研究規劃

研究 → plan.md + 來源檔案

三技能套件的協調者：

• source-triage：在閱讀之前，尋找來源並分類其可及性、可讀性、完整性並評分。
• research-plan（此技能）：讀取可及的內容，然後撰寫規劃和來源檔案。
• evidence-check：獨立稽核，確保每個聲明都是真實且有支持的。

如果缺少兄弟技能，則根據這些摘要內聯執行其步驟。確定性檢查器內建於此技能中：python3 <此技能資料夾>/scripts/research_checks.py。它是標準函式庫 Python，可在您自己的程式碼沙箱中執行（PDF 文字需要 pypdf；如果缺少，請在那裡使用 pip install pypdf 安裝）。在任何命名到確定性檢查的地方使用它。僅當無法執行程式碼時，才手動執行這些檢查並說明原因。

輸出（固定名稱）

research/<主題縮寫>/plan.md
research/<主題縮寫>/sources__<主題縮寫>__<YYYY-MM-DD>.md   ← 人類可讀檢視
research/<主題縮寫>/ledger.md                                ← 工作狀態，邊做邊寫
research/<主題縮寫>/notes/<引用鍵>.md                       ← 各來源筆記
research/<主題縮寫>/notes/raw/<引用鍵>.txt                  ← 原始全文（API XML/PDF 文字），保真度
research/<主題縮寫>/claims.json                              ← 支持的聲明 + 引用，用於檢查

• <主題縮寫>：3–6 個特定單詞，以小寫連字符連接（例如 starch-fructan-engineering-plants）。
• 永遠不要覆蓋先前的執行結果。相同主題：新的日期來源檔案 + 更新日誌條目。新角度：新的縮寫。
• 如果使用者有連接的資料夾，則在其中工作，否則在工作目錄中工作。最後傳送兩個主要檔案。

模式

• auto（預設）：無暫停；最後列出您的選擇。step：每個 ◆ 處暫停。
• quick：保留 8–15 個來源。最多完整閱讀 5 個頂尖來源；其他來源閱讀 sections:（摘要 + 結果 + 討論）。反證：最多 3 次搜尋。雪球效應可選。
• deep：25 個以上來源，雪球效應，平行探路，完整閱讀所有 A/B 級來源。
• update：使用者下載了檔案或要求重新整理 → 第 6 階段。
• 請求中的硬性限制（例如需要 2 個書籍章節、字數限制、所需資料庫的評分量表）是要求，而非建議。使用已驗證的來源滿足它們，或清楚說明哪一個無法滿足。

第 0 階段 — 框架

一條訊息：

• 規劃的目標及其用途（代理 / 技能 / MCP / 報告 / 實驗 / 決策）；
• 範圍、年份、深度和模式；
• 硬性限制；
• 2–6 個 MECE 軸線（不重疊的子問題）。

建立一個任務清單：框架 → 分類 → 閱讀 → 綜合 → 撰寫 → 檢查。如果沒有任務工具，則將清單保留在 research/<縮寫>/run-notes.md 的頂部。 ◆ 檢查點：軸線 + 範圍。

第 1 階段 — 分類（執行 source-triage）

先圖書館 → 探索 → 對您將要提及的任何內容進行完整性檢查 → 可及性 + 可讀性 → 評分 / 角色 / ⭐。

邊做邊寫分類帳。 立即附加每次搜尋和每個分類的來源；上下文可能在執行過程中丟失，而分類帳檔案是唯一能保留下來的。

在具有子代理的深度模式中，為每個軸線並行發送一個探路者。每個探路者：

• 使用 ≤ 15 次工具呼叫；
• 撰寫 notes/<軸線>.md，包含以下章節：重點 · 引用的發現（附連結） · 推論 · 差距；
• 將其候選項附加到分類帳。

