가 실행되었음을 확인
• 실행 유형(dry-run vs run)
• 가능한 경우 스케줄러 작업 ID
• 검증/문제 해결을 위한 구체적인 다음 단계 하나

빠른 시작

Dry run:

python scripts/run_pacsomatic.py \
  --tumor-bam /path/to/tumor.bam \
  --normal-bam /path/to/normal.bam \
  --patient-id P001 \
  --tumor-sample-id P001_T \
  --normal-sample-id P001_N \
  --outdir /path/to/output \
  --genome GRCh38 \
  --profile singularity,sanger \
  --dry-run

스케줄러 실행 예시 (Slurm):

python scripts/run_pacsomatic.py \
  --tumor-bam /path/to/tumor.bam \
  --normal-bam /path/to/normal.bam \
  --patient-id P001 \
  --tumor-sample-id P001_T \
  --normal-sample-id P001_N \
  --outdir /path/to/output \
  --genome GRCh38 \
  --profile singularity,sanger \
  --executor slurm \
  --queue compute \
  --project my_account \
  --cpus 16 \
  --memory-gb 64 \
  --walltime 48:00 \
  --run

설정

프로파일/실행기/런타임 기본값의 기준으로 config.yaml을 사용하십시오. 사용자 요구 사항이 다를 경우 호출 시점에 재정의하십시오.

테스트

스킬 루트에서 단위 테스트 실행:

python -m unittest discover -s tests/pacsomatic -v

참고 자료

• references/agent-playbook.md
• references/config-and-output.md
• references/pacsomatic_guide.md
• scripts/run_pacsomatic.py