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brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

À utiliser lors de la préparation de la déclaration de disponibilité des données et de l'archive des données/code pour un manuscrit de Conservation Biology. La revue (Wiley/SCB) exige une déclaration de disponibilité des données pour les articles de recherche/synthèse, encourage le partage des données et exige que les données sur les espèces sensibles soient protégées. Prépare le package ; ne supprime pas les exigences.

Qu'est-ce que Awesome-Journal-Skills ?

Cette compétence d'agent IA est conçue pour les chercheurs et les auteurs qui préparent un manuscrit pour la revue *Conservation Biology* (éditée par Wiley/SCB). Elle guide l'utilisateur tout au long du processus de création d'une déclaration de disponibilité des données et d'un package de données et de code reproductible et conforme aux règles de la revue. La compétence met l'accent sur la protection des données sur les espèces sensibles, le masquage des localités, et la gestion des restrictions d'accès conformément aux politiques de la revue. Elle est utile pour les articles de recherche et les synthèses, et fonctionne comme une liste de contrôle « construire au fur et à mesure » pour éviter les blocages au moment de l'acceptation. La compétence prend en charge les plateformes de dépôt telles que Dryad, Zenodo et Figshare, et exige l'utilisation d'un identifiant persistant (DOI). Le résultat est un résumé structuré indiquant l'état de préparation du dépôt, de la déclaration, de la reproductibilité du code, de la documentation et de la gestion des données sensibles.

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Documentation

Politique de rapport et de données (conbio-reporting-and-data-policy)

Conservation Biology nécessite une déclaration de disponibilité des données pour les articles de recherche/synthèse. Le niveau de partage des données spécifique à la revue Wiley est Encourage, donc la norme opérationnelle pour ce package est : archiver les données et le code partageables dans un référentiel approprié (par exemple, Dryad, Zenodo, Figshare, GenBank) avec un identifiant persistant, et documenter les restrictions lorsque les données ne peuvent pas être partagées. Construisez le package au fur et à mesure pour que l'acceptation ne soit pas bloquée.

Quand déclencher

  • Rédaction de la déclaration de disponibilité des données et assemblage de l'archive
  • Un manuscrit est en voie d'acceptation et vous devez avoir le dépôt prêt
  • Les données ne peuvent pas être entièrement partagées (espèces sensibles, confidentialité, restrictions légales/du fournisseur)
  • Une revue ou une synthèse où l'ensemble de données des études examinées doit être partagé

Que préparer

  1. Déclaration de disponibilité des données. Une courte déclaration dans le manuscrit indiquant où se trouvent les données et le code (référentiel + DOI/identifiant), ou pourquoi ils ne peuvent pas être partagés et comment les obtenir.
  2. Dépôt dans un référentiel lorsque le partage est possible. Placez les données et le code partageables dans une archive reconnue avec un identifiant persistant et une garantie de conservation — pas un site web personnel ou un lien cloud transitoire. Dryad est largement utilisé en écologie/conservation ; les travaux à forte composante logicielle peuvent également utiliser Zenodo/GitHub-Zenodo.
  3. Matériels quantitatifs. Données, code et documentation suffisants pour régénérer chaque résultat rapporté : script maître + README + versions épinglées + graines.
  4. Matériels de synthèse. Pour les revues/méta-analyses, partagez les décisions de filtrage, la liste des études incluses et les tailles d'effet extraites.

Données sur les espèces sensibles et données restreintes (un devoir spécifique à la conservation)

  • Protégez les taxons à risque. Pour les espèces menacées, exploitées ou faisant l'objet de trafic, masquez ou grossissez les localités précises (nids, tanières, perchoirs, populations) afin que l'archive ne puisse pas faciliter le braconnage ou les perturbations ; indiquez que vous l'avez fait.
  • Données restreintes. Si les données sont restreintes (souveraineté des données autochtones, accords avec les fournisseurs, confidentialité), expliquez pourquoi, donnez des instructions sur la façon dont d'autres peuvent demander l'accès et fournissez des données synthétiques ou agrégées lorsque c'est possible afin que le code puisse être exécuté.

Liste de contrôle « construire au fur et à mesure »

  • Un script maître régénère chaque tableau et figure à partir des données brutes/construites
  • README documente la provenance des données, les étapes de construction et comment reproduire chaque élément
  • Graines définies et rapportées pour chaque étape stochastique
  • Versions des logiciels/packages épinglées (renv.lock / requirements.txt / installations enregistrées)
  • Déclaration de disponibilité des données rédigée avec le référentiel + l'identifiant ou la voie d'accès/de restriction
  • Localités sensibles masquées/grossies ; masquage noté
  • Données restreintes : raison + instructions d'accès + substitut synthétique/agrégé

Anti-modèles

  • Considérer le dépôt comme une réflexion post-publication
  • Une URL personnelle au lieu d'un référentiel à identifiant persistant
  • Publier les localités précises des espèces menacées ou faisant l'objet de trafic
  • Prétendre que les données sont restreintes sans voie d'accès ni substitut synthétique
  • Code non documenté, non ensemencé, non épinglé qui « fonctionne sur ma machine »

Passage opérationnel pour Conservation Biology

Utilisez ceci comme une vérification de capacité en seconde passe. Verrouillez d'abord la menace/le système d'espèces, la décision de conservation et l'incertitude pertinente pour l'action ; testez ensuite si le manuscrit répond aux examinateurs de la science de la conservation qui demandent si les preuves modifient la biodiversité, la gestion ou l'action politique.

