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Curtisflo/karyon

バイオAIツールの出力に対する可読性の高い決定的なQC/クオリフィケーション—名前付き理由のコントラクトと、NVIDIA BioNeMoと組み合わせ可能なエージェントスキル。

karyon とは?

このスキルは、プール型CRISPRスクリーニングにおける非ヒット遺伝子に対し、遺伝子内のガイド構造を再構築することで、単なるp値やq値では見逃される信頼性の低い結果を特定します。非標的/ネガティブコントロールから較正されたヌルバンドを用いて、各非ヒット遺伝子に「使用可能なガイドが少なすぎる」「分散が大きすぎる」「効果がヌルバンドを下回る」といった名前付きの理由を付与します。Wang-2014白血病スクリーニングデータセットでは、偽フラグ率3%でゴールドスタンダードのサイレント失敗の約53%を検出し、そのフラグはFDRとは非冗長です(|ρ|≈0.29)。NVIDIA BioNeMoなどの下流パイプラインと組み合わせて、エージェントが「遺伝子X:非ヒット、ただしパワー不足(使用可能ガイド4本、分散が閾値を超過)」のような詳細な報告を生成できるようにします。

対応~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add Curtisflo/karyon

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ドキュメント

CRISPRスクリーンQC(品質管理)

プール型スクリーニングパイプラインは、遺伝子ごとにq値を出力します:ヒット/非ヒット。このスカラー値は遺伝子内のガイド構造を捨ててしまうため、スクリーニングに検出力がなかった遺伝子が、実際に効果がない遺伝子と同一に見えてしまいます。このスキルは、その構造を純粋にカウントデータから、非標的/ネガティブコントロールで較正し、ゴールドスタンダードは一切使用せずに読み戻し、非ヒットのすべてを名前付きの理由(使用可能なガイドが少なすぎる、分散が高すぎる、効果がヌルバンドを下回る)でクオリファイします。

Wang-2014白血病ドロップアウトスクリーニングでは、偽フラグ率3%でゴールドスタンダードのサイレント失敗の約53%をフラグ付けし、そのフラグはFDRとは非冗長です(|ρ|≈0.29)—q値では見逃されるものを捕捉します。(正直に言えば、ここでの価値は可読性/クオリフィケーションであり、回復精度の向上ではありません。)完全なメソッド、事前登録されたQ1~Q4評価、および限界については以下を参照: docs/screen-power.md

インストール

pip install karyon

使用法

リファレンス解析(デモスクリーン)を実行:

from karyon import screen_qc
screen_qc.run()                 # デフォルト seeds=50;クオリフィケーション + 非冗長性ガードを出力

独自のスクリーンの非ヒットをクオリファイ(カウント→理由):

from karyon import screen_qc as sq
null    = sq.null_band(calib_lfcs, direction="deplete")   # NT/NEGコントロールからのヌルバンド
verdicts = sq.qualify(non_hit_genes, gene_guides, null=null)   # 遺伝子ごとのGeneReliability(理由付き)

reliability_contracts(...) は基礎となる contracts.ContractSet です;各 GeneReliability は非ヒットが信頼できる(できない)理由を命名します。

NVIDIA BioNeMoとの連携

(例:Parabricks → ガイドカウント → MAGeCKスタイルの遺伝子要約)のような高速ゲノミクスパイプラインの下流で動作します:モデル/パイプラインがヒットを呼び出し、このスキルが非ヒットをクオリファイするため、エージェントは「遺伝子X:非ヒット、ただしパワー不足(使用可能ガイド4本、分散が閾値を超過)」のように報告し、単なる「効果なし」とはしません。

適用範囲(正直に)

クオリフィケーションであり、精度ではありません:どの非ヒットを不信すべきかを示すものであり、ヒットを再ランク付けするものではありません。コントロールで較正されるため、非標的/ネガティブコントロールガイドを含むスクリーンが必要です。

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