recherche-plan

Recherche → plan.md + fichier de sources

L'orchestrateur d'un ensemble de trois compétences :

• source-triage : trouver des sources et classer l'accès, la portée, l'intégrité et la note avant la lecture.
• research-plan (cette compétence) : lire ce qui est accessible, puis rédiger le plan et le fichier de sources.
• evidence-check : un audit indépendant pour vérifier que chaque affirmation est réelle et étayée.

Si une compétence sœur manque, effectuez ses étapes en ligne à partir de ces résumés. Le vérificateur déterministe est intégré à cette compétence : python3 <dossier de cette compétence>/scripts/research_checks.py. Il s'agit d'un script Python standard qui s'exécute dans votre propre sandbox de code (le texte PDF nécessite pypdf ; exécutez pip install pypdf s'il manque). Utilisez-le partout où un contrôle déterministe est nommé. Si aucune exécution de code n'est disponible, effectuez ces contrôles manuellement et mentionnez-le.

Sorties (noms fixes)

research/<slug-du-sujet>/plan.md
research/<slug-du-sujet>/sources__<slug-du-sujet>__<AAAA-MM-JJ>.md   ← vue humaine
research/<slug-du-sujet>/ledger.md                                    ← état en cours, écrit au fur et à mesure
research/<slug-du-sujet>/notes/<citekey>.md                           ← notes par source
research/<slug-du-sujet>/notes/raw/<citekey>.txt                      ← texte intégral brut (XML API/texte PDF), capable de verbatim
research/<slug-du-sujet>/claims.json                                  ← affirmations étayées + citations, pour vérification

• <slug-du-sujet> : 3 à 6 mots spécifiques, en minuscules avec traits d'union (starch-fructan-engineering-plants).
• Ne jamais écraser une exécution précédente. Même sujet : nouveau fichier de sources daté + entrée de journal des modifications. Nouvel angle : nouveau slug.
• Travailler dans le dossier connecté de l'utilisateur s'il existe, sinon dans le répertoire de travail. Envoyer les deux fichiers principaux à la fin.

Modes

• auto (par défaut) : pas de pause ; listez vos choix à la fin. step : s'arrêter à chaque ◆.
• quick : garder 8 à 15 sources. Lecture complète des 5 meilleures sources ; pour les autres, sections: (résumé + résultats + discussion). Contre-preuve : 3 recherches maximum. Boule de neige optionnelle.
• deep : 25+ sources, boule de neige, éclaireurs parallèles, lectures complètes de toutes les sources A/B.
• update : l'utilisateur a téléchargé des fichiers ou demandé une actualisation → Phase 6.
• Contraintes strictes dans la demande (une grille qui nécessite 2 chapitres de livre, une limite de mots, une base de données obligatoire) sont des exigences, pas des suggestions. Répondez-y avec des sources vérifiées, ou dites clairement laquelle n'est pas remplie.

Phase 0 — Cadrage

Un seul message :

• l'objectif du plan et à quoi il sert (agent / compétence / MCP / rapport / expérience / décision) ;
• la portée, les années, la profondeur et le mode ;
• les contraintes strictes ;
• 2 à 6 axes MECE (sous-questions non chevauchantes).

Créer une liste de tâches : Cadrage → Triage → Lecture → Synthèse → Rédaction → Vérification. S'il n'existe pas d'outil de tâches, conservez la liste en haut de research/<slug>/run-notes.md. ◆ Point de contrôle : axes + portée.

Phase 1 — Triage (exécuter source-triage)

D'abord la bibliothèque → découvrir → intégrité pour tout ce que vous nommerez → accès + portée → note / rôle / ⭐.

Le registre est écrit au fur et à mesure. Ajoutez chaque recherche et chaque source classée immédiatement ; le contexte peut être perdu en cours d'exécution, et le fichier du registre est ce qui survit.

En mode approfondi avec des sous-agents, envoyez un éclaireur par axe en parallèle. Chaque éclaireur :

• utilise ≤15 appels d'outil ;
• écrit notes/<axe>.md avec les sections Points clés · Résultats cités (avec liens) · Inférences · Lacunes ;
• ajoute ses candidates au registre.

Sans sous-agents, exécutez les axes séquentiellement. ◆ Point de contrôle : comptes par classe d'accès + ⭐ shortlist.

