mims-harvard/tooluniverse-sequence-retrieval

Récupérez des séquences ADN/ARN/protéines depuis NCBI et ENA avec désambiguïsation. Hiérarchie de qualité : RefSeq (NM_/NP_) > RefSeq prédit (XM_/XP_) > soumissions GenBank. Utilisez-le pour récupérer des séquences spécifiques par accession, rechercher des séquences par symbole de gène, récupérer des isoformes de transcription, et préférer les soumissions curées par rapport aux soumissions brutes.

Qu'est-ce que tooluniverse-sequence-retrieval ?

Cette compétence permet aux agents IA de récupérer des séquences biologiques (ADN, ARN ou protéines) à partir des bases de données publiques NCBI et ENA, en gérant automatiquement la désambiguïsation entre différents types d'identifiants. Elle implémente une hiérarchie de qualité stricte : les séquences RefSeq (préfixes NM_/NP_) sont prioritaires, suivies des RefSeq prédites (XM_/XP_), puis des soumissions GenBank. Cela garantit que l'agent utilise toujours la séquence la plus fiable et curée disponible pour une requête donnée. La compétence est particulièrement utile pour les tâches de bioinformatique telles que la récupération de séquences par accession, la conversion d'un symbole de gène en séquence, l'extraction d'isoformes de transcription spécifiques, et la distinction entre séquences curées et soumissions brutes. Son fonctionnement repose sur des appels aux API REST de NCBI et ENA, avec une logique de fallback et de validation pour éviter les erreurs d'identifiant ou les conflits de nomenclature.

Compatible avec~Claude Code~Codex CLI~Cursor
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Documentation

Que fait tooluniverse-sequence-retrieval ?

Récupérez des séquences ADN/ARN/protéines depuis NCBI et ENA avec désambiguïsation. Hiérarchie de qualité : RefSeq (NM_/NP_) > RefSeq prédit (XM_/XP_) > soumissions GenBank. Utilisez-le pour récupérer des séquences spécifiques par accession, rechercher des séquences par symbole de gène, récupérer des isoformes de transcription, et préférer les soumissions curées par rapport aux soumissions brutes.

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