CRISPR 篩選品質控制
匯總篩選管線會為每個基因輸出一個 q 值:命中/非命中。這個標量拋棄了基因內的導引結構,因此篩選無力判斷的基因看起來與確實無效的基因一模一樣。此技能僅從計數中讀回該結構——透過非靶向/陰性對照組校準,從不依賴黃金標準——並為每個非命中基因提供一個命名理由(可用導引太少、離散度過高、效應低於 null 頻帶)。
在 Wang-2014 白血病缺失篩選中,它以 3% 的誤報率標記了約 53% 的黃金標準隱性失敗,且該標記與 FDR 非冗餘(|ρ|≈0.29)——它捕捉了 q 值遺漏的資訊。(誠實地說:此處的價值在於可讀性/資格驗證,而非恢復準確度的提升。)完整方法、預先註冊的 Q1–Q4 評估及限制請見: docs/screen-power.md。
安裝
pip install karyon
使用方式
執行參考分析(示範篩選):
from karyon import screen_qc
screen_qc.run() # 預設 seeds=50;列印資格驗證 + 非冗餘保護
為您自己的篩選的非命中基因進行資格驗證(計數 → 原因):
from karyon import screen_qc as sq
null = sq.null_band(calib_lfcs, direction="deplete") # 從 NT/NEG 對照組獲得的 null 頻帶
verdicts = sq.qualify(non_hit_genes, gene_guides, null=null) # 每個基因的 GeneReliability,附帶原因
reliability_contracts(...) 是底層的 contracts.ContractSet;每個 GeneReliability 都會指明非命中基因為何(不)值得信賴。
與 NVIDIA BioNeMo 的整合
運行於加速基因組學管線(例如 Parabricks → 導引計數 → MAGeCK 風格的基因匯總)的下游:模型/管線呼叫命中,此技能對非命中進行資格驗證,以便代理報告「基因 X:非命中,但統計力不足(4 個可用導引,離散度超過閾值)」,而非單純的「無效應」。
範圍(誠實)
資格驗證,而非準確度:它告訴您哪些非命中基因應不信任,但不會重新排序命中基因。基於對照組校準,因此需要一個包含非靶向/陰性對照導引的篩選。