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mims-harvard/tooluniverse-sequence-retrieval

Recupera secuencias de ADN/ARN/proteínas de NCBI y ENA con desambiguación. Jerarquía de calidad: RefSeq (NM_/NP_) > RefSeq predichas (XM_/XP_) > envíos GenBank. Útil para obtener secuencias específicas por acceso, búsqueda de símbolo génico a secuencia, recuperación de isoformas de transcritos y preferencia entre envíos curados y crudos.

¿Qué es tooluniverse-sequence-retrieval?

La habilidad `mims-harvard/tooluniverse-sequence-retrieval` permite recuperar secuencias de ADN, ARN y proteínas desde las bases de datos NCBI y ENA, manejando automáticamente la desambiguación entre diferentes versiones y fuentes. Implementa una jerarquía de calidad para priorizar los resultados: primero las secuencias RefSeq curadas (con prefijos NM_ o NP_), luego las RefSeq predichas (XM_ o XP_), y finalmente los envíos crudos de GenBank. Es ideal para desarrolladores de agentes de IA que necesitan obtener secuencias específicas a partir de números de acceso, realizar búsquedas por símbolo génico (como *BRCA1* o *TP53*) para recuperar la secuencia asociada, obtener isoformas de transcritos, o seleccionar preferentemente secuencias curadas sobre envíos directos. La habilidad se integra con plataformas como Claude Code, Cursor y Codex, y expone herramientas que aceptan argumentos como el identificador de secuencia (*sequence_id*) o el símbolo génico (*gene_symbol*), además de un parámetro opcional *prefer_curated* para controlar la preferencia de curado. Su documentación detallada (SKILL.md) guía al agente en el uso correcto, incluyendo ejemplos de invocación y explicación de la jerarquía de calidad.

Compatible con~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse/tree/main/skills/tooluniverse-sequence-retrieval

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Documentación

¿Qué hace tooluniverse-sequence-retrieval?

Recupera secuencias de ADN/ARN/proteínas de NCBI y ENA con desambiguación. Jerarquía de calidad: RefSeq (NM_/NP_) > RefSeq predichas (XM_/XP_) > envíos GenBank. Útil para obtener secuencias específicas por acceso, búsqueda de símbolo génico a secuencia, recuperación de isoformas de transcritos y preferencia entre envíos curados y crudos.

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