pacsomatic

Que fait pacsomatic ?

Vue d'ensemble

Cette compétence fournit un workflow d'exécution reproductible pour nf-core/pacsomatic, centré sur un point d'entrée helper unique qui gère la validation, la génération d'artefacts et l'exécution facultative.

Point d'entrée principal :

• scripts/run_pacsomatic.py

Le script helper :

• valide les identifiants requis, les fichiers, le mode de référence et les prérequis d'exécution
• écrit une feuille d'échantillons compatible pacsomatic (patient,sample,status,bam,pbi)
• génère un fichier YAML de paramètres et un script de lancement pour des ré-exécutions reproductibles
• prend en charge les chemins d'exécution en validation sèche et en exécution/soumission

Utilisez cette compétence comme chemin par défaut pour les opérations pacsomatic. Ne la contournez pas avec des commandes nextflow run nf-core/pacsomatic assemblées manuellement, sauf si l'utilisateur demande explicitement une construction manuelle de commande.

Quand utiliser cette compétence

Invoquez cette compétence lorsque l'utilisateur demande de :

• exécuter une analyse tumor-normal apparié à partir de fichiers BAM
• générer ou corriger une feuille d'échantillons et des artefacts de lancement pacsomatic
• exécuter localement ou soumettre à des ordonnanceurs (LSF/Slurm/PBS/SGE)
• effectuer une validation sèche (dry-run) avant l'exécution
• résoudre les problèmes de lancement ou résumer les résultats d'exécution

N'utilisez pas cette compétence pour :

• une interprétation biologique approfondie au-delà des vérifications de cohérence au niveau de l'exécution
• modifier les composants internes du pipeline, sauf demande explicite

Phrases déclencheuses typiques :

• "exécute nf-core/pacsomatic pour cette paire tumor-normal"
• "prépare la feuille d'échantillons et le script de lancement pacsomatic"
• "fais d'abord une simulation (dry run) et dis-moi ce qui manque"
• "soumets pacsomatic à slurm/lsf et retourne l'ID du job"
• "pourquoi la soumission de pacsomatic a-t-elle échoué"

Règles de routage et d'exécution

1. Collectez toujours d'abord les entrées d'exécution requises.
2. Passez toujours par scripts/run_pacsomatic.py pour la validation et la génération d'artefacts.
3. Utilisez --dry-run par défaut lorsque l'utilisateur demande uniquement des vérifications/validations.
4. Utilisez --run uniquement lorsque l'utilisateur demande d'exécuter/soumettre.
5. Pour les modes ordonnanceur, incluez les arguments de ressources spécifiques à l'exécuteur et retournez l'ID de job détecté lorsqu'il est disponible.
6. Si l'exécution échoue, rapportez le premier point d'échec et la prochaine cible de diagnostic (.nextflow.log, pipeline_info, journaux de tâche en échec).

Entrées requises

Obligatoires :

• chemin du BAM tumoral
• chemin du BAM normal
• ID patient
• ID échantillon tumoral
• ID échantillon normal
• répertoire de sortie
• exactement un mode de référence : --fasta ou --genome

Facultatives :

• profil, ressources, compte/queue de l'ordonnanceur
• version du pipeline (-r)
• fichier de paramètres, indicateurs resume/report/dag
• --dry-run et/ou --run

Workflow

1. Validez l'identité et les contraintes d'entrée.
2. Validez les chemins locaux requis (BAM, PBI facultatif, FASTA facultatif).
3. Résolvez les vérifications d'exécution et de dépendances.
4. Construisez la feuille d'échantillons et le fichier YAML de paramètres générés.
5. Générez le script de lancement pour l'exécuteur sélectionné.
6. Si --dry-run et pas --run, arrêtez-vous après la génération des artefacts.
7. Si --run, exécutez localement ou soumettez à l'ordonnanceur.
8. Retournez le chemin de la commande/script, l'état de validation et l'ID de job (si détecté).

Contrat de réponse de l'agent

Chaque réponse après invocation doit inclure :

• la commande exacte utilisée ou le chemin du script généré
• la confirmation que les vérifications de validation ont été exécutées
• le type d'exécution (dry-run vs run)
• l'ID de job de l'ordonnanceur lorsqu'il est disponible
• une prochaine étape concrète pour la validation/le diagnostic

Démarrage rapide

Simulation (dry run) :

python scripts/run_pacsomatic.py \
  --tumor-bam /chemin/vers/tumoral.bam \
  --normal-bam /chemin/vers/normal.bam \
  --patient-id P001 \
  --tumor-sample-id P001_T \
  --normal-sample-id P001_N \
  --outdir /chemin/vers/sortie \
  --genome GRCh38 \
  --profile singularity,sanger \
  --dry-run

Exemple d'exécution avec ordonnanceur (Slurm) :

python scripts/run_pacsomatic.py \
  --tumor-bam /chemin/vers/tumoral.bam \
  --normal-bam /chemin/vers/normal.bam \
  --patient-id P001 \
  --tumor-sample-id P001_T \
  --normal-sample-id P001_N \
  --outdir /chemin/vers/sortie \
  --genome GRCh38 \
  --profile singularity,sanger \
  --executor slurm \
  --queue compute \
  --project my_account \
  --cpus 16 \
  --memory-gb 64 \
  --walltime 48:00 \
  --run

Configuration

Utilisez config.yaml comme base pour les valeurs par défaut du profil/exécuteur/exécution. Remplacez au moment de l'invocation si les besoins de l'utilisateur diffèrent.

Tests

Exécutez les tests unitaires depuis la racine de la compétence :

python -m unittest discover -s tests/pacsomatic -v

Références

• references/agent-playbook.md
• references/config-and-output.md
• references/pacsomatic_guide.md
• scripts/run_pacsomatic.py