Calificación de Pantallas CRISPR (QC)
Un pipeline de pantallas pooled emite un q-value por gen: hit / no-hit. Ese escalar descarta la estructura de guías dentro del gen, por lo que un gen para el cual la pantalla no tenía poder para detectar efecto se ve idéntico a un gen que genuinamente no tiene efecto. Esta habilidad recupera la estructura — exclusivamente a partir de los conteos, calibrada en los controles no dirigidos / negativos, nunca a partir de un estándar de oro — y califica cada no-hit con una razón nombrada (demasiadas guías no utilizables, dispersión demasiado alta, efecto por debajo de la banda nula).
En la pantalla de pérdida de función (dropout) de leucemia Wang-2014, señala ~53% de los fallos silenciosos de referencia con una tasa de falsos positivos del 3%, y la señal es no redundante con el FDR (|ρ|≈0.29) — detecta lo que el q-value pasa por alto. (Honestamente: el valor aquí es legibilidad / calificación, no una mejora en la precisión de recuperación). Método completo, evaluación de trimestres Q1–Q4 preregistrada y limitaciones: docs/screen-power.md
Instalación
pip install karyon
Uso
Ejecute el análisis de referencia (la pantalla de demostración):
from karyon import screen_qc
screen_qc.run() # seeds=50 por defecto; imprime la calificación + la verificación de no redundancia
Califique sus propios no-hits (conteos → razones):
from karyon import screen_qc as sq
null = sq.null_band(calib_lfcs, direction="deplete") # banda nula a partir de controles NT/NEG
verdicts = sq.qualify(non_hit_genes, gene_guides, null=null) # GeneReliability por gen, con razones
reliability_contracts(...) es el contracts.ContractSet subyacente; cada GeneReliability nombra por qué un no-hit es (no) fiable.
Composición con NVIDIA BioNeMo
Se ejecuta aguas abajo de un pipeline genómico acelerado (p. ej., Parabricks → conteos de guías → un resumen de genes al estilo MAGeCK): el modelo/pipeline llama a los hits, esta habilidad califica los no-hits para que el agente informe "gen X: no-hit, pero con bajo poder (4 guías utilizables, dispersión por encima del umbral)" en lugar de un simple "sin efecto".
Alcance (honesto)
Calificación, no precisión: le dice a qué no-hits desconfiar, no reordena los hits. Calibrado en controles, por lo que necesita una pantalla con guías no dirigidas o de control negativo.