CRISPR 筛选QC
池化筛选流程会为每个基因输出一个q-value值,用以判定该基因是“显著”或“非显著”。这个标量丢掉了基因内部的guide结构信息,因此一个筛选完全无统计功效的基因,看起来与一个真正无效应的基因完全一样。本技能能够仅从计数出发,依据非靶向/阴性对照进行校准,且从不依赖金标准,重新读取该结构信息,并为每个非显著基因附上命名式的鉴定理由(可用guide太少、离散度过高、效应量低于零假设区间)。
在Wang-2014白血病缺失筛选数据集上,它以3%的误报率识别出约53%的金标准沉默失败事件,并且这些标志与FDR非冗余(|ρ|≈0.29)——它能够捕获q-value遗漏的信息。(坦诚地说:本技能的价值在于可读性/鉴定,而非提升召回准确率。)完整方法、预注册的Q1–Q4评估以及局限说明,请见:docs/screen-power.md。
安装
pip install karyon
使用方法
运行参考分析(演示筛选):
from karyon import screen_qc
screen_qc.run() # 默认seeds=50;输出鉴定结果 + 非冗余性保护
鉴定您自己的筛选中的非显著基因(计数 → 原因):
from karyon import screen_qc as sq
null = sq.null_band(calib_lfcs, direction="deplete") # 从NT/NEG对照计算零假设区间
verdicts = sq.qualify(non_hit_genes, gene_guides, null=null) # 每个基因的GeneReliability,附带原因
reliability_contracts(...) 是底层的 contracts.ContractSet;每个 GeneReliability 指明了非显著基因为何(不)可信。
与NVIDIA BioNeMo的组合使用
本技能运行在下游,位于加速基因组学管线(例如Parabricks → guide计数 → MAGeCK风格的基因汇总)之后:模型/管线负责判断“显著”,本技能负责鉴定非显著基因,从而使智能体能够报告“基因X:非显著,但统计功效不足(可用guide 4条,离散度高于阈值)”,而不仅仅是报告“无效应”。
范围(坦诚说明)
鉴定,而非精度提升:它告诉您哪些非显著基因不可信,但不会对显著基因重新排序。基于对照进行校准,因此需要筛选包含非靶向/阴性对照guide。