QC des criblages CRISPR
Un pipeline de criblage pooled émet une valeur q par gène : hit / non-hit. Cette valeur scalaire jette la structure intra-gène des guides, donc un gène pour lequel le criblage n'avait aucun pouvoir apparaît identique à un gène qui n'a réellement aucun effet. Cette compétence relit la structure — uniquement à partir des comptages, calibrée sur les contrôles non-ciblants / négatifs, jamais à partir d'un gold standard — et qualifie chaque non-hit avec une raison nommée (trop peu de guides utilisables, dispersion trop élevée, effet en dessous de la bande nulle).
Sur le criblage de perte de leucémie Wang-2014, elle signale ~53 % des échecs silencieux du gold standard avec un taux de faux drapeaux de 3 %, et le drapeau est non-redondant avec le FDR (|ρ|≈0,29) — elle attrape ce que la valeur q manque. (Honnêtement : la valeur ici est la lisibilité / qualification, pas une amélioration de la précision de récupération.) Méthode complète, évaluation pré-enregistrée Q1–Q4, et limites : docs/screen-power.md
Installation
pip install karyon
Utilisation
Exécutez l'analyse de référence (le criblage de démonstration) :
from karyon import screen_qc
screen_qc.run() # seeds par défaut=50 ; affiche la qualification + la garde de non-redondance
Qualifiez les non-hits de votre propre criblage (comptages → raisons) :
from karyon import screen_qc as sq
null = sq.null_band(calib_lfcs, direction="deplete") # bande nulle à partir des contrôles NT/NEG
verdicts = sq.qualify(non_hit_genes, gene_guides, null=null) # GeneReliability par gène, avec raisons
reliability_contracts(...) est le contracts.ContractSet sous-jacent ; chaque GeneReliability nomme pourquoi un non-hit est (non)fiable.
Composition avec NVIDIA BioNeMo
Fonctionne en aval d'un pipeline de génomique accéléré (par ex., Parabricks → comptages de guides → un résumé génique de style MAGeCK) : le modèle/pipeline appelle les hits, cette compétence qualifie les non-hits pour que l'agent rapporte « gène X : non-hit, mais sous-puissancé (4 guides utilisables, dispersion au-dessus du seuil) » au lieu d'un simple « aucun effet ».
Portée (honnête)
Qualification, pas précision : elle vous indique quels non-hits ne pas croire, elle ne re-classe pas les hits. Calibrée sur les contrôles, elle nécessite donc un criblage avec des guides non-ciblants / de contrôle négatif.