  • Action principale : Renvoyer un registre revendication-preuve-bloqueur ; chaque recommandation doit pointer vers un emplacement du manuscrit ou un artefact manquant.
  • Registre des décisions : renvoyer les lignes revendication / preuve / bloqueur / prochaine modification afin que la passe suivante puisse corriger le manuscrit directement.
  • Test de voisinage : comparer avec Biological Conservation pour l'étendue de la conservation appliquée, Global Change Biology pour le climat/les processus écosystémiques, Ecology Letters pour l'écologie théorique ; si la revue voisine a une revendication d'audience plus forte, recommander un réacheminement avant le polissage.
  • Porte avant soumission : avant le conseil final, rouvrir resources/official-source-map.md pour les règles de la semaine de téléchargement et nommer le seul élément de vérification en direct qui pourrait modifier la recommandation.

Format de sortie

【Référentiel】Dryad / Zenodo / autre — package mis en place ? [O/N]
【Déclaration de disponibilité des données】rédigée avec DOI/identifiant ? [O/N]
【Reproduit les tableaux/figures ?】script maître vérifié localement ? [O/N]
【Documentation】README + provenance + graines + versions épinglées ? [O/N]
【Données sensibles】localités masquées / voie d'accès aux données restreintes ? [O/N/SO]
【Prochaine étape】conbio-writing-style

Ressources supplémentaires

Individual skills in this repo

This repo contains 14 individual skills — each has its own dedicated page.

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Use when preparing the data-availability statement and reproducibility materials for a Demography (PAA / Duke University Press) manuscript. Demography requires a data availability statement at acceptance with persistent identifiers and encourages reproducible, commented code; it hosts no repository, so authors deposit in a FAIR repository. Covers restricted-data exemptions. Prepares the materials; it does not waive requirements.

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Use when targeting Light: Science & Applications or deciding whether a photonics manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, the Nature-Portfolio significance bar, optical-measurement rigor, open-access house style, the Light-vs-Optica-vs-review routing, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when targeting Nature Biomedical Engineering or deciding whether a biomedical-engineering / health-technology manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, the Nature-style biomedical-significance and translational bar, validation and evidence rigor, house style, the device-vs-biomaterials-vs-clinical routing, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when targeting Nature Electronics or deciding whether an electronic-devices / circuits / systems manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, the Nature-style significance and field-advancing bar, device-and-system measurement rigor, house style, the device-vs-materials-vs-systems routing, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when targeting Nature Biotechnology or deciding whether a biotechnology/enabling-methods manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when targeting Nature Cell Biology or deciding whether a cell-biology manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when targeting Nature Geoscience or deciding whether an earth science manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when targeting Nature Materials or deciding whether a materials science manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when targeting Nature Nanotechnology or deciding whether a nanotechnology manuscript fits this venue. Encodes the journal's fit, framing, method-and-evidence bar, house style, official-submission re-check, and desk-reject heuristics.

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Use when preparing the Data Availability Statement and replication materials for a Governance: An International Journal of Policy, Administration, and Institutions manuscript. Governance requires the statement (mandatory) and encourages sharing data/code in a DOI-citable repository, but does not run a verified pre-publication reproduction check like APSR. Builds the statement and materials; it does not waive requirements.

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Use when preparing the replication/transparency materials for an International Organization (IO) manuscript. IO's signature requirement is verification BEFORE final acceptance — the editorial staff request data and code at conditional acceptance, IO staff re-run quantitative results and check proofs of formal models, and editors withhold final acceptance until all reported results are confirmed; materials then deposit to the IO Dataverse with a DOI and a Data Availability Statement. Prepares the package; it does not waive requirements.

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Use when preparing the replication / transparency materials for a Journal of Policy Analysis and Management (JPAM) manuscript — depositing data and code in a public repository so the reported results can be reproduced, with an honest exemption path for restricted administrative data. Prepares the package; it does not waive requirements.

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Use when preparing the data-availability statement and reproducibility materials for a Population and Development Review (PDR, Wiley / Population Council) manuscript. PDR follows Wiley's data-sharing and research-integrity expectations — a data availability statement, ORCID, and reproducible, well-documented materials deposited in a FAIR repository (verify current policy). Covers restricted-data exemptions. Prepares the materials; it does not waive requirements.

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Use when preparing the transparency materials for a Public Opinion Quarterly (POQ) manuscript — the AAPOR-standard "Appendix A: Disclosure Elements", the replication package deposited to POQ's Harvard Dataverse, and the Data Availability Statement. POQ requires materials that reproduce exactly all published tables and figures, archived before typesetting. Prepares the materials; it does not waive requirements.

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