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brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Utilisez pour préparer la déclaration de disponibilité des données et les éléments de reproductibilité d'un manuscrit soumis à Demography (PAA / Duke University Press). Prépare les documents nécessaires, ne supprime pas les exigences.

Qu'est-ce que Awesome-Journal-Skills ?

Cette compétence est conçue pour aider les auteurs à préparer la déclaration de disponibilité des données et les éléments de reproductibilité requis par la revue Demography (publiée par Duke University Press pour la Population Association of America). Demography exige pour tout manuscrit accepté une déclaration confirmant si et comment les données ont été partagées, et encourage fortement la fourniture de code reproductible. La revue n'héberge pas elle-même de dépôt ; les auteurs doivent choisir un dépôt conforme aux principes FAIR (comme ICPSR, Harvard Dataverse, Zenodo ou OSF) et fournir un identifiant persistant (DOI). La compétence couvre également les cas de données restreintes (confidentialité, propriété, restrictions fournisseur) en proposant un langage d'exemption. Elle fournit une check-list pour construire les matériaux au fil du travail, évite les anti-patrons (comme traiter la déclaration comme une formalité de dernière minute) et détaille ce qu'un relecteur de reproductibilité attend. La compétence s'utilise sur les plateformes de développement d'agents comme Claude Code, Cursor ou Codex, et se base sur le fichier SKILL.md qui décrit le flux de travail complet.

Compatible avec~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills/tree/HEAD/Demography-Skills/skills/demog-data-and-reproducibility
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Documentation

Données & Reproductibilité (demog-data-and-reproducibility)

Demography demande pour chaque manuscrit accepté une déclaration de disponibilité des données et encourage le code reproductible. La revue ne gère pas son propre dépôt — vous choisissez un dépôt conforme aux principes FAIR et fournissez des identifiants persistants. Construisez les éléments au fur et à mesure pour que l'acceptation ne soit pas bloquée.

Quand déclencher

  • Construction des éléments de reproductibilité/réplication et de la déclaration de disponibilité des données
  • Un manuscrit a été accepté et vous devez finaliser la déclaration et effectuer le dépôt
  • Les données ne peuvent pas être entièrement partagées (vie privée, confidentialité, restrictions propriétaires/fournisseur) et vous avez besoin du langage d'exemption
  • Choix d'un dépôt et d'un identifiant persistant

Ce que Demography exige (vérifiez la formulation en vigueur sur la page d'éthique/déclarations)

  1. Déclaration de disponibilité des données. Les manuscrits acceptés doivent inclure une déclaration confirmant si et comment les données ont été partagées. Pour les données publiquement disponibles, décrivez la méthode d'accès avec un identifiant persistant (DOI ou numéro d'accession).
  2. Identifiants persistants + dépôt FAIR. Comme Demography n'héberge pas de dépôt, déposez les données et les éléments dans un dépôt conforme aux principes FAIR (par ex., ICPSR/openICPSR, Harvard Dataverse, Zenodo, OSF) et citez-le avec un lien permanent — pas un site web personnel ou un dossier cloud générique. Trouvez-en un via FAIRsharing.org ou re3data.org.
  3. Code reproductible (encouragé). Fournissez un code qui régénère les résultats, avec les versions des logiciels enregistrées et des commentaires informatifs expliquant chaque étape. Considérez cela comme attendu, pas facultatif, pour un article quantitatif en démographie.
  4. Données restreintes. Lorsque l'accès est limité pour protéger des informations confidentielles ou propriétaires, décrivez les conditions limitant l'accès et comment d'autres peuvent obtenir les données, tout en restant aligné avec les principes FAIR autant que possible.

Liste de vérification « construire au fur et à mesure »

  • Déclaration de disponibilité des données rédigée (publique / restreinte / sur demande) avec des identifiants persistants
  • Données + éléments déposés dans un dépôt FAIR avec un DOI/numéro d'accession
  • Un script maître régénère chaque tableau, figure, table de mortalité et décomposition
  • Le README documente la provenance/vintage des données, la construction des taux/exposition, et comment reproduire chaque élément
  • Code commenté et versions des logiciels/packages enregistrées (renv.lock / requirements.txt / installs)
  • Graines définies et rapportées pour bootstrap, simulation, microsimulation
  • Les numéros d'éléments dans le manuscrit correspondent exactement aux fichiers déposés
  • Données restreintes : note d'exemption + conditions d'accès + données synthétiques si faisable

Anti-patrons

  • Traiter la déclaration de données comme une formalité de dernière minute à l'acceptation
  • Une URL personnelle ou un lien cloud générique au lieu d'un identifiant persistant dans un dépôt FAIR
  • Code non documenté, non semé, non commenté qui « marche sur ma machine »
  • Prétendre que les données sont restreintes sans décrire les conditions d'accès
  • Appeler les frais de gestion éditoriale de 1 000 $ un « accès ouvert » ou « frais de données » (ce n'est ni l'un ni l'autre)

Ce qu'un relecteur de reproductibilité attend chez Demography

Demography, le vaisseau amiral de la Population Association of America publié en libre accès par Duke University Press, attire des relecteurs qui recalculent régulièrement un dénominateur ou refont à la main une décomposition de Kitagawa. Le dépôt doit leur permettre de le faire. Calibrez le package en fonction de la classe de données que vous avez réellement utilisée.

