mims-harvard/tooluniverse-sequence-retrieval

Recupera sequências de DNA/RNA/proteínas do NCBI e ENA com desambiguação. Hierarquia de qualidade: RefSeq (NM_/NP_) > RefSeq previsto (XM_/XP_) > submissões GenBank. Use para buscar sequências específicas por acesso, consulta gene-símbolo-para-sequência, recuperação de isoformas de transcritos e preferência por submissões curadas vs. brutas.

O que é tooluniverse-sequence-retrieval?

Esta skill permite a recuperação de sequências biológicas (DNA, RNA e proteínas) a partir das bases de dados NCBI (GenBank, RefSeq) e ENA (European Nucleotide Archive), oferecendo um mecanismo de desambiguação e hierarquia de qualidade. Ela prioriza sequências curadas do RefSeq (como NM_ para mRNA e NP_ para proteínas) sobre sequências previstas (XM_/XP_) e, por fim, submissões brutas do GenBank. É útil para desenvolvedores e pesquisadores que precisam buscar sequências por número de acesso, mapear símbolos de genes para sequências específicas, recuperar isoformas de transcritos ou controlar se preferem dados curados ou submissões diretas. A skill é compatível com ferramentas de agente de IA como Claude Code, Cursor e Codex, funcionando através de chamadas a APIs públicas do NCBI e ENA, com tratamento automático de redirecionamentos e versões de sequências.

Funciona com~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/mims-harvard/tooluniverse/tree/main/skills/tooluniverse-sequence-retrieval

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Documentação

O que tooluniverse-sequence-retrieval faz?

Recupera sequências de DNA/RNA/proteínas do NCBI e ENA com desambiguação. Hierarquia de qualidade: RefSeq (NM_/NP_) > RefSeq previsto (XM_/XP_) > submissões GenBank. Use para buscar sequências específicas por acesso, consulta gene-símbolo-para-sequência, recuperação de isoformas de transcritos e preferência por submissões curadas vs. brutas.

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