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brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

用於準備《人口與發展評論》(PDR, Wiley / Population Council) 稿件所需的資料取得聲明與再現性材料。此技能遵循 Wiley 的資料共享與研究誠信規範,涵蓋資料可用性聲明、ORCID、可再現且完整文件化的材料儲存至 FAIR 倉儲(請核對最新政策),並處理限制資料的豁免事項。準備材料,但不免除要求。

Awesome-Journal-Skills 是什麼?

此技能旨在協助投稿《人口與發展評論》(PDR)的作者,在稿件準備、修訂或接受階段,有效率地建立符合 Wiley 資料共享與研究誠信要求的資料取得聲明與再現性材料。PDR 本身不提供資料倉儲,因此作者需自行選擇一個 FAIR 相容的倉儲(如 ICPSR、Harvard Dataverse、Zenodo、OSF)並提供持久識別碼。此技能會引導作者逐步完成資料聲明草擬、程式碼整理與版本記錄、以及處理 DHS 或普查微資料等常見的限制資料規範。它還提供審查者常見的質疑模式及對應的修正建議,並附帶一份輸出自檢清單,確保所有要求皆已滿足,避免稿件因資料問題而延遲。

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npx skills add https://github.com/brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills/tree/HEAD/Population-and-Development-Review-Skills/skills/popdevr-transparency-and-data

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說明文件

透明度與資料 (popdevr-transparency-and-data)

PDR 隸屬於 Wiley 的作者與研究誠信框架:預期需提供資料取得聲明,鼓勵/要求提交作者使用 ORCID,並期望作者在倫理與授權許可範圍內提供資料與材料。PDR 本身不設倉儲——您需自行選擇一個FAIR 倉儲並提供持久識別碼。應逐步建置材料,以免修訂與接受階段受阻。請核對 Wiley 作者頁面與資料政策頁面的最新用語。 待核實

觸發時機

  • 建置再現性材料與資料取得聲明
  • 稿件已達修訂/接受階段,需完成聲明與存檔
  • 資料因隱私、保密、DHS/普查授權、提供者限制等原因無法完全共享,需使用豁免用語
  • 選擇倉儲及持久識別碼;設定 ORCID

PDR / Wiley 的期望(請核對作者頁面的最新政策)

  1. 資料取得聲明。 包含一份描述是否以及如何取得結果所依賴資料的聲明。對於公開資料,請提供取得方法與持久識別碼(DOI 或入藏號);對於限制資料,請說明取得條件。
  2. FAIR 倉儲 + 持久識別碼。 由於 PDR 本身不設倉儲,請將資料與材料存放於FAIR 相容的倉儲(ICPSR/openICPSR、Harvard Dataverse、Zenodo、OSF),並以永久連結(而非個人網站或通用雲端資料夾)引用。可透過 FAIRsharing.org 或 re3data.org 尋找適合的倉儲。
  3. 可再現且文件化的程式碼。 提供能重新生成結果的程式碼,並記錄軟體版本與添加有資訊性的註解。對於量化人口與發展論文,這應是預期而非可選項目。
  4. 限制資料(此領域常見)。 DHS、普查微資料以及連結行政紀錄通常受授權或保密限制——請描述限制取得的條件以及他人如何取得這些資料,提供抽取規格與程式碼而非原始微資料,並盡可能符合 FAIR 原則。
  5. ORCID 與誠信。 提交作者需提供 ORCID;若涉及人類受試者,請聲明資金來源、利益衝突及倫理/同意資訊。

逐步建置檢查清單

  • 資料取得聲明已草擬(公開 / 限制 / 經請求提供),附有持久識別碼
  • 資料與材料已存入FAIR 倉儲,並獲得 DOI/入藏號
  • 有一個主程式指令碼可重新生成所有表格、圖形、生命表、分解及預測
  • README 文件說明資料來源/版本、比率/暴露量的建構方式,以及如何重現每個圖表
  • 程式碼已添加註解,且軟體/套件版本已記錄(renv.lock / requirements.txt / installs)
  • 已設定並報告隨機種子(用於拔靴法與模擬)
  • 稿件中的圖表編號完全匹配已存檔的輸出
  • 限制資料:豁免註記 + 取得條件 + 抽取規格 + 可行時使用合成資料
  • 提交作者已註冊ORCID;已聲明資金來源/利益衝突/倫理資訊

反模式

  • 將資料聲明視為接受前最後一刻的例行公事
  • 使用個人網址或通用雲端連結,而非 FAIR 倉儲中的持久識別碼
  • 發布您無權重新散布的授權 DHS/普查微資料(應改為分享抽取程式碼)
  • 缺乏文件、隨機種子、註解的程式碼,且「在我的機器上才能執行」
  • 聲稱資料受限卻未說明取得條件

