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Validación de Métodos Analíticos

Planificar, ejecutar y documentar la validación, verificación y transferencia de procedimientos analíticos bajo marcos regulatorios como ICH Q2(R2) y Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10, CLSI EP o ISO/IEC 17025. Aplica para HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, disolución, qNMR, qPCR, NIR y ensayos de unión a ligando o celulares cuando la pregunta es si un procedimiento es adecuado para su propósito.

¿Qué es Validación de Métodos Analíticos?

Esta habilidad profesional está diseñada para guiar a científicos, analistas, ingenieros de calidad y desarrolladores de métodos en el complejo proceso de validación, verificación y transferencia de métodos analíticos. Su principal objetivo es garantizar que cualquier procedimiento analítico sea adecuado para su propósito previsto, evitando los errores más comunes que pueden llevar a hallazgos regulatorios costosos y retrasos en proyectos. El skill se organiza en torno a scripts de Python que automatizan los cálculos estadísticos requeridos por los diferentes marcos regulatorios. Proporciona verificaciones robustas para linealidad (prueba de falta de ajuste F, análisis de residuales), precisión y exactitud (modelos de efectos aleatorios, intervalos de confianza), límites de detección y cuantificación, y comparación de métodos (equivalencia TOST, regresión de Deming y Passing-Bablok). Una característica clave es su respeto por los límites de derechos de autor: para estándares pagados como USP o CLSI, la habilidad solo proporciona la designación y el alcance, sin transcribir texto protegido. Requiere que los criterios de aceptación se definan antes de la recolección de datos, implementando así las mejores prácticas regulatorias. Soporta plataformas como Claude Code, Cursor y Codex, y se ejecuta desde la línea de comandos con salida estructurada en formato tabla, TSV o JSON. La utilidad principal es evitar siete fallos críticos documentados: usar marcos desactualizados, criterios post-hoc, r² como evidencia de linealidad, reportar repetibilidad como precisión total, números DL/QL sin método ni confirmación, aplicar criterios incorrectos entre modalidades bioanalíticas, y confundir falta de significancia estadística con equivalencia práctica.

Compatible con~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/analytical-method-validation

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Documentación

¿Qué hace Validación de Métodos Analíticos?

Cuándo usar

Cada vez que la pregunta es si un procedimiento analítico es adecuado para su propósito previsto: diseñar un estudio de validación, evaluar datos de validación, verificar un procedimiento compendial, transferir un procedimiento a otro laboratorio o instrumento, o defender cualquiera de estos en un informe.

Las dos reglas

1. Establezca qué marco regulatorio rige antes de diseñar cualquier cosa. El mismo ensayo se valida de manera diferente bajo ICH Q2(R2), USP <1225>, ICH M10, CLSI EP e ISO/IEC 17025. Estos difieren en qué características son requeridas, cómo se organizan los estudios y si se proporcionan criterios de aceptación numéricos. Mezclarlos produce un protocolo que no satisface a ninguno.

2. Establezca los criterios de aceptación antes de recolectar datos. Los criterios elegidos después de ver los resultados no son criterios de aceptación, y decidirlos post hoc es un hallazgo recurrente en auditorías. ICH Q2(R2) deliberadamente no proporciona casi ningún criterio numérico; deben provenir de la especificación, el perfil analítico objetivo (ICH Q14 sección 3) o los datos de desarrollo. ICH M10 es la excepción: proporciona números explícitos, y estos difieren entre ensayos cromatográficos y ensayos de unión a ligando.

Alcance

Esta habilidad planifica estudios, calcula las estadísticas correctamente y estructura la documentación. No decide que un procedimiento está validado, libera un lote, acepta o rechaza una corrida, cierra una investigación ni sustituye al analista, al revisor técnico, a la unidad de calidad o al regulador. Cada script informa; ninguno concluye.

Límite de derechos de autor

Las guías ICH se publican abiertamente y están licenciadas para su reutilización con reconocimiento, por lo que sus requisitos están codificados directamente en esta habilidad. Los capítulos generales de USP, los documentos CLSI EP y los estándares ISO tienen derechos de autor y están protegidos por muros de pago. Para estos, esta habilidad proporciona la designación, el alcance y dónde obtener una copia autorizada — nunca el texto, nunca umbrales inventados. No pida a un agente que recupere, transcriba o reconstruya su contenido. Si un número es importante y se encuentra en un documento protegido, léalo de la copia autorizada.

