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brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Útil para preparar los materiales de replicación/transparencia de un manuscrito para International Organization (IO). El requisito característico de IO es la verificación ANTES de la aceptación final: el personal editorial solicita datos y código en la aceptación condicional, vuelve a ejecutar los resultados cuantitativos y verifica las pruebas de los modelos formales, y los editores retienen la aceptación final hasta que todos los resultados informados estén confirmados; luego los materiales se depositan en el IO Dataverse con un DOI y una Declaración de Disponibilidad de Datos. Prepara el paquete; no exime de los requisitos.

¿Qué es Awesome-Journal-Skills?

Esta habilidad está diseñada para guiar la preparación de un paquete de replicación/transparencia para un manuscrito dirigido a la revista *International Organization* (IO). La característica distintiva de IO es que la verificación de los resultados ocurre antes de la aceptación final, no después: el personal editorial vuelve a ejecutar el código cuantitativo y verifica las pruebas de los modelos formales. Por lo tanto, es fundamental construir el paquete durante el análisis, no esperar hasta la aceptación condicional. El resumen detalla los seis requisitos principales de la política, incluyendo que no se deben enviar datos en la presentación inicial, que los datos se solicitan en la aceptación condicional y que se requiere un depósito en el IO Dataverse de Harvard con un DOI. También cubre cómo manejar datos que no se pueden compartir (proporcionando una ruta de exención), incluye una lista de verificación de 'construir mientras avanzas' y describe los anti-patrones a evitar. La habilidad se puede activar al construir el paquete de reproducibilidad, al alcanzar la aceptación condicional, para modelos formales, cuando los datos no se pueden compartir completamente o al redactar la Declaración de Disponibilidad de Datos.

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Documentación

Política de Transparencia y Datos (io-transparency-and-data-policy)

IO no solo solicita datos — su personal editorial vuelve a ejecutar tus resultados cuantitativos y verifica las pruebas de tus modelos formales, y los editores no emitirán la aceptación final hasta que todos los análisis informados estén confirmados. Esta verificación previa a la publicación es la característica distintiva de IO. Construye el paquete mientras analizas para que la aceptación condicional no se estanque.

Cuándo activarlo

  • Construcción del paquete de reproducibilidad/replicación (comienza durante el análisis, no en la aceptación)
  • Un manuscrito alcanzó la aceptación condicional y el personal editorial solicitó datos y código
  • Tienes un modelo formal cuyas pruebas el personal de IO verificará
  • Los datos no se pueden compartir completamente (restricciones de privacidad, ética, legales/del proveedor) y necesitas la ruta
  • Redacción de la Declaración de Disponibilidad de Datos

Lo que IO requiere (verifica la redacción actual en la página de política — 待核实 en texto literal)

  1. Sin datos en el envío inicial. Los autores no proporcionan datos ni archivos de comandos al enviar inicialmente (consistente con la revisión doble ciego).
  2. Datos solicitados en la aceptación condicional. El personal editorial solicita los datos y archivos de comandos en el momento de la aceptación condicional.
  3. Verificación antes de la aceptación final. Para artículos que utilizan datos cuantitativos, el personal de IO vuelve a ejecutar el código para confirmar los resultados informados; para artículos formales, el personal de IO verifica las pruebas. Los editores no emiten la aceptación final hasta que todos los resultados de todos los análisis informados estén confirmados. Trata esto como una verificación real, no una formalidad.
  4. Depósito en el IO Dataverse. Tras la aceptación final, sube los conjuntos de datos cuantitativos y los archivos de apoyo al IO Dataverse en Harvard Dataverse; la entrada genera un DOI que debe citarse en el artículo publicado. No es un sitio web personal ni un enlace genérico en la nube.
  5. Declaración de Disponibilidad de Datos. Se requiere una DAS para artículos cuantitativos (se recomienda para los cualitativos), que aparezca antes de la lista de referencias.
  6. Materiales cualitativos. Se recomienda encarecidamente a los autores depositar datos cualitativos en el Repositorio de Datos Cualitativos (QDR) en Syracuse, con controles de acceso cuando sea necesario.

Cuando los datos no se pueden compartir (ruta de exención)

  • Explica por qué los datos relevantes no están disponibles (preocupaciones éticas/de privacidad o restricciones legales del proveedor).
  • Proporciona instrucciones en el README sobre exactamente cómo otros pueden obtener los datos (proceso de acceso, solicitud, contacto del proveedor).
  • Cuando sea posible, proporciona datos sintéticos o simulados para que el código se ejecute de principio a fin. (Confirma el procedimiento de exención actual en la página de política en vivo — 待核实.)