沒有子代理時，依序執行各軸線。 ◆ 檢查點：按存取類別的計數 + ⭐ 短名單。

第 2 階段 — 閱讀

• 閱讀 可讀/已持有 的來源，先從最高分開始。偏好原始路線（透過 shell 的 Europe PMC XML、PDF 文字）並將文字儲存到 notes/raw/<引用鍵>.txt。
• WebFetch 閱讀是 read: full (extracted)。用它來理解，但依賴它的聲明會得到 ⚠ extracted 標記，且永遠不會被引用「支持」。
• 對於長文字，分段閱讀直到到達參考文獻列表。快速模式允許 sections: 閱讀；請標記它們。
• 在分類帳的每一行設定 read：full · sections:<哪些> · abstract · metadata。
• 每個來源的 notes/<引用鍵>.md 包含：
  • 為什麼（問題）；
  • 如何（方法、資料）；
  • 什麼（發現：確切複製數字，附章節/頁碼定位器）；
  • 限制，每個標記為 author-stated（附定位器）或 my-inference。 沒有全文時：limits: not assessed (read: abstract)。
• 當一個句子將在規劃中承載一個聲明時，從原始文字中複製一個 ≥ 40 個字元的逐字引用到 claims.json：{"id","claim","source":"notes/raw/<引用鍵>.txt","quote","locator"}。
• 永遠不要憑記憶填寫筆記。「在我閱讀的部分中沒有」是一個有效的答案。

第 3 階段 — 綜合

• 證據矩陣： 來源 × 主題（支持 / 矛盾 / 沉默）。按主題分組，永遠不要逐個來源。
• 收斂（≥ 3 個一致）· 分歧（按方法、族群或時間解釋）· 沉默（< 2 個來源：一個缺口）。
• 獨立計數：「4 項研究（2 項獨立）」。共享的資料集、群組、團隊或試驗只計一次。
• 反證檢查： 對於頭條發現，搜尋無效結果、失敗的複製和批評。即使一無所獲也要記錄搜尋詞。快速模式：最多 3 次搜尋。
• 否定聲明（「沒有人做過 X」）需附帶其背後的搜尋，並限定在搜尋範圍內。
• 貢獻檢查： 使用者使用此規劃能做些什麼以前做不到的事？哪個 ⭐ 下載會帶來最大改變？
• 魔鬼代言人檢查： 最強的反對論點、選擇性引用、以及一個未經質疑的前提。不要因為不方便就放棄異議。

第 4 階段 — 撰寫檔案

plan.md

• 標頭： 目標 · 用途 · 範圍 · 日期 · 指向來源檔案的連結 · Evidence base: N full (raw) · N full (extracted) · N sections · N abstract · N metadata。
• 主體： 請求所需的任何內容。
• 引用： <sup>[3](sources__<縮寫>__<日期>.md#s3)</sup>，按首次使用的順序編號。
• 引用後的標記：
  • ⚠ abstract-only：僅閱讀了摘要；
  • ⚠ metadata-only：僅知道標題/出版地；
  • ⚠ extracted：透過 WebFetch 閱讀，因此無法進行逐字檢查；
  • ⚠ preprint。
• 結尾處： 未解決的問題 · ⭐ 下載能解鎖的內容 · 未滿足的限制（如有） · 更新日誌。

sources__<縮寫>__<日期>.md

# Sources — <可讀的主題標題> (<日期>)
Plan: [plan.md](./plan.md) · Question: <一行> · Mode: <quick|deep> · Searched: <資料庫 + 日期>
Counts: N total · ⭐ X · readable R · free-but-blocked B · paywalled P · non-paper W · excluded E     (total = 每個分類帳行)
Evidence base: <與 plan.md 相同的細分>

## ⭐ 1. 下載這些以獲取本地上下文
| # | Source | Type | Grade | Access · Licence | Why it matters for <正在建構的內容> | How to get it | Save as | Redistribute |