Marcos regulatorios

cd skills/analytical-method-validation/scripts
python3 plan_validation.py --list-frameworks
ClaveRigeCriterios numéricos suministrados
ich-q2r2Pruebas de liberación y estabilidad de sustancias y productos farmacéuticosCasi ninguno — usted los deriva
ich-m10Medición de concentración bioanalítica (FK, TK, BE)Sí, y difieren por modalidad
usp-1220Ciclo de vida de procedimientos compendiales, tres etapasMuro de pago
usp-1225 / usp-1226Validación / verificación de procedimientos compendialesMuro de pago
clsiProcedimientos de medición en laboratorio clínico (serie EP)Muro de pago
iso-17025Métodos desarrollados en laboratorio y modificados bajo acreditaciónNo — "en la medida necesaria"

Q2(R2) reemplazó a Q2(R1) en noviembre de 2023 y reestructuró las características. El rango es ahora la característica principal (sección 3.2), que contiene respuesta (linealidad) y validación de límites inferiores del rango (LD/LQ). La exactitud y precisión son la sección 3.3 y pueden evaluarse en combinación contra un solo criterio. La robustez se trata como una actividad de desarrollo y hace referencia cruzada a ICH Q14. Los procedimientos multivariantes se abordan explícitamente (2.5 y 3.2.2.3), y el Anexo 2 agrega ejemplos prácticos para técnicas que Q2(R1) nunca cubrió: ¹H-RMN cuantitativo, NIR, LC/MS cuantitativo, qPCR, ensayos biológicos y tamaño de partícula. Un protocolo con forma de Q2(R1) — una lista plana de linealidad, rango, exactitud, precisión, especificidad, LOD, LOQ, robustez — está desactualizado. Tenga en cuenta también la corrección de errores del 30 de noviembre de 2023 a la Tabla 5 y las Tablas 6-11.

Scripts

cd skills/analytical-method-validation/scripts
ScriptPregunta que responde
plan_validation.py¿Qué marco, qué características, qué diseño de estudio, qué protocolo?
check_response.py¿El modelo de calibración realmente se mantiene en todo el rango?
check_accuracy_precision.py¿Cuál es la recuperación y cuánta variabilidad es entre días?
check_detection_limits.py¿Cuáles son LD y LQ por cada enfoque permitido, y sirven al umbral de notificación?
check_bioanalytical_run.py¿Esta corrida cumple con ICH M10 para su modalidad?
compare_methods.py¿Son dos procedimientos equivalentes, con un margen predefinido?

Todos toman --format table|tsv|json. La procedencia, las citas de guías y las advertencias van a stderr; los datos van a stdout, por lo que > out.tsv los mantiene separados. El código de salida es 0 si no hay hallazgos, 1 cuando se generaron hallazgos, 2 para entrada incorrecta, por lo que cualquiera de ellos puede condicionar un flujo de trabajo.

Flujo de trabajo

1. Fijar el marco regulatorio y las características requeridas

python3 plan_validation.py --framework ich-q2r2 --attribute assay --technique hplc --range-use assay

La Tabla 1 de Q2(R2) decide lo que se requiere según el atributo medido, no según la técnica. Para un ensayo cuantitativo (assay): especificidad, respuesta, exactitud, repetibilidad, precisión intermedia. Para una prueba de límite: especificidad y solo LD. Para una prueba de identidad: solo especificidad. Los atributos aceptados incluyen assay (ensayo cuantitativo), impurity (impureza, cuantitativa), impurity-limit (impureza, límite) e identity (identidad).

El rango reportable proviene de la especificación. La Tabla 2 de Q2(R2) proporciona ejemplos prácticos: 80–120% del contenido declarado para un ensayo, 70–130% para uniformidad de contenido, umbral de notificación al 120% de la especificación para una impureza.

2. Generar el protocolo y completar los criterios

python3 plan_validation.py --framework ich-q2r2 --attribute impurity --protocol > protocol.md

Cada campo entre corchetes es una decisión que debe tomarse y registrarse antes de la recolección de datos. El esqueleto del protocolo deliberadamente se niega a prellenar los criterios de aceptación para el trabajo bajo Q2(R2), porque no existe un valor predeterminado defendible.

3. Evaluar la respuesta

python3 check_response.py -i calibration.csv --max-back-calc-error 2

La entrada es level,response, una fila por inyección; las filas repetidas en el mismo nivel son réplicas, y proporcionarlas es lo que hace posible la prueba de linealidad.