Classe de donnéesSource typiqueObligation de dépôt
Entièrement publiquesHMD, HFD, IPUMS, WPP, statistiques de l'état civil publiéesCode d'extraction + fichier analytique construit (si la licence le permet) + identifiant persistant
Publiques mais sous licenceIPUMS, DHS, recensement avec restrictions de redistributionSpécification d'extraction + code, pas les microdonnées brutes ; citez le chemin d'accès persistant du fournisseur
Restreintes/confidentiellesDossiers administratifs liés, recensement RDC uniquement, fichiers de mortalité liésCode + fichier de substitution synthétique + note exacte sur les conditions d'accès

Schémas de contestation des relecteurs et la correction spécifique à Demography

  • « Je ne peux pas dire quelle version HMD/HFD a produit ces taux. » -> Enregistrez le label de version et la date de téléchargement dans le README et un commentaire de code ; les versions révisent les taux historiques.
  • « Les composantes de décomposition dans le dépôt ne correspondent pas au nombre principal. » -> Ajoutez une assertion que les composantes se concilient avec le changement total de e0 (ou TFR) avant de déposer ; expédiez la vérification réussie.
  • « Vos intervalles bootstrap ne sont pas reproductibles. » -> Définissez et rapportez une graine pour chaque rééchantillonnage, microsimulation et étape de graduation ; un intervalle non semé est considéré comme non reproductible.
  • « Vous dites que les données sont restreintes mais ne donnez aucun moyen de les obtenir. » -> Nommez l'enclave de données ou le chemin de candidature et les conditions d'accès ; un simple « restreint » est perçu comme une esquive.

Format de sortie

【Déclaration de données】publique / restreinte / sur demande — rédigée avec un identifiant persistant ? [O/N]
【Dépôt】Dépôt FAIR + DOI/numéro d'accession (pas une URL personnelle) ? [O/N]
【Code reproductible】script maître + commentaires + versions enregistrées + graines ? [O/N]
【Éléments correspondent au dépôt ?】[O/N]
【Données restreintes ?】conditions d'accès décrites + données synthétiques si faisable ?
【Suite】demog-review-process

Ressources supplémentaires

Individual skills in this repo

This repo contains 14 individual skills — each has its own dedicated page.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when preparing the data-availability statement and the data/code archive for a Conservation Biology manuscript. The journal (Wiley/SCB) requires a data-availability statement for research/synthesis articles, encourages data sharing, and requires sensitive species data to be protected. Prepares the package; it does not waive requirements.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Light: Science & Applications or deciding whether a photonics manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, the Nature-Portfolio significance bar, optical-measurement rigor, open-access house style, the Light-vs-Optica-vs-review routing, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Biomedical Engineering or deciding whether a biomedical-engineering / health-technology manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, the Nature-style biomedical-significance and translational bar, validation and evidence rigor, house style, the device-vs-biomaterials-vs-clinical routing, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Electronics or deciding whether an electronic-devices / circuits / systems manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, the Nature-style significance and field-advancing bar, device-and-system measurement rigor, house style, the device-vs-materials-vs-systems routing, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Biotechnology or deciding whether a biotechnology/enabling-methods manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Cell Biology or deciding whether a cell-biology manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Geoscience or deciding whether an earth science manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Materials or deciding whether a materials science manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when targeting Nature Nanotechnology or deciding whether a nanotechnology manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when preparing the Data Availability Statement and replication materials for a Governance: An International Journal of Policy, Administration, and Institutions manuscript. Governance requires the statement (mandatory) and encourages sharing data/code in a DOI-citable repository, but does not run a verified pre-publication reproduction check like APSR. Builds the statement and materials; it does not waive requirements.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when preparing the replication/transparency materials for an International Organization (IO) manuscript. IO's signature requirement is verification BEFORE final acceptance — the editorial staff request data and code at conditional acceptance, IO staff re-run quantitative results and check proofs of formal models, and editors withhold final acceptance until all reported results are confirmed; materials then deposit to the IO Dataverse with a DOI and a Data Availability Statement. Prepares the package; it does not waive requirements.

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Use when preparing the replication / transparency materials for a Journal of Policy Analysis and Management (JPAM) manuscript — depositing data and code in a public repository so the reported results can be reproduced, with an honest exemption path for restricted administrative data. Prepares the package; it does not waive requirements.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when preparing the data-availability statement and reproducibility materials for a Population and Development Review (PDR, Wiley / Population Council) manuscript. PDR follows Wiley's data-sharing and research-integrity expectations — a data availability statement, ORCID, and reproducible, well-documented materials deposited in a FAIR repository (verify current policy). Covers restricted-data exemptions. Prepares the materials; it does not waive requirements.

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

Use when preparing the transparency materials for a Public Opinion Quarterly (POQ) manuscript — the AAPOR-standard "Appendix A: Disclosure Elements", the replication package deposited to POQ's Harvard Dataverse, and the Data Availability Statement. POQ requires materials that reproduce exactly all published tables and figures, archived before typesetting. Prepares the materials; it does not waive requirements.

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