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brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

用於準備國際組織(IO)期刊手稿的重現/透明化材料。IO 的標誌性要求在最終接受前進行驗證——編輯部在條件接受時要求數據和程式碼,IO 工作人員重新執行量化結果並驗證形式模型的證明,編輯直到所有報告結果都確認後才發出最終接受;材料隨後存入 IO Dataverse 並附上 DOI 和數據可用性聲明。此技能協助準備相關套件,但不免除既有要求。

Awesome-Journal-Skills 是什麼?

此 AI 代理技能專門為投稿至《International Organization》(IO)期刊的研究者設計,協助其在最終接受前完成所需的數據和程式碼驗證與透明度流程。IO 期刊的獨特要求是:在條件接受(conditional acceptance)時,編輯部會索取數據和命令檔案,由其工作人員重新執行量化分析的程式碼以確認報告結果,並驗證形式模型的證明。只有所有分析結果都獲得確認後,編輯才會發出最終接受。該技能提供了完整的「邊分析邊建置」核對清單,涵蓋主腳本、README 文件、軟體版本固定、隨機種子設定、形式證明附錄、數據可用性聲明(DAS)以及資料存入 IO Dataverse(Harvard Dataverse)並獲取 DOI 的步驟。它也支援數據無法完全共享時(如隱私、倫理或法律限制)的豁免路徑,包括提供合成數據和存取說明。適用於 Claude Code、Cursor、Codex 等開發工具,可大幅減少條件接受後的行政延遲,確保稿件順利通過最終驗證。

相容平台~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills/tree/HEAD/International-Organization-Skills/skills/io-transparency-and-data-policy

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說明文件

透明度與數據政策 (io-transparency-and-data-policy)

IO 不僅僅要求提供數據——其編輯部工作人員會重新執行你的量化結果,並驗證你形式模型的證明,且編輯在確認所有報告分析之前,不會發出最終接受。 這種出版前驗證是 IO 的標誌性流程。請在分析過程中就建置好套件,以免條件接受後陷入停滯。

何時觸發

  • 建置可重現/複製套件(請在分析過程中開始,而非等到接受後)
  • 稿件已達條件接受階段,且編輯部要求提供數據和程式碼
  • 你有形式模型,IO 工作人員會驗證其證明
  • 數據無法完全共享(因隱私、倫理、法律或提供者限制),需要處理路徑
  • 撰寫數據可用性聲明

IO 的要求(請至政策頁面確認最新措辭 — 待核實逐字內容)

  1. 初次提交時不提供數據。 作者在首次提交時不提供數據或命令檔案(以符合雙盲審查要求)。
  2. 條件接受時要求提供數據。 編輯部在條件接受時要求提供數據和命令檔案。
  3. 最終接受前進行驗證。 對於使用量化數據的論文,IO 工作人員重新執行程式碼以確認報告結果;對於形式論文,IO 工作人員驗證證明。編輯在所有報告分析的結果確認之前,不會發出最終接受。請將此視為真實的檢查,而非形式流程。
  4. 存入 IO Dataverse。 最終接受後,將量化數據集及支援檔案上傳至Harvard Dataverse 上的 IO Dataverse;該紀錄會產生一個DOI,需在發表的文章中引用。請勿使用個人網站或一般雲端連結。
  5. 數據可用性聲明。 量化文章必須包含DAS(質性文章強烈鼓勵),且應置於參考文獻列表之前。
  6. 質性材料。 強烈鼓勵作者將質性數據存入雪城大學的質性數據庫(QDR),並在必要時設定存取控制。

數據無法共享時(豁免路徑)

  • 說明原因:為什麼相關數據不可用(倫理/隱私考量或提供者的法律限制)。
  • 在README 中提供確切的指導,說明他人如何獲取數據(存取流程、申請方式、提供者聯絡資訊)。
  • 在可能的情況下,提供合成或模擬數據,使程式碼可以端到端執行。(請確認政策頁面上的最新豁免程序 — 待核實。)

邊分析邊建置核對清單

  • 一個主腳本從原始/建構數據重新生成每一個表格和圖形
  • README 記錄數據來源、建構步驟、軟體以及如何重現每個展示項
  • 每個隨機步驟都設定並報告隨機種子
  • 固定軟體/套件版本(renv.lock / requirements.txt / 記錄的安裝過程)
  • 稿件中的展示項編號與套件輸出完全一致(IO 工作人員會重新執行)
  • 形式模型:提供完整、可驗證的證明附錄,供 IO 工作人員檢查
  • 數據可用性聲明已草擬(置於參考文獻列表之前)
  • 限制數據:豁免說明 + 存取指引 + 可行時提供合成數據
  • 質性數據:考慮存入 QDR;記錄主張的來源

