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Validierung Analytischer Methoden

Planung, Durchführung und Dokumentation der Validierung, Verifizierung und des Transfers analytischer Verfahren gemäß ICH Q2(R2)/Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10, CLSI EP oder ISO/IEC 17025. Geeignet für HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, Freisetzung, qNMR, qPCR, NIR sowie Ligandenbindungs- oder zellbasierte Assays, wenn die Frage ist, ob ein Verfahren für seinen vorgesehenen Zweck geeignet ist.

Was ist Validierung Analytischer Methoden?

Dieser Skill automatisiert die Planung, statistische Auswertung und Dokumentation von Validierungs-, Verifizierungs- und Transferstudien für analytische Verfahren. Er stellt sicher, dass Studien unter dem korrekten regulatorischen Rahmen (ICH Q2(R2), ICH M10, USP, CLSI oder ISO/IEC 17025) entworfen werden und dass Akzeptanzkriterien vor der Datenerhebung festgelegt werden. Der Skill enthält Skripte zur Beurteilung der Linearität (mit Lack-of-Fit-Test statt alleiniger Betrachtung des Korrelationskoeffizienten r²), zur Berechnung von Richtigkeit und Präzision (einschließlich Zwischenpräzision mittels Random-Effects-Modell), zur Bestimmung von Nachweis- und Bestimmungsgrenzen sowie zur bioanalytischen Laufkontrolle nach ICH M10. Ein weiteres Skript führt Äquivalenztests (TOST) für Methodentransfers durch. Der Skill setzt auf korrekte Statistik und vermeidet häufige Fehler wie das Poolen von Präzisionsdaten über Konzentrationsstufen, die Verwendung von r² als Linearitätsnachweis oder die Fehlinterpretation eines nicht-signifikanten t-Tests als Äquivalenz. Er unterstützt die Formate Tabelle, TSV und JSON und kann in Workflows integriert werden (Exit-Codes 0, 1, 2).

Funktioniert mit~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/analytical-method-validation

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Dokumentation

Was macht Validierung Analytischer Methoden?

Wann verwenden

Immer wenn die Frage ist, ob ein analytisches Verfahren für seinen vorgesehenen Zweck geeignet ist: Entwurf einer Validierungsstudie, Bewertung von Validierungsdaten, Verifizierung eines Arzneibuchverfahrens, Transfer eines Verfahrens in ein anderes Labor oder auf ein anderes Gerät oder Verteidigung dieser Punkte in einem Bericht.

Die zwei Regeln

1. Legen Sie den geltenden Rahmen fest, bevor Sie etwas entwerfen. Derselbe Assay wird unter ICH Q2(R2), USP <1225>, ICH M10, CLSI EP und ISO/IEC 17025 unterschiedlich validiert. Sie unterscheiden sich darin, welche Kenngrößen erforderlich sind, wie die Studien aufgebaut sind und ob überhaupt numerische Akzeptanzkriterien vorgegeben werden. Eine Vermischung erzeugt ein Protokoll, das keines von ihnen erfüllt.

2. Legen Sie Akzeptanzkriterien vor der Datenerhebung fest. Nach Sichtung der Ergebnisse gewählte Kriterien sind keine Akzeptanzkriterien, und ihre nachträgliche Festlegung ist ein dauerhafter Prüffindling. ICH Q2(R2) liefert bewusst fast keine numerischen Kriterien – sie müssen aus der Spezifikation, dem Analytical Target Profile (ICH Q14 Abschnitt 3) oder Entwicklungsdaten stammen. ICH M10 ist die Ausnahme: es liefert explizite Zahlen, und diese unterscheiden sich zwischen chromatographischen Assays und Ligandenbindungsassays.

Anwendungsbereich

Dieser Skill plant Studien, berechnet die Statistiken korrekt und strukturiert die Dokumentation. Er entscheidet nicht , dass ein Verfahren validiert ist, gibt keine Charge frei, akzeptiert oder verwirft keinen Lauf, schließt keine Untersuchung ab und ersetzt weder den Analysten, den technischen Prüfer, die Qualitätseinheit noch die Aufsichtsbehörde. Jedes Skript berichtet; keines zieht Schlussfolgerungen.