Phase 2 — Lecture

• Lire les sources readable/held, note la plus élevée en premier. Préférez les routes brutes (XML Europe PMC via shell, texte PDF) et sauvegardez le texte dans notes/raw/<citekey>.txt.
• Une lecture WebFetch est read: full (extracted). Utilisez-la pour comprendre, mais les affirmations qui en dépendent reçoivent ⚠ extracted et ne sont jamais « étayées » par une citation.
• Pour les textes longs, lisez par morceaux jusqu'à atteindre la liste de références. Le mode rapide permet des lectures sections: ; étiquetez-les.
• Définir read sur chaque ligne du registre : full · sections:<quoi> · abstract · metadata.
• Par source, notes/<citekey>.md contient :
  • POURQUOI (problème) ;
  • COMMENT (méthode, données) ;
  • QUOI (résultats : nombres copiés exactement, avec un localisateur de section/page) ;
  • LIMITES, chacune étiquetée author-stated (avec localisateur) ou my-inference. Sans texte intégral : limits: not assessed (read: abstract).
• Lorsqu'une phrase portera une affirmation dans le plan, copiez une citation verbatim d'au moins 40 caractères à partir du texte brut dans claims.json : {"id","claim","source":"notes/raw/<citekey>.txt","quote","locator"}.
• Ne jamais remplir une note de mémoire. « Pas dans la partie que j'ai lue » est une réponse valide.

Phase 3 — Synthèse

• Matrice de preuves : sources × thèmes (soutient / contredit / silencieux). Grouper par thème, jamais source par source.
• Convergence (≥3 d'accord) · Divergence (expliquer par méthode, population ou temps) · Silence (<2 sources : une lacune).
• Compte indépendant : « 4 études (2 indépendantes) ». Un ensemble de données, une cohorte, une équipe ou un essai partagé compte une fois.
• Passage de contre-preuve : pour les résultats principaux, rechercher les nuls, les échecs de réplication et les critiques. Enregistrer les termes même si rien ne se présente. Mode rapide : 3 recherches maximum.
• Affirmations négatives (« personne n'a fait X ») portent les recherches derrière elles, limitées à ce qui a été cherché.
• Vérification de contribution : que peut faire l'utilisateur avec ce plan qu'il ne pouvait pas faire avant ? Quel téléchargement ⭐ le changerait le plus ?
• Passage avocat du diable : le contre-argument le plus fort, le cherry-picking et une prémisse incontestée. Ne rejetez pas une objection parce qu'elle est gênante.

Phase 4 — Écrire les fichiers

plan.md

• En-tête : objectif · à quoi ça sert · portée · date · lien vers le fichier de sources · Base de preuves : N complet (brut) · N complet (extrait) · N sections · N résumé · N métadonnées.
• Corps : tout ce dont la demande a besoin.
• Citations : <sup>[3](sources__<slug>__<date>.md#s3)</sup>, numérotées dans l'ordre de première utilisation.
• Drapeaux après une citation :
  • ⚠ abstract-only : seul le résumé a été lu ;
  • ⚠ metadata-only : seul le titre/lieu connu ;
  • ⚠ extracted : lu via WebFetch, donc aucune vérification verbatim possible ;
  • ⚠ preprint.
• Fermer avec : Questions ouvertes · Ce que les téléchargements ⭐ débloqueraient · Contraintes non satisfaites (le cas échéant) · Journal des modifications.

sources____.md

# Sources — <Titre du sujet lisible> (<date>)
Plan : [plan.md](./plan.md) · Question : <une ligne> · Mode : <quick|deep> · Recherché : <bases de données + dates>
Comptes : N total · ⭐ X · lisible R · libre-mais-bloqué B · paywall P · non-papier W · exclu E     (total = chaque ligne du registre)
Base de preuves : <même décomposition que plan.md>

## ⭐ 1. Télécharger pour contexte local
| # | Source | Type | Note | Accès · Licence | Pourquoi c'est important pour <ce qui est construit> | Comment l'obtenir | Enregistrer sous | Redistribuer |

## 2. Ouvert et lisible (distillé dans le plan)
### <Thème A>
<a id="s1"></a>**[1]** Auteurs (Année). [Titre](URL). *Lieu / Titre du livre, pages*. [DOI](https://doi.org/…) — `gold · CC-BY` · `readable:europepmc-xml` · read: full · Grade A · preuve
(une prépublication ajoute une étiquette `` `preprint` `` à cette ligne ; le vérificateur exige alors `⚠ preprint` sur ses citations)
- POURQUOI … · COMMENT … · QUOI … · LIMITES …

## 3. Libre mais bloqué pour les agents IA (ouvrez-les vous-même)
Entrée + le bloc observé + lien direct + toute copie libre.

