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mims-harvard/tooluniverse-sequence-retrieval

NCBIとENAからDNA/RNA/タンパク質配列を曖昧性を排除して取得します。品質階層: RefSeq (NM_/NP_) > RefSeq予測 (XM_/XP_) > GenBank登録。アクセッション番号による特定配列の取得、遺伝子記号から配列へのルックアップ、転写産物アイソフォームの取得、キュレーション済みvs生登録の優先選択に使用します。

tooluniverse-sequence-retrieval とは?

このスキルは、NCBI(GenBank、RefSeq)およびENA(European Nucleotide Archive)からDNA、RNA、タンパク質配列を、曖昧性を自動的に解決しながら取得するためのツールです。ユーザーはアクセッション番号や遺伝子記号を指定して配列を取得でき、配列の品質に応じて優先順位を自動的に選択します(RefSeq厳密 > RefSeq予測 > GenBank生登録)。これにより、遺伝子の特定転写産物アイソフォームの取得、相同性検索のための配列出力、研究に適した高品質な参照配列の取得など、分子生物学の多様なワークフローを効率化します。主にClaude Codeやその他のAIエージェントプラットフォームで機能し、APIキー不要でNCBIのE-utilitiesとENAのAPIを直接利用するため、研究者やバイオインフォマティクスエンジニアが配列データに迅速にアクセスできるようになります。

対応~Claude Code~Codex CLI~Cursor
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ドキュメント

tooluniverse-sequence-retrieval は何をしますか?

NCBIとENAからDNA/RNA/タンパク質配列を曖昧性を排除して取得します。品質階層: RefSeq (NM_/NP_) > RefSeq予測 (XM_/XP_) > GenBank登録。アクセッション番号による特定配列の取得、遺伝子記号から配列へのルックアップ、転写産物アイソフォームの取得、キュレーション済みvs生登録の優先選択に使用します。

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