Urheberrechtsgrenze

ICH-Leitlinien sind offen veröffentlicht und zur Wiederverwendung mit Quellenangabe lizenziert, daher werden ihre Anforderungen direkt in diesen Skill codiert. USP-General Chapters, CLSI-EP-Dokumente und ISO-Normen sind urheberrechtlich geschützt und kostenpflichtig. Für diese liefert der Skill die Bezeichnung, den Anwendungsbereich und Bezugsquellen für eine autorisierte Kopie – niemals den Text, niemals erfundene Grenzwerte. Bitten Sie keinen Agenten, deren Inhalte abzurufen, zu transkribieren oder zu rekonstruieren. Wenn eine Zahl wichtig ist und in einem kostenpflichtigen Dokument steht, lesen Sie sie aus der autorisierten Kopie.

Rahmenwerke

cd skills/analytical-method-validation/scripts
python3 plan_validation.py --list-frameworks
SchlüsselGeltungsbereichNumerische Kriterien geliefert
ich-q2r2Freigabe- und Stabilitätsprüfung von Wirkstoffen und ArzneimittelnFast keine – Sie leiten sie ab
ich-m10Bioanalytische Konzentrationsmessung (PK, TK, BE)Ja, und sie unterscheiden sich nach Modalität
usp-1220Lebenszyklus von Arzneibuchverfahren, drei StufenKostenpflichtig
usp-1225 / usp-1226Validierung / Verifizierung von ArzneibuchverfahrenKostenpflichtig
clsiMessverfahren im klinischen Labor (EP-Serie)Kostenpflichtig
iso-17025Laborentwickelte und modifizierte Methoden unter AkkreditierungNein – „im erforderlichen Umfang"

Q2(R2) ersetzte Q2(R1) im November 2023 und strukturierte die Kenngrößen neu. Der Bereich ist jetzt die übergeordnete Kenngröße (Abschnitt 3.2), die Response (Linearität) und Validierung der unteren Bereichsgrenzen (NG/BG) enthält. Richtigkeit und Präzision sind Abschnitt 3.3 und können in Kombination gegen ein einzelnes Kriterium bewertet werden. Robustheit wird als Entwicklungstätigkeit behandelt und verweist auf ICH Q14. Multivariate Verfahren werden explizit behandelt (2.5 und 3.2.2.3), und Anhang 2 enthält Arbeitsbeispiele für Techniken, die Q2(R1) nie abgedeckt hat – quantitative ¹H-NMR, NIR, quantitative LC/MS, qPCR, biologische Assays und Partikelgröße. Ein Q2(R1)-förmiges Protokoll – eine flache Liste aus Linearität, Bereich, Richtigkeit, Präzision, Spezifität, NG, BG, Robustheit – ist veraltet. Beachten Sie auch die Fehlerkorrektur vom 30. November 2023 zu Tabelle 5 und den Tabellen 6–11.

Skripte

cd skills/analytical-method-validation/scripts
SkriptBeantwortete Frage
plan_validation.pyWelcher Rahmen, welche Kenngrößen, welches Studiendesign, welches Protokoll?
check_response.pyGilt das Kalibrationsmodell tatsächlich über den gesamten Bereich?
check_accuracy_precision.pyWie hoch ist die Wiederfindung, und wie viel der Variabilität liegt zwischen den Tagen?
check_detection_limits.pyWie hoch sind NG und BG nach jedem zulässigen Ansatz, und dienen sie der Berichtsgrenze?
check_bioanalytical_run.pyErfüllt dieser Lauf die ICH-M10-Anforderungen für seine Modalität?
compare_methods.pySind zwei Verfahren innerhalb einer vorab festgelegten Grenze äquivalent?

Alle akzeptieren --format table|tsv|json. Herkunft, Leitlinienzitate und Einschränkungen gehen nach stderr; Daten gehen nach stdout, sodass > out.tsv sie trennt. Exit-Code ist 0 für keine Befunde, 1 wenn Befunde erhoben wurden, 2 für fehlerhafte Eingabe – sodass jedes von ihnen einen Workflow steuern kann.

