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mims-harvard/tooluniverse-序列检索

从NCBI和ENA检索DNA/RNA/蛋白质序列并自动消歧,按质量层级优先选择RefSeq(NM_/NP_)> 预测RefSeq(XM_/XP_)> GenBank提交序列。适用于按编号获取特定序列、基因符号到序列查询、转录本异构体检索以及精选提交与原始提交的偏好选择。

tooluniverse-序列检索 是什么?

该技能用于从NCBI(美国国家生物技术信息中心)和ENA(欧洲核苷酸档案库)检索DNA、RNA或蛋白质序列,并自动处理歧义问题。它遵循严格的质量层级:优先使用RefSeq(如NM_或NP_开头),其次是预测的RefSeq(如XM_或XP_),最后是GenBank原始提交。用户只需提供序列编号或基因符号,技能即可返回对应的完整序列。该技能在Claude Code、Cursor、Codex等AI代理平台上运行,特别适合分子生物学研究、基因组学分析和生物信息学工作流。通过调用公共数据库的API(如NCBI的efetch),它能够高效获取转录本异构体、区分精选序列(RefSeq)和原始提交(GenBank),并支持批量检索。其核心优势在于自动消歧和优先级排序,确保用户总是得到最可靠、高质量的序列数据。

兼容平台~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse/tree/main/skills/tooluniverse-sequence-retrieval

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文档

tooluniverse-序列检索 是做什么的?

从NCBI和ENA检索DNA/RNA/蛋白质序列并自动消歧。质量层级:RefSeq(NM_/NP_)> 预测RefSeq(XM_/XP_)> GenBank提交序列。用于按编号获取特定序列、基因符号到序列查询、转录本异构体检索以及精选提交与原始提交的偏好选择。

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