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mims-harvard/tooluniverse-sequence-retrieval

Ruft DNA/RNA/Protein-Sequenzen von NCBI und ENA mit Disambiguierung ab. Qualitätshierarchie: RefSeq (NM_/NP_) > RefSeq predicted (XM_/XP_) > GenBank-Einreichungen. Verwendung zum Abrufen spezifischer Sequenzen per Accession, Gen-Symbol-zu-Sequenz-Suche, Transkript-Isoform-Abfrage und Präferenz für kuratierte vs. rohe Einreichungen.

Was ist tooluniverse-sequence-retrieval?

Dieses Skill ermöglicht den zuverlässigen Abruf von DNA-, RNA- und Proteinsequenzen aus den öffentlichen Datenbanken NCBI und ENA. Es implementiert eine intelligente Disambiguierungsstrategie mit einer klaren Qualitätshierarchie: Bevorzugt werden kuratierte RefSeq-Einträge (NM_/NP_), gefolgt von vorhergesagten RefSeq-Einträgen (XM_/XP_) und schließlich rohen GenBank-Einreichungen. Der Skill unterstützt mehrere Anwendungsfälle: das Abrufen spezifischer Sequenzen anhand ihrer Accession-Nummer, die Suche nach Sequenzen über Gensymbole (z. B. TP53) und das Abrufen bestimmter Transkript-Isoformen. Er ist besonders nützlich für Bioinformatiker und Entwickler, die in ihren Workflows konsistente und qualitativ hochwertige Sequenzdaten benötigen. Der Skill arbeitet datenbankunabhängig und kann auf verschiedenen KI-Agent-Plattformen wie Claude Code oder Cursor eingesetzt werden, um automatisierte Sequenzabfragen direkt in der Entwicklungsumgebung zu ermöglichen.

Funktioniert mit~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse/tree/main/skills/tooluniverse-sequence-retrieval

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Dokumentation

Was macht tooluniverse-sequence-retrieval?

Ruft DNA/RNA/Protein-Sequenzen von NCBI und ENA mit Disambiguierung ab. Qualitätshierarchie: RefSeq (NM_/NP_) > RefSeq predicted (XM_/XP_) > GenBank-Einreichungen. Verwendung zum Abrufen spezifischer Sequenzen per Accession, Gen-Symbol-zu-Sequenz-Suche, Transkript-Isoform-Abfrage und Präferenz für kuratierte vs. rohe Einreichungen.

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