Workflow

1. Rahmen und erforderliche Kenngrößen festlegen

python3 plan_validation.py --framework ich-q2r2 --attribute assay --technique hplc --range-use assay

Q2(R2) Tabelle 1 entscheidet, was erforderlich ist, basierend auf dem gemessenen Attribut, nicht auf der Technik. Für einen Assay: Spezifität, Response, Richtigkeit, Wiederholpräzision, Zwischenpräzision. Für einen Grenztest: Spezifität und nur NG. Für einen Identitätstest: nur Spezifität. Akzeptierte Attribute sind assay, impurity (quantitativ), impurity-limit und identity.

Der berichtbare Bereich ergibt sich aus der Spezifikation. Q2(R2) Tabelle 2 enthält Arbeitsbeispiele – 80–120 % des deklarierten Gehalts für einen Assay, 70–130 % für die Gehaltsgleichförmigkeit, Berichtsgrenze bis 120 % der Spezifikation für eine Verunreinigung.

2. Protokoll generieren und Kriterien ausfüllen

python3 plan_validation.py --framework ich-q2r2 --attribute impurity --protocol > protocol.md

Jedes in Klammern gesetzte Feld ist eine Entscheidung, die vor der Datenerhebung getroffen und dokumentiert werden muss. Die Protokollvorlage weigert sich bewusst, Akzeptanzkriterien für Q2(R2)-Arbeiten vorzubelegen, da es keinen vertretbaren Standard gibt.

3. Response bewerten

python3 check_response.py -i calibration.csv --max-back-calc-error 2

Eingabe ist level,response, eine Zeile pro Injektion; wiederholte Zeilen auf derselben Stufe sind Replikate, und ihre Bereitstellung ermöglicht den Linearitätstest.

Tatsächliche Ausgabe einer Kurve, die ein Bestimmtheitsmaß durchwinken würde:

Statistik                           Wert
unterscheidbare Stufen              5
Steigung                             166.6000
Achsenabschnitt                      2495.0000
KI des Achsenabschnitts enthält 0   nein
Bestimmtheitsmaß (r2)               0.9830
Lack-of-Fit-F                       469.5294
Lack-of-Fit-p                       1.5139e-06
Runs-Test p                         0.0492

Stufe     n  mittlere_Response  mittlerer_rückberechneter_Wert  relativer_Fehler_Prozent
50.0000   2  10075.0000         45.4982                        -9.0036
75.0000   2  15150.0000         75.9604                        1.2805
100.0000  2  20050.0000         105.3721                       5.3721
125.0000  2  24050.0000         129.3818                       3.5054
150.0000  2  26450.0000         143.7875                       -4.1417

r² = 0,983 und das Modell ist unbrauchbar: −9,0 % rückberechneter Fehler am unteren Ende des Bereichs, Lack-of-Fit p = 1,5 × 10⁻⁶, nicht-zufällige Vorzeichen der Residuen. r² ist kein Beleg für Linearität – es steigt mit dem Bereich und ist nahezu unempfindlich gegenüber Krümmung. Der Lack-of-Fit-F-Test gegen den reinen Fehler und das Residualmuster sind der Beleg, weshalb Q2(R2) 3.2.2.1 eine Analyse der Abweichung der Punkte von der Geraden und nicht nur einen Korrelationskoeffizienten fordert.

Fügen Sie --weight 1/x2 für eine Kurve mit weitem Bereich hinzu. Das Skript erkennt Heteroskedastizität, wenn die Residualvarianz im oberen Drittel des Bereichs das untere Drittel um mehr als das 10-fache übersteigt, da ungewichtete Anpassung dann genau den unteren Endbereich verfälscht, in dem die Berichtsgrenze liegt.

4. Richtigkeit und Präzision bewerten

python3 check_accuracy_precision.py -i ap.csv --accuracy-limit 2 --rsd-limit 1.0 --design-check assay

Eingabe ist level,measured,group, wobei group der Zwischenpräzisionsfaktor ist – Tag, Analyst oder Gerät.