Salida real de una curva que un coeficiente de determinación aprobaría sin problema:

statistic                           value
niveles distintos                   5
pendiente                           166.6000
intercepto                          2495.0000
IC del intercepto incluye 0         no
coeficiente de determinación (r2)   0.9830
F de falta de ajuste                469.5294
p de falta de ajuste                1.5139e-06
p de prueba de rachas               0.0492

nivel     n  media_respuesta  media_retrocalculada  porcentaje_error_relativo
50.0000   2  10075.0000       45.4982               -9.0036
75.0000   2  15150.0000       75.9604               1.2805
100.0000  2  20050.0000       105.3721              5.3721
125.0000  2  24050.0000       129.3818              3.5054
150.0000  2  26450.0000       143.7875              -4.1417

r² = 0.983 y el modelo es inutilizable: error retrocalculado de −9.0% en la parte inferior del rango, p de falta de ajuste = 1.5 × 10⁻⁶, signos residuales no aleatorios. r² no es evidencia de linealidad — aumenta con el rango y es casi insensible a la curvatura. La prueba F de falta de ajuste contra el error puro y el patrón residual son la evidencia, por lo que Q2(R2) 3.2.2.1 solicita un análisis de la desviación de los puntos de la línea en lugar de solo un coeficiente de correlación.

Agregue --weight 1/x2 para una curva de rango amplio. El script marca la heterocedasticidad cuando la varianza residual en el tercio superior del rango supera al tercio inferior en más de 10×, porque un ajuste no ponderado sesga entonces exactamente el extremo inferior donde reside un umbral de notificación.

4. Evaluar exactitud y precisión

python3 check_accuracy_precision.py -i ap.csv --accuracy-limit 2 --rsd-limit 1.0 --design-check assay

La entrada es level,measured,group, donde group es el factor de precisión intermedia: día, analista o instrumento.

nivel  componente                       sd      rsd_pct  gl      ic90_inf_sd  ic90_sup_sd
100    repetibilidad (intragrupo)       0.0707  0.0707   3       0.0438       0.2065
100    intergrupo                       1.6515  1.6515   2       n/a          n/a
100    precisión intermedia (total)     1.6530  1.6530   2.0037  0.9554       7.2821

La repetibilidad de 0.07 % RSD parece excelente; la precisión intermedia es del 1.65 %, veintitrés veces mayor, porque la variabilidad reside completamente entre días. Reportar la cifra intradía como la precisión del procedimiento subestimaría el rendimiento rutinario en más de un orden de magnitud. Esta es la razón por la que el script ajusta un modelo de efectos aleatorios de una vía en lugar de agrupar.

Dos trampas que el script maneja por usted:

  • La precisión se estima dentro de cada nivel, nunca agrupada entre niveles. Agrupar los resultados de 80/100/120 % en una sola desviación estándar convierte el rango mismo en una aparente imprecisión. El script informa por nivel, además de una vista independiente del nivel como porcentaje del nominal.
  • --require-ci-within-limit exige que todo el intervalo de confianza esté dentro del límite, no solo la media. Q2(R2) 3.3.1.4 solicita que el intervalo sea compatible con el criterio; una media que apenas entra con seis réplicas no ha demostrado mucho.

5. Establecer LD y LQ, y confirmarlos

python3 check_detection_limits.py --calibration lowcal.csv --blanks blanks.csv \
    --confirm-ql 0.05 --confirm-data ql_check.csv --reporting-threshold 0.05
enfoque                                           sigma   pendiente   LD       LQ
sd-y-pendiente (sigma = SD residual de regresión)  7.2816  5033.3490  0.0048  0.0145
sd-y-pendiente (sigma = SD del intercepto y)       4.3303  5033.3490  0.0028  0.0086
sd-y-pendiente (sigma = SD de 8 blancos)           3.7702  5033.3490  0.0025  0.0075

Los mismos datos proporcionan estimaciones de LQ que abarcan 1.9×, únicamente por la elección de σ. Por lo tanto, Q2(R2) 3.2.3.5 requiere que se informen el límite y el enfoque utilizado para determinarlo, y que un límite estimado se confirme con muestras en o cerca de él. Para un procedimiento de impurezas, el LQ debe estar en o por debajo del umbral de notificación. Alcanzar reflexivamente 3.3σ/pendiente, informar un número sin un enfoque nombrado y nunca confirmarlo son tres hallazgos separados.