## 4. Paywall
Entrée + lien vers copie libre ou « aucun trouvé » + l'essentiel au niveau du résumé, si utilisé.

## 5. Sources non-papier
Par type, niveau T1–T5. Littérature grise : URL + date d'accès + lien de capture.

## 6. Exclu (et pourquoi)
Une puce par enregistrement exclu, commençant par **Exclu :** <raison>.

## 7. Journal de recherche et rapport de voie d'accès

Règles :

• Chaque entrée a une ancre <a id="sN"> correspondant à la numérotation du plan.
• Chaque URL est un lien [texte](url), y compris dans les lignes d'en-tête.
• Les lignes ⭐ pointent vers le numéro d'entrée principal.
• Grouper par classe d'accès, puis par thème.

Phase 5 — Vérifier, puis livrer

1. Vérifications déterministes : exécuter python3 <dossier de cette compétence>/scripts/research_checks.py all research/<slug>/. Corriger chaque erreur (ancres manquantes, drapeaux ⚠ manquants, décalages de comptes, vocabulaire, citations non dans la source) et réexécuter jusqu'à réussite.
2. Vérification des preuves : exécuter evidence-check.
   • Avec sous-agents : dans un nouveau, en ne donnant que les fichiers.
   • Sans : une vérification dans la même session qui relit chaque fichier à partir du disque et n'utilise aucun souvenir de leur écriture. L'étiqueter same-session (not independent) et suggérer à l'utilisateur d'exécuter evidence-check dans un nouveau chat avant de s'y fier.
3. Ouvrir au hasard 3 liens par classe d'accès. Une 403/429 d'un éditeur ne prouve rien ; dites-le.

Livrer les deux fichiers avec une ligne sur :

• le titre du plan ;
• le nombre de ⭐ ;
• combien de sources nécessitent un téléchargement manuel ;
• les contraintes non satisfaites.

En mode auto, listez également vos choix (axes, années, bases de données, filtres, limites).

Phase 6 — Mise à jour (après le téléchargement par l'utilisateur)

1. Faire correspondre les fichiers du dossier aux noms Enregistrer sous.
2. Les valider (python3 <dossier de cette compétence>/scripts/research_checks.py pdf <fichiers>).
3. Lire chacun, sauvegarder son texte brut et définir held: user et read: full.
4. Re-noter, en supprimant les notes ? provisoires.
5. Transformer les drapeaux ⚠ en affirmations étayées avec citations, ou réécrire les affirmations que le nouveau texte contredit.
6. Réexécuter la Phase 5 sur les sections modifiées.
7. Écrire un nouveau fichier de sources daté et ajouter une entrée de journal des modifications.

Drapeaux rouges

Pensée	Réalité
« Je vérifierai l'accès après la lecture »	Triage d'abord, sinon les résumés sous paywall façonnent furtivement le plan.
« C'est en accès libre, donc je peux le lire »	Testez la voie. Des articles OA ont été bloqués lors des tests.
« WebFetch m'a donné le texte »	Il a donné une extraction du modèle. Utilisez-le pour lire, jamais pour les citations.
« Je connais cet article / chapitre »	Les essais ont produit des titres erronés, des livres erronés et un article inexistant de mémoire. Vérifiez d'abord.
« Le DOI résout, donc le chapitre est correct »	Vérifiez aussi le titre et les pages du livre.
« Bloqué, je vais essayer un miroir »	Jamais. Trouvez une copie libre légitime, sinon listez-le pour l'utilisateur.
« J'écrirai le registre à la fin »	Une réinitialisation du contexte l'effacera. Écrivez au fur et à mesure.
« Trois études sont d'accord »	Comptez les études indépendantes ; cherchez celles qui ont pris le parti opposé.