报告与数据政策(conbio-reporting-and-data-policy)
保护生物学要求研究/综述文章提供数据可用性声明。该期刊在Wiley数据共享分级中属于**“鼓励共享”级别,因此本包的运行标准为:将可共享的数据和代码存放在合适的库(如Dryad、Zenodo、Figshare、GenBank)中,并附上持久标识符**;当数据无法共享时,记录限制原因。在写作过程中逐步构建数据包,以免在稿件接收环节出现延误。
何时触发
- 正在撰写数据可用性声明并整理存档
- 稿件即将被接收,需要准备好存储材料
- 数据无法完全共享(敏感物种、隐私、法律/提供者限制)
- 综述或整合分析中,应共享经过筛选的研究数据集
需要准备的内容
- 数据可用性声明。 在稿件中简短陈述数据和代码的存放位置(库+DOI/标识符),或者说明无法共享的原因及如何获取数据。
- 可共享数据存入库。 将可共享的数据和代码放入有持久标识符和保存保障的认可库中——而非个人网站或临时云链接。Dryad广泛应用于生态/保护领域;代码较重的工作也可使用Zenodo/GitHub-Zenodo。
- 定量材料。 足以复现所有报告结果的数据、代码和文档:主脚本+README+固定版本+随机种子。
- 综述材料。 对于综述/元分析,共享筛选决策、纳入研究列表和提取的效应量。
敏感物种与受限数据(保护领域的特殊责任)
- 保护受威胁类群。 对于受威胁、被利用或被非法贸易的物种,掩码或粗化精确地点(巢穴、洞穴、栖息地、种群),使存档无法帮助偷猎或干扰;并说明已采取此类措施。
- 受限数据。 如果数据受限(原住民主权、协议约束、隐私),解释原因,提供他人申请访问的指引,并尽可能提供合成或聚合数据,使用户能够检验代码运行。
边写边做的清单
- 一个主脚本能从原始/构建数据复现每一个表格和图形
- README 记录数据来源、构建步骤及如何复现每个展示内容
- 为每个随机步骤设置并报告随机种子
- 软件/包的版本固定(
renv.lock/requirements.txt/ 记录安装情况) - 数据可用性声明草稿包含库+标识符或限制/访问路径
- 敏感地点已掩码/粗化;掩码已标注
- 受限数据:原因+访问说明+合成/聚合替代数据
反模式
- 将数据存储视为发表后的后置事项
- 使用个人URL而非持久标识符库
- 公布受威胁或非法贸易物种的精确位置
- 声称数据受限却未提供访问路径或合成替代
- 无文档、无种子、无版本固定的代码“只能在我机器上运行”
针对保护生物学的运行检查
将此作为第二轮能力检查。首先锁定物种/系统的威胁、保护决策、与行动相关的不确定性;然后检验稿件是否能回答保护科学审稿人关于证据是否改变了生物多样性、管理或政策行动的问题。
- 主要行动: 返回一个主张-证据-风险分类账;每条建议必须指向稿件的具体位置或缺失的文件。
- 决策分类账: 返回
主张 / 证据 / 阻断 / 下一步编辑各行,以便下一轮直接修正稿件。 - 邻近期刊测试: 与《Biological Conservation》(应用保护广度)、《Global Change Biology》(气候/生态系统过程)、《Ecology Letters》(理论生态学)对比;若邻近期刊拥有更强的读者群定位,则建议在润色前改投。
- 可投稿性门控: 在给出最终建议前,重新打开
resources/official-source-map.md查阅上传周规则,并指出唯一一项可能改变建议的在线检查项。
输出格式
【库】Dryad / Zenodo / 其他 —— 数据包已就绪?[Y/N]
【数据可用性声明】已草拟并包含DOI/标识符?[Y/N]
【可复现表格/图形?】主脚本已在本地验证?[Y/N]
【文档】README + 来源 + 种子 + 固定版本?[Y/N]
【敏感数据】地点已掩码/受限数据访问路径?[Y/N/NA]
【下一步】conbio-writing-style
补充资源
../../resources/external_tools.md—— 存储库与可复现性工具../../resources/official-source-map.md—— Wiley/SCB 数据共享政策与 Dryad