在 PDR 中,再現性審查者預期什麼

PDR 的審查者會重新推導分母或重新執行分解,並關心授權資料是否被正確處理。請根據您實際使用的資料類別調整套件。

資料類別典型來源儲存義務
完全公開HMD、HFD、WPP、已出版的動態統計、世界銀行/WDI抽取程式碼 + 建構的分析檔案(若授權允許) + 持久識別碼
公開但需授權IPUMS、DHS、重新散布受限的普查抽取規格 + 程式碼,非原始微資料;引用提供者的持久取得路徑
限制/保密連結行政紀錄、RDC 專屬普查、連結登錄資料程式碼 + 合成替代檔案 + 確切的取得條件註記

審查者質疑模式與 PDR 專屬修正

  • 「我無法分辨這些數字來自哪個 WPP/HMD 版本或哪輪 DHS。」 -> 在 README 和程式碼註解中記錄發布標籤與下載日期;版本與輪次會更改數值。
  • 「您發布了 DHS 微資料——這違反了授權。」 -> 移除原始微資料;提供 DHS 抽取請求規格與清理程式碼,並將 DHS 引用為持久取得路徑。
  • 「您的拔靴/預測區間無法再現。」 -> 為每個重抽樣與模擬步驟設定並報告隨機種子。
  • 「您說資料受限,但未提供取得方式。」 -> 指明資料飛地或申請管道及取得條件;僅寫「受限」會讓人覺得是在迴避。

輸出格式

【資料聲明】公開 / 限制 / 經請求提供 — 已草擬並附持久識別碼?[Y/N]
【倉儲】FAIR 倉儲 + DOI/入藏號(非個人網址)?[Y/N]
【授權資料處理】針對 DHS/普查提供了抽取程式碼(非原始微資料)?[Y/N/NA]
【可再現程式碼】主程式指令碼 + 註解 + 記錄版本 + 隨機種子?[Y/N]
【圖表匹配存檔?】[Y/N]
【ORCID + 聲明】提交作者的 ORCID + 資金來源/利益衝突/倫理?[Y/N]
【下一步】popdevr-review-process

補充資源

Individual skills in this repo

This repo contains 14 individual skills — each has its own dedicated page.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when preparing the data-availability statement and the data/code archive for a Conservation Biology manuscript. The journal (Wiley/SCB) requires a data-availability statement for research/synthesis articles, encourages data sharing, and requires sensitive species data to be protected. Prepares the package; it does not waive requirements.

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Use when preparing the data-availability statement and reproducibility materials for a Demography (PAA / Duke University Press) manuscript. Demography requires a data availability statement at acceptance with persistent identifiers and encourages reproducible, commented code; it hosts no repository, so authors deposit in a FAIR repository. Covers restricted-data exemptions. Prepares the materials; it does not waive requirements.

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Use when targeting Light: Science & Applications or deciding whether a photonics manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, the Nature-Portfolio significance bar, optical-measurement rigor, open-access house style, the Light-vs-Optica-vs-review routing, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Biomedical Engineering or deciding whether a biomedical-engineering / health-technology manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, the Nature-style biomedical-significance and translational bar, validation and evidence rigor, house style, the device-vs-biomaterials-vs-clinical routing, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Electronics or deciding whether an electronic-devices / circuits / systems manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, the Nature-style significance and field-advancing bar, device-and-system measurement rigor, house style, the device-vs-materials-vs-systems routing, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Biotechnology or deciding whether a biotechnology/enabling-methods manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Cell Biology or deciding whether a cell-biology manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when targeting Nature Geoscience or deciding whether an earth science manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when targeting Nature Materials or deciding whether a materials science manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when targeting Nature Nanotechnology or deciding whether a nanotechnology manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when preparing the Data Availability Statement and replication materials for a Governance: An International Journal of Policy, Administration, and Institutions manuscript. Governance requires the statement (mandatory) and encourages sharing data/code in a DOI-citable repository, but does not run a verified pre-publication reproduction check like APSR. Builds the statement and materials; it does not waive requirements.

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Use when preparing the replication/transparency materials for an International Organization (IO) manuscript. IO's signature requirement is verification BEFORE final acceptance — the editorial staff request data and code at conditional acceptance, IO staff re-run quantitative results and check proofs of formal models, and editors withhold final acceptance until all reported results are confirmed; materials then deposit to the IO Dataverse with a DOI and a Data Availability Statement. Prepares the package; it does not waive requirements.

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Use when preparing the replication / transparency materials for a Journal of Policy Analysis and Management (JPAM) manuscript — depositing data and code in a public repository so the reported results can be reproduced, with an honest exemption path for restricted administrative data. Prepares the package; it does not waive requirements.

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Use when preparing the transparency materials for a Public Opinion Quarterly (POQ) manuscript — the AAPOR-standard "Appendix A: Disclosure Elements", the replication package deposited to POQ's Harvard Dataverse, and the Data Availability Statement. POQ requires materials that reproduce exactly all published tables and figures, archived before typesetting. Prepares the materials; it does not waive requirements.

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