6. Corridas bioanalíticas bajo ICH M10

python3 check_bioanalytical_run.py --modality chromatographic --run run1.csv
python3 check_bioanalytical_run.py --modality lba --isr isr.csv
python3 check_bioanalytical_run.py --modality lba --criteria

--modality es obligatorio y no tiene valor predeterminado, porque los criterios realmente difieren:

CromatográficoEnsayo de unión a ligando
Tolerancia de calibración±15 %, ±20 % en LLOQ±20 %, ±25 % en LLOQ y ULOQ
Exactitud / precisión±15 % / ≤15 % CV (±20 % / ≤20 % en LLOQ)±20 % / ≤20 % CV (±25 % / ≤25 % en LLOQ y ULOQ)
Diseño de E&P4 niveles de QC, 5 réplicas/corrida, ≥3 corridas en ≥2 días5 niveles de QC, 3 réplicas/corrida, ≥6 corridas en ≥2 días
Error totalsin tal criterio≤30 %, ≤40 % en LLOQ y ULOQ
Concordancia ISR±20 % para ≥2/3 de las repeticiones±30 % para ≥2/3 de las repeticiones

Aplicar los números cromatográficos de ±15 % a un ensayo de unión a ligando, o importar el criterio de error total de LBA a un método cromatográfico, son errores comunes y ambos incorrectos.

La verificación de la corrida impone la regla por nivel que a menudo se pasa por alto: al menos 2/3 de todos los QC y al menos el 50 % en cada nivel. Una corrida puede pasar la fracción general mientras un solo nivel falla por completo.

hallazgo: nivel de QC alto: 0/2 dentro de la tolerancia (0 %); ICH M10 requiere al menos el 50 % en cada nivel

7. Transferencia y comparación de métodos

python3 compare_methods.py -i paired.csv --margin 2 --relative --slope-tolerance 0.05
diferencia media (%)                       1.4646
margen TOST                                2.0000
valor p TOST                               1.0528e-13
IC 90% (TOST)                             1.44127 a 1.48797
equivalente en el margen declarado         sí
--- solo para contraste ---
prueba t pareada p (NO equivalencia)       0.0000
pendiente MCO (sesgada aquí)               1.0396
pendiente Deming                           1.0398
pendiente Passing-Bablok                   1.0351

Dos errores que esto reemplaza:

  • "p > 0.05, no hay diferencia significativa, por lo tanto los métodos son equivalentes." No detectar una diferencia no es evidencia de equivalencia, y en un conjunto de datos de transferencia pequeño, ese resultado es casi seguro. TOST prueba la hipótesis que importa: que la diferencia verdadera se encuentra dentro de un margen predefinido. Aquí, la prueba t dice que la diferencia es altamente significativa y TOST dice que los métodos son equivalentes en ±2 %; ambas son ciertas, y solo una responde a la pregunta.
  • Mínimos cuadrados ordinarios para comparación de métodos. MCO asume que los valores de referencia no tienen error, lo cual es falso al comparar dos procedimientos, y sesga la pendiente hacia cero. Deming (con una relación de varianzas de error declarada) y Passing-Bablok (no paramétrica, resistente a valores atípicos) son las regresiones apropiadas y se informan junto con MCO para contraste.

El script también marca el sesgo proporcional — cuando la diferencia tiende a aumentar con la concentración, un sesgo medio único y sus límites de concordancia son engañosos, por estrechos que parezcan.

Lo que esta habilidad busca prevenir

  1. Validar contra la estructura de ICH Q2(R1) tres años después de que Q2(R2) la reemplazara.
  2. Criterios de aceptación escritos después de ver los datos.
  3. r² presentado como evidencia de linealidad.
  4. Repetibilidad reportada como la precisión del procedimiento, con el componente entre días invisible.
  5. Un número de LD/LQ sin un enfoque nombrado y sin confirmación.
  6. Criterios cromatográficos de M10 aplicados a un ensayo de unión a ligando, o viceversa.
  7. La no significancia de una prueba t presentada como equivalencia en una transferencia de método.

Referencias

  • references/framework-selection.md — qué marco regulatorio rige y las preguntas que debe hacer antes de comenzar.
  • Scripts documentados y ejemplos de entrada en skills/analytical-method-validation/scripts/.
  • Copias autorizadas de los estándares USP, CLSI e ISO citados en los protocolos.

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

>

biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

cobrapy

Constraint-based metabolic modeling (COBRA). FBA, FVA, gene knockouts, flux sampling, SBML models, for systems biology and metabolic engineering analysis.

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