反模式

  • 將數據存入視為出版後的附加事項(它阻礙了最終接受)
  • 存入無法實際重現印刷表格/圖形的程式碼(IO 會重新執行)
  • 形式模型附有含糊或不完整的證明(IO 會驗證證明)
  • 使用個人 URL 而非 IO Dataverse;文章中未引用 DOI
  • 聲稱數據受限制,但未提供存取路徑或合成替代品
  • 遺漏數據可用性聲明

輸出格式

【階段】初始(無數據)/ 條件接受(要求數據)/ 最終前(驗證)
【量化可重現?】主腳本在本機重新執行所有表格/圖形?[Y/N]
【形式證明】完整、可驗證的證明附錄?[Y/N/NA]
【資料庫】IO Dataverse (Harvard) 已階段設定 + DOI 規劃?[Y/N]
【數據可用性聲明】已在參考文獻前草擬?[Y/N]
【限制數據?】豁免說明 + 存取路徑 + 合成數據?
【質性】QDR 存入 + 來源已記錄?[Y/N/NA]
【下一步】io-review-process

補充資源

Individual skills in this repo

This repo contains 14 individual skills — each has its own dedicated page.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when preparing the data-availability statement and the data/code archive for a Conservation Biology manuscript. The journal (Wiley/SCB) requires a data-availability statement for research/synthesis articles, encourages data sharing, and requires sensitive species data to be protected. Prepares the package; it does not waive requirements.

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Use when preparing the data-availability statement and reproducibility materials for a Demography (PAA / Duke University Press) manuscript. Demography requires a data availability statement at acceptance with persistent identifiers and encourages reproducible, commented code; it hosts no repository, so authors deposit in a FAIR repository. Covers restricted-data exemptions. Prepares the materials; it does not waive requirements.

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Use when targeting Light: Science & Applications or deciding whether a photonics manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, the Nature-Portfolio significance bar, optical-measurement rigor, open-access house style, the Light-vs-Optica-vs-review routing, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Biomedical Engineering or deciding whether a biomedical-engineering / health-technology manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, the Nature-style biomedical-significance and translational bar, validation and evidence rigor, house style, the device-vs-biomaterials-vs-clinical routing, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Electronics or deciding whether an electronic-devices / circuits / systems manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, the Nature-style significance and field-advancing bar, device-and-system measurement rigor, house style, the device-vs-materials-vs-systems routing, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Biotechnology or deciding whether a biotechnology/enabling-methods manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Cell Biology or deciding whether a cell-biology manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when targeting Nature Geoscience or deciding whether an earth science manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when targeting Nature Materials or deciding whether a materials science manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when targeting Nature Nanotechnology or deciding whether a nanotechnology manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when preparing the Data Availability Statement and replication materials for a Governance: An International Journal of Policy, Administration, and Institutions manuscript. Governance requires the statement (mandatory) and encourages sharing data/code in a DOI-citable repository, but does not run a verified pre-publication reproduction check like APSR. Builds the statement and materials; it does not waive requirements.

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Use when preparing the replication / transparency materials for a Journal of Policy Analysis and Management (JPAM) manuscript — depositing data and code in a public repository so the reported results can be reproduced, with an honest exemption path for restricted administrative data. Prepares the package; it does not waive requirements.

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Use when preparing the data-availability statement and reproducibility materials for a Population and Development Review (PDR, Wiley / Population Council) manuscript. PDR follows Wiley's data-sharing and research-integrity expectations — a data availability statement, ORCID, and reproducible, well-documented materials deposited in a FAIR repository (verify current policy). Covers restricted-data exemptions. Prepares the materials; it does not waive requirements.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when preparing the transparency materials for a Public Opinion Quarterly (POQ) manuscript — the AAPOR-standard "Appendix A: Disclosure Elements", the replication package deposited to POQ's Harvard Dataverse, and the Data Availability Statement. POQ requires materials that reproduce exactly all published tables and figures, archived before typesetting. Prepares the materials; it does not waive requirements.

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