## 2. 開放且可讀（已提煉至規劃中）
### <主題 A>
<a id="s1"></a>**[1]** Authors (Year). [Title](URL). *Venue / Book title, pages*. [DOI](https://doi.org/…) — `gold · CC-BY` · `readable:europepmc-xml` · read: full · Grade A · evidence
（預印本在此行添加一個 `` `preprint` `` 標籤；然後檢查器要求在其引用上加上 `⚠ preprint`）
- WHY … · HOW … · WHAT … · LIMITS …

## 3. 免費但對 AI 代理封鎖（請自行開啟）
條目 + 觀察到的封鎖 + 直接連結 + 任何綠色副本。

## 4. 付費牆
條目 + 綠色副本連結或「未找到」 + 摘要層級的要點（如有使用）。

## 5. 非論文來源
按類型、層級 T1–T5。灰色文獻：URL + 存取日期 + 快照連結。

## 6. 已排除（及原因）
每個排除的記錄一個項目符號，開頭為 **Excluded:** <原因>。

## 7. 搜尋日誌與存取路線報告

規則：

• 每個條目都有一個 <a id="sN"> 錨點，與規劃的編號匹配。
• 每個 URL 都是一個 [text](url) 連結，包括在標頭行中。
• ⭐ 行指向主要條目編號。
• 按存取類別分組，然後按主題分組。

第 5 階段 — 檢查，然後交付

1. 確定性檢查： 執行 python3 <此技能資料夾>/scripts/research_checks.py all research/<縮寫>/。修正每個錯誤（缺少錨點、缺少 ⚠ 標記、計數不匹配、詞彙、引用不在來源中）並重新執行直到通過。
2. 證據檢查： 執行 evidence-check。

• 使用子代理： 在一個全新的子代理中，僅給予檔案。
• 不使用： 一個同會話檢查，從磁碟重新讀取每個檔案，不使用撰寫它們時的記憶。標記為 same-session (not independent) 並建議使用者在依賴它之前，在一個新的聊天中執行 evidence-check。

3. 抽查開啟 每個存取類別 3 個連結。來自出版商的 403/429 錯誤不能證明什麼；請說明這點。

交付兩個檔案，並附上一行說明：

• 規劃的頭條；
• ⭐ 計數；
• 需要手動下載的來源數量；
• 未滿足的限制。

在自動模式下，也列出您的選擇（軸線、年份、資料庫、過濾器、上限）。

第 6 階段 — 更新（使用者下載後）

1. 將資料夾中的檔案與「另存新檔」名稱匹配。
2. 驗證它們（python3 <此技能資料夾>/scripts/research_checks.py pdf <檔案>）。
3. 閱讀每個檔案，儲存其原始文字，並設定 held: user 和 read: full。
4. 重新評分，移除暫定的 ? 等級。
5. 將 ⚠ 標記轉換為帶有引用的支持性聲明，或改寫新文字所矛盾的聲明。
6. 對變更的章節重新執行第 5 階段。
7. 撰寫一個新的日期來源檔案，並新增一個更新日誌條目。

紅旗

想法	現實
「我將在閱讀後檢查存取權限」	先分類，否則付費摘要會悄悄影響規劃。
「這是開放獲取，所以我可以閱讀」	測試路線。開放獲取文章在測試中被封鎖。
「WebFetch 給了我文字」	它給出了模型的提取結果。用它來閱讀，永遠不要用於引用。
「我知道這篇論文 / 章節」	測試中出現了錯誤的標題、錯誤的書籍和憑記憶編造的不存在的論文。先查證。
「DOI 可解析，所以章節是正確的」	也要檢查書籍標題和頁碼。
「被封鎖了，我試試鏡像站」	絕對不行。找到合法的綠色副本，否則列出來讓使用者處理。
「我會在最後再寫分類帳」	上下文重置會把它抹掉。邊做邊寫。
「三項研究一致同意」	計算獨立研究；搜尋那些結論相反的研究。