研究规划

研究 → plan.md + 源文件

三技能套件的编排器：

• source-triage：在阅读之前查找资源并对其访问性、可及性、完整性和等级进行分类。
• research-plan（本技能）：阅读可访问的资源，然后编写规划和源文件。
• evidence-check：独立审计，确保每个声明都是真实的且有支持。

如果缺少同级技能，请根据以下摘要内联执行其步骤。确定性检查器包含在本技能中：python3 <本技能文件夹>/scripts/research_checks.py。它是标准库Python，在你的代码沙箱中运行（PDF文本需要pypdf；如果缺失，在那里pip install pypdf）。在需要确定性检查的地方使用它。仅在无法执行代码时，才手动进行这些检查并说明。

输出（固定名称）

research/<主题-slug>/plan.md
research/<主题-slug>/sources__<主题-slug>__<YYYY-MM-DD>.md   ← 人工视图
research/<主题-slug>/ledger.md                                ← 工作状态，边进行边写入
research/<主题-slug>/notes/<引用键>.md                       ← 每个资源笔记
research/<主题-slug>/notes/raw/<引用键>.txt                  ← 原始全文（API XML/PDF文本），支持逐字引用
research/<主题-slug>/claims.json                              ← 支持的声明 + 引文，用于检查

• <主题-slug>：3-6个特定单词，小写连字符（淀粉-果聚糖-工程-植物）。
• 永远不要覆盖之前的运行结果。同一主题：新的带日期的源文件 + 变更日志条目。新角度：新的slug。
• 如果用户有连接文件夹，则在其下工作；否则，在工作目录工作。最后发送两个主文件。

模式

• auto（默认）：无暂停；在最后列出你的选择。step：在每个◆处停止。
• quick：保留8-15个资源。最多完整阅读5个顶级资源；其他使用 sections:（摘要 + 结果 + 讨论）。反证：最多3次搜索。选择性滚雪球。
• deep：25+个资源，滚雪球，并行探索，完整阅读所有A/B级资源。
• update：用户下载了文件或要求刷新 → 第6阶段。
• 请求中的硬约束（需要2个书章节、字数限制、必需数据库的评分标准）是要求，而非建议。使用经过验证的资源来满足它们，或者明确说明哪一个未满足。

第0阶段 — 框架

一条消息：

• 规划的目标及其用途（代理 / 技能 / MCP / 报告 / 实验 / 决策）；
• 范围、年份、深度和模式；
• 硬约束；
• 2-6个 MECE轴（不重叠的子问题）。

创建一个任务列表：框架 → 分类 → 阅读 → 综合 → 编写 → 检查。如果没有任务工具，则将列表放在 research/<slug>/run-notes.md 顶部。 ◆ 检查点：轴 + 范围。

第1阶段 — 分类（运行 source-triage）

首先使用图书馆 → 发现 → 完整性（用于你将提到的任何内容）→ 访问 + 可及性 → 等级 / 角色 / ⭐。

边进行边写入分类账。 立即追加每次搜索和每个分类的资源；上下文可能在运行中丢失，而分类账文件是唯一保留的记录。

在deep模式下使用子代理时，为每个轴并行发送一个探索者。每个探索者：

• 使用≤15次工具调用；
• 编写 notes/<轴>.md，包含以下章节：要点 · 引用发现（含链接）· 推断 · 缺口；
• 将其候选者追加到分类账。

没有子代理时，按顺序运行各轴。 ◆ 检查点：按访问类别计数的 ⭐ 候选名单。

第2阶段 — 阅读

• 阅读可读/持有的资源，最高等级优先。优先使用原始路由（通过shell的Europe PMC XML、PDF文本）并将文本保存到 notes/raw/<引用键>.txt。
• WebFetch阅读是 read: full (extracted)。用于理解，但基于它的声明会被标记为 ⚠ extracted，并且永远不是由引文“支持”的。
• 对于长文本，分块阅读直到你到达参考文献列表。Quick模式允许 sections: 阅读；标记它们。
• 在分类账每一行设置 read：full · sections:<哪些> · abstract · metadata。
• 每个资源，notes/<引用键>.md 包含：
  • 为什么（问题）；
  • 如何做（方法、数据）；
  • 结果（发现：精确复制的数字，带有章节/页面定位符）；
  • 限制，每个标记为 作者陈述（带定位符）或 我的推断。 没有全文时：限制：未评估（阅读：abstract）。
• 当计划中的一个句子将承载声明时，从原始文本中复制一个≥40个字符的逐字引文到 claims.json：{"id","claim","source":"notes/raw/<引用键>.txt","quote","locator"}。
• 永远不要凭记忆填写笔记。“在我读的部分中没有”是有效答案。

第3阶段 — 综合

• 证据矩阵： 资源 × 主题（支持 / 矛盾 / 沉默）。按主题分组，永远不要逐个资源。
• 收敛（≥3个一致）· 分歧（用方法、群体或时间解释）· 沉默（<2个资源：缺口）。
• 独立计数： “4项研究（2项独立）”。共享数据集、队列、团队或试验只计一次。
• 反证检查： 对于头条发现，搜索null结果、失败复现和批评。即使没有结果也要记录搜索词。Quick模式：最多3次搜索。
• 否定声明（“没人做过X”）需要携带其背后的搜索，且限于搜索范围。
• 贡献检查： 用户利用这个计划能做以前不能做的什么？哪个⭐下载最能改变它？
• 魔鬼代言人检查： 最有力的反驳、选择性引用，以及一个未被质疑的前提。不要因为不便利就放弃一个反对意见。