Lista de verificación de "construir mientras avanzas"

  • Un script maestro regenera cada tabla y figura a partir de datos brutos/construidos
  • El README documenta la procedencia de los datos, los pasos de construcción, el software y cómo reproducir cada elemento
  • Semillas establecidas e informadas para cada paso estocástico
  • Versiones de software/paquetes fijadas (renv.lock / requirements.txt / instalaciones registradas)
  • Los números de los elementos en el manuscrito coinciden exactamente con la salida del paquete (el personal de IO los vuelve a ejecutar)
  • Modelos formales: un apéndice de pruebas completo y verificable para que el personal de IO lo revise
  • Declaración de Disponibilidad de Datos redactada (antes de la lista de referencias)
  • Datos restringidos: nota de exención + instrucciones de acceso + datos sintéticos cuando sea factible
  • Datos cualitativos: depósito en QDR considerado; fuentes documentadas para las afirmaciones

Anti-patrones

  • Tratar el depósito como algo posterior a la publicación (bloquea la aceptación final)
  • Depositar código que en realidad no reproduce las tablas/figuras impresas (IO lo vuelve a ejecutar)
  • Un modelo formal con pruebas incompletas o vagas (IO verifica las pruebas)
  • Una URL personal en lugar del IO Dataverse; sin DOI citado en el artículo
  • Afirmar que los datos están restringidos sin proporcionar una ruta de acceso o un sustituto sintético
  • Olvidar la Declaración de Disponibilidad de Datos

Formato de salida

【Etapa】inicial (sin datos) / aceptación condicional (datos solicitados) / pre-final (verificación)
【¿Reproduce cuantitativos?】¿El script maestro vuelve a ejecutar todas las tablas/figuras localmente? [S/N]
【Pruebas formales】¿Apéndice de pruebas completo y verificable? [S/N/NA]
【Repositorio】¿IO Dataverse (Harvard) preparado + plan de DOI? [S/N]
【Declaración de Disponibilidad de Datos】¿Redactada antes de las referencias? [S/N]
【¿Datos restringidos?】¿Nota de exención + ruta de acceso + datos sintéticos? [Sí/No/NA]
【Cualitativos】¿Depósito en QDR + fuentes documentadas? [S/N/NA]
【Siguiente】io-review-process

Recursos complementarios

Individual skills in this repo

This repo contains 14 individual skills — each has its own dedicated page.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when preparing the data-availability statement and the data/code archive for a Conservation Biology manuscript. The journal (Wiley/SCB) requires a data-availability statement for research/synthesis articles, encourages data sharing, and requires sensitive species data to be protected. Prepares the package; it does not waive requirements.

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Use when preparing the data-availability statement and reproducibility materials for a Demography (PAA / Duke University Press) manuscript. Demography requires a data availability statement at acceptance with persistent identifiers and encourages reproducible, commented code; it hosts no repository, so authors deposit in a FAIR repository. Covers restricted-data exemptions. Prepares the materials; it does not waive requirements.

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Use when targeting Light: Science & Applications or deciding whether a photonics manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, the Nature-Portfolio significance bar, optical-measurement rigor, open-access house style, the Light-vs-Optica-vs-review routing, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Biomedical Engineering or deciding whether a biomedical-engineering / health-technology manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, the Nature-style biomedical-significance and translational bar, validation and evidence rigor, house style, the device-vs-biomaterials-vs-clinical routing, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Electronics or deciding whether an electronic-devices / circuits / systems manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, the Nature-style significance and field-advancing bar, device-and-system measurement rigor, house style, the device-vs-materials-vs-systems routing, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Biotechnology or deciding whether a biotechnology/enabling-methods manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Cell Biology or deciding whether a cell-biology manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when targeting Nature Geoscience or deciding whether an earth science manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when targeting Nature Materials or deciding whether a materials science manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when targeting Nature Nanotechnology or deciding whether a nanotechnology manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when preparing the Data Availability Statement and replication materials for a Governance: An International Journal of Policy, Administration, and Institutions manuscript. Governance requires the statement (mandatory) and encourages sharing data/code in a DOI-citable repository, but does not run a verified pre-publication reproduction check like APSR. Builds the statement and materials; it does not waive requirements.

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Use when preparing the replication / transparency materials for a Journal of Policy Analysis and Management (JPAM) manuscript — depositing data and code in a public repository so the reported results can be reproduced, with an honest exemption path for restricted administrative data. Prepares the package; it does not waive requirements.

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Use when preparing the data-availability statement and reproducibility materials for a Population and Development Review (PDR, Wiley / Population Council) manuscript. PDR follows Wiley's data-sharing and research-integrity expectations — a data availability statement, ORCID, and reproducible, well-documented materials deposited in a FAIR repository (verify current policy). Covers restricted-data exemptions. Prepares the materials; it does not waive requirements.

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Use when preparing the transparency materials for a Public Opinion Quarterly (POQ) manuscript — the AAPOR-standard "Appendix A: Disclosure Elements", the replication package deposited to POQ's Harvard Dataverse, and the Data Availability Statement. POQ requires materials that reproduce exactly all published tables and figures, archived before typesetting. Prepares the materials; it does not waive requirements.

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