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Curtisflo/karyon

可读的、确定性的生物AI工具输出质量控制/鉴定工具——基于命名理由合约,可与NVIDIA BioNeMo组合使用。

karyon 是什么?

Curtisflo/karyon 是一个针对CRISPR筛选文库的QC(质量控制)工具。其核心价值在于,它不依赖于金标准,仅从测序计数出发,并利用非靶向/阴性对照进行校准,为每个非显著基因提供可读的、命名式的鉴定理由(例如可用的guide太少、离散度过高、效应量低于零假设区间)。该工具解决了传统q-value标量丢失了基因内部guide结构信息的问题,使得一个统计无功效的基因与一个真正无效应的基因得以区分。在Wang-2014白血病缺失筛选数据集上,它能以3%的误报率识别出约53%的金标准沉默失败事件,且这些标志与FDR非冗余(|ρ|≈0.29),能够捕获q-value遗漏的信息。该工具可通过pip安装,并提供了参考分析函数。它设计为与NVIDIA BioNeMo等加速基因组学管线组合使用,位于MAGeCK-style基因汇总下游,为智能体报告提供更细致的“非显著”原因,而不仅仅是“无效应”。

兼容平台~Claude Code~Codex CLI~Cursor
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文档

CRISPR 筛选QC

池化筛选流程会为每个基因输出一个q-value值,用以判定该基因是“显著”或“非显著”。这个标量丢掉了基因内部的guide结构信息,因此一个筛选完全无统计功效的基因,看起来与一个真正无效应的基因完全一样。本技能能够仅从计数出发,依据非靶向/阴性对照进行校准,且从不依赖金标准,重新读取该结构信息,并为每个非显著基因附上命名式的鉴定理由(可用guide太少、离散度过高、效应量低于零假设区间)。

在Wang-2014白血病缺失筛选数据集上,它以3%的误报率识别出约53%的金标准沉默失败事件,并且这些标志与FDR非冗余(|ρ|≈0.29)——它能够捕获q-value遗漏的信息。(坦诚地说:本技能的价值在于可读性/鉴定,而非提升召回准确率。)完整方法、预注册的Q1–Q4评估以及局限说明,请见:docs/screen-power.md。

安装

pip install karyon

使用方法

运行参考分析(演示筛选):

from karyon import screen_qc
screen_qc.run()                 # 默认seeds=50;输出鉴定结果 + 非冗余性保护

鉴定您自己的筛选中的非显著基因(计数 → 原因):

from karyon import screen_qc as sq
null    = sq.null_band(calib_lfcs, direction="deplete")   # 从NT/NEG对照计算零假设区间
verdicts = sq.qualify(non_hit_genes, gene_guides, null=null)   # 每个基因的GeneReliability,附带原因

reliability_contracts(...) 是底层的 contracts.ContractSet;每个 GeneReliability 指明了非显著基因为何(不)可信。

与NVIDIA BioNeMo的组合使用

本技能运行在下游,位于加速基因组学管线(例如Parabricks → guide计数 → MAGeCK风格的基因汇总)之后:模型/管线负责判断“显著”,本技能负责鉴定非显著基因,从而使智能体能够报告“基因X:非显著,但统计功效不足(可用guide 4条,离散度高于阈值)”,而不仅仅是报告“无效应”。

范围(坦诚说明)

鉴定,而非精度提升:它告诉您哪些非显著基因不可信,但不会对显著基因重新排序。基于对照进行校准,因此需要筛选包含非靶向/阴性对照guide。

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