Stufe  Komponente                    sd      rsd_pct  df      ki90_untere_sd  ki90_obere_sd
100    Wiederholpräzision (innerh. Gruppe)    0,0707  0,0707   3       0,0438       0,2065
100    zwischen Gruppen                      1,6515  1,6515   2       n/a           n/a
100    Zwischenpräzision (gesamt)            1,6530  1,6530   2,0037  0,9554       7,2821

Die Wiederholpräzision von 0,07 % RSD sieht hervorragend aus; die Zwischenpräzision beträgt 1,65 %, also dreiundzwanzigmal so groß, weil die Variabilität vollständig zwischen den Tagen liegt. Die Angabe des Intraday-Wertes als Präzision des Verfahrens würde die Routineleistung um mehr als eine Größenordnung unterschätzen. Deshalb passt das Skript ein einfaktorielles Random-Effects-Modell an, anstatt zu poolen.

Zwei Fallstricke, die das Skript für Sie behandelt:

  • Die Präzision wird innerhalb jeder Stufe geschätzt, niemals über Stufen hinweg gepoolt. Das Poolen von 80/100/120 %- Ergebnissen in einer Standardabweichung macht die Bereichsspanne selbst zu einer scheinbaren Unpräzision. Das Skript berichtet pro Stufe, plus eine stufenunabhängige Ansicht als Prozent des Nominalwerts.
  • --require-ci-within-limit erzwingt, dass das gesamte Konfidenzintervall innerhalb der Grenze liegt, nicht nur der Mittelwert. Q2(R2) 3.3.1.4 fordert, dass das Intervall vereinbar mit dem Kriterium ist; ein Mittelwert, der bei sechs Replikaten gerade so hineinrutscht, hat noch nicht viel gezeigt.

5. NG und BG ermitteln und bestätigen

python3 check_detection_limits.py --calibration lowcal.csv --blanks blanks.csv \
    --confirm-ql 0.05 --confirm-data ql_check.csv --reporting-threshold 0.05
Ansatz                                            sigma     Steigung    NG      BG
sd-and-slope (sigma = Reststreuung der Regression)  7,2816  5033,3490  0,0048  0,0145
sd-and-slope (sigma = Streuung des y-Achsenabschnitts)  4,3303  5033,3490  0,0028  0,0086
sd-and-slope (sigma = Streuung von 8 Leerwerten)  3,7702  5033,3490  0,0025  0,0075

Dieselben Daten liefern BG-Schätzungen, die um den Faktor 1,9 variieren, allein aufgrund der Wahl von σ. Q2(R2) 3.2.3.5 fordert daher, die Grenze und den zu ihrer Bestimmung verwendeten Ansatz zu berichten und eine geschätzte Grenze mit Proben bei oder nahe dieser Grenze zu bestätigen. Für ein Verunreinigungsverfahren muss die BG bei oder unter der Berichtsgrenze liegen. Reflexartig 3,3σ/Steigung zu verwenden, eine Zahl ohne benannten Ansatz zu berichten und sie nie zu bestätigen, sind drei separate Befunde.

6. Bioanalytische Läufe unter ICH M10

python3 check_bioanalytical_run.py --modality chromatographic --run run1.csv
python3 check_bioanalytical_run.py --modality lba --isr isr.csv
python3 check_bioanalytical_run.py --modality lba --criteria

--modality ist obligatorisch und hat keinen Standardwert, da sich die Kriterien tatsächlich unterscheiden:

ChromatographischLigandenbindungsassay
Kalibrationstoleranz±15 %, ±20 % am LLOQ±20 %, ±25 % am LLOQ und ULOQ
Richtigkeit / Präzision±15 % / ≤15 % VK (±20 % / ≤20 % am LLOQ)±20 % / ≤20 % VK (±25 % / ≤25 % am LLOQ und ULOQ)
R&P-Design4 QC-Stufen, 5 Replikate/Lauf, ≥3 Läufe über ≥2 Tage5 QC-Stufen, 3 Replikate/Lauf, ≥6 Läufe über ≥2 Tage
Gesamtfehlerkein solches Kriterium≤30 %, ≤40 % am LLOQ und ULOQ
ISR-Übereinstimmung±20 % für ≥2/3 der Wiederholungen±30 % für ≥2/3 der Wiederholungen

Die Anwendung der ±15%-chromatographischen Zahlen auf einen Ligandenbindungsassay oder die Übertragung des LBA-Gesamtfehlerkriteriums in eine chromatographische Methode sind beide häufig und beide falsch.