第4阶段 — 编写文件

plan.md

• 标题： 目标 · 用途 · 范围 · 日期 · 指向源文件的链接 · 证据基础：N个完整（原始）· N个完整（提取）· N个章节 · N个摘要 · N个元数据。
• 正文： 满足请求需要的所有内容。
• 引用： <sup>[3](sources__<slug>__<date>.md#s3)</sup>，按首次出现顺序编号。
• 引用后标志：
  • ⚠ abstract-only：仅阅读了摘要；
  • ⚠ metadata-only：仅知标题/出处；
  • ⚠ extracted：通过WebFetch阅读，因此无法进行逐字检查；
  • ⚠ preprint。
• 结尾： 开放性问题 · ⭐下载将解锁的内容 · 未满足的约束（如果有）· 变更日志。

sources____.md

# 源文件 — <可读主题标题>（<date>）
计划：[plan.md](./plan.md) · 问题：<一行> · 模式：<quick|deep> · 搜索：<数据库 + 日期>
计数：N 总共 · ⭐ X · 可读 R · 免费但被屏蔽 B · 付费 P · 非论文 W · 已排除 E     （总计 = 每个分类账行）
证据基础：<与plan.md相同的细分>

## ⭐ 1. 下载这些以获取本地上下文
| # | 源文件 | 类型 | 等级 | 访问 · 许可证 | 为什么它对<正在构建的内容>重要 | 如何获取 | 保存为 | 可重新分发 |

## 2. 开放且可读（已提炼到计划中）
### <主题A>
<a id="s1"></a>**[1]** 作者（年份）。[标题](URL)。*期刊 / 书名，页码*。[DOI](https://doi.org/…) — `gold · CC-BY` · `readable:europepmc-xml` · read: full · 等级 A · 证据
（preprint会在这行添加一个 `` `preprint` `` 标签；然后检查器要求其引用带有`⚠ preprint`）
- WHY … · HOW … · WHAT … · LIMITS …

## 3. 免费但对AI代理被屏蔽（请自行打开）
条目 + 观察到的屏蔽 + 直接链接 + 任何绿色副本。

## 4. 付费
条目 + 绿色副本链接或“未找到” + 使用的摘要级别要点（如果已使用）。

## 5. 非论文资源
按类型，等级 T1–T5。灰色文献：URL + 访问日期 + 快照链接。

## 6. 已排除（及原因）
每个排除记录一个项目符号，以 **已排除：** <原因> 开头。

## 7. 搜索日志与访问路由报告

规则：

• 每个条目都有一个与计划中编号匹配的 <a id="sN"> 锚点。
• 每个URL都是一个 [文本](url) 链接，包括标题行中的。
• ⭐行指向主条目编号。
• 按访问类别分组，然后按主题分组。

第5阶段 — 检查，然后交付

1. 确定性检查： 运行 python3 <本技能文件夹>/scripts/research_checks.py all research/<slug>/。修复每个错误（缺少锚点、缺少⚠标志、计数不匹配、词汇、引文不在源文件中）并重新运行直到通过。
2. 证据检查： 运行 evidence-check。
   • 使用子代理： 在一个全新的代理中，仅提供文件。
   • 没有： 同会话检查，从磁盘重新读取每个文件，且不保留编写它们时的记忆。标记为 same-session (not independent)，并建议用户在新对话中运行证据检查后再依赖它。
3. 抽查打开 每个访问类别3个链接。来自出版商的403/429错误不能证明什么；说明这一点。

交付两个文件，并附带一行说明：

• 计划的头条；
• ⭐计数；
• 需要手动下载的资源数量；
• 未满足的约束。

在auto模式下，同时列出你的选择（轴、年份、数据库、过滤器、上限）。

第6阶段 — 更新（用户下载后）

1. 将文件夹中的文件与保存名称匹配。
2. 验证它们（python3 <本技能文件夹>/scripts/research_checks.py pdf <files>）。
3. 阅读每个文件，保存其原始文本，并设置 held: user 和 read: full。
4. 重新评级，移除临时的 ? 等级。
5. 将⚠标志转换为带有引文支持的声明，或重写新文本矛盾的声明。
6. 对更改的部分重新运行第5阶段。
7. 编写一个新的带日期源文件并添加变更日志条目。

红旗

想法	现实
“我读完后再检查访问权限”	先分类，否则付费摘要会悄悄影响计划。
“它是OA，所以我可以阅读”	测试路由。OA文章在测试中被屏蔽过。
“WebFetch给了我文本”	它给的是模型的提取。用于阅读，绝不用作引文。
“我知道这篇论文/章节”	试验产生了错误标题、错误书籍和基于记忆的不存在论文。先查证。
“DOI可解析，所以章节正确”	也检查书名和页码。
“被屏蔽，我试试镜像”	绝不。找到合法的绿色副本，否则将其列出给用户。
“我最后再写分类账”	上下文重置会抹掉它。边进行边写。
“三项研究一致”	计算独立研究；搜索那些结果相反的研究。