Die Laufprüfung setzt die oft übersehene Regel pro Stufe durch: mindestens 2/3 aller QCs und mindestens 50 % auf jeder Stufe. Ein Lauf kann die Gesamtquote bestehen, während eine einzelne Stufe vollständig durchfällt.

Befund: QC-Stufe hoch: 0/2 innerhalb der Toleranz (0 %); M10 erfordert mindestens 50 % auf jeder Stufe

7. Transfer und Methodenvergleich

python3 compare_methods.py -i paired.csv --margin 2 --relative --slope-tolerance 0.05
mittlere Differenz (%)                       1,4646
TOST-Spielraum                               2,0000
TOST-p-Wert                                  1,0528e-13
90%-KI (TOST)                                1,44127 bis 1,48797
äquivalent bei angegebener Grenze            ja
--- nur zum Vergleich ---
gepaarter t-Test p (KEINE Äquivalenz)        0,0000
OLS-Steigung (hier verzerrt)                 1,0396
Deming-Steigung                              1,0398
Passing-Bablok-Steigung                      1,0351

Zwei Fehler, die dies ersetzt:

  • „p > 0,05, kein signifikanter Unterschied, daher sind die Methoden äquivalent." Das Nichterkennen eines Unterschieds ist kein Beleg für Äquivalenz, und bei einem kleinen Transferdatensatz ist dieses Ergebnis nahezu garantiert. TOST testet die relevante Hypothese – dass die wahre Differenz innerhalb eines vorab festgelegten Spielraums liegt. Hier zeigt der t-Test, dass der Unterschied hochsignifikant ist und TOST zeigt, dass die Methoden bei ±2 % äquivalent sind; beides ist wahr, und nur eine Frage beantwortet.
  • Gewöhnliche kleinste Quadrate für den Methodenvergleich. OLS geht davon aus, dass die Referenzwerte fehlerfrei sind, was beim Vergleich zweier Verfahren falsch ist, und verzerrt die Steigung gegen Null. Deming (mit einem angegebenen Fehlervarianzverhältnis) und Passing–Bablok (nichtparametrisch, ausreißerresistent) sind die geeigneten Regressionen und werden zusammen mit OLS zum Vergleich berichtet.

Das Skript zeigt auch proportionalen Bias an – wenn die Differenz mit der Konzentration tendiert, ist eine einzige mittlere Abweichung und ihre Übereinstimmungsgrenzen irreführend, unabhängig davon, wie eng sie aussehen.

Was dieser Skill verhindern soll

  1. Validierung nach der Struktur von ICH Q2(R1) drei Jahre nachdem Q2(R2) sie ersetzt hat.
  2. Akzeptanzkriterien, die nach Sichtung der Daten geschrieben wurden.
  3. r² als Beleg für Linearität.
  4. Wiederholpräzision als Präzision des Verfahrens unter Vernachlässigung der Zwischentagskomponente.
  5. Eine einzelne NG/BG-Zahl ohne benannten Ansatz und ohne Bestätigung.
  6. Chromatographische M10-Kriterien angewendet auf einen Ligandenbindungsassay oder umgekehrt.
  7. Nicht-Signifikanz eines t-Tests als Äquivalenz bei einem Methodentransfer.

Referenzen

  • references/framework-selection.md – welcher Rahmen gilt, und die Fragen

…

[gekürzt für die Übersetzung]

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

>

biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

cobrapy

Constraint-based metabolic modeling (COBRA). FBA, FVA, gene knockouts, flux sampling, SBML models, for systems biology and metabolic engineering analysis.

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