plan-investigación

Investigación → plan.md + archivo de fuentes

El orquestador de un conjunto de tres skills:

• source-triage: encuentra fuentes y clasifica acceso, alcance, integridad y grado antes de leer.
• research-plan (este skill): lee lo que es accesible, luego escribe el plan y el archivo de fuentes.
• evidence-check: una auditoría independiente de que cada afirmación es real y está respaldada.

Si falta un skill hermano, haz sus pasos en línea a partir de estos resúmenes. El verificador determinista va incluido en este skill: python3 <carpeta de este skill>/scripts/research_checks.py. Es Python de biblioteca estándar que se ejecuta en tu propio sandbox de código (el texto PDF necesita pypdf; pip install pypdf allí si falta). Úsalo siempre que se mencione una comprobación determinista. Solo si no hay ejecución de código disponible, haz esas comprobaciones a mano y dilo.

Salidas (nombres fijos)

research/<slug-tema>/plan.md
research/<slug-tema>/sources__<slug-tema>__<YYYY-MM-DD>.md   ← vista humana
research/<slug-tema>/ledger.md                                ← estado de trabajo, se escribe sobre la marcha
research/<slug-tema>/notes/<citekey>.md                       ← notas por fuente
research/<slug-tema>/notes/raw/<citekey>.txt                  ← texto completo sin procesar (API XML/texto PDF), capaz de preservar verbatim
research/<slug-tema>/claims.json                              ← afirmaciones respaldadas + citas, para verificar

• <slug-tema>: 3–6 palabras específicas, en minúsculas con guiones (almidon-fructano-ingenieria-plantas).
• Nunca sobrescribas una ejecución anterior. Mismo tema: nuevo archivo de fuentes con fecha + entrada de changelog. Nuevo enfoque: nuevo slug.
• Trabaja en la carpeta conectada del usuario si la hay, si no en el directorio de trabajo. Envía ambos archivos principales al final.

Modos

• auto (predeterminado): sin pausas; enumera tus elecciones al final. step: detente en cada ◆.
• quick: mantén 8–15 fuentes. Lectura completa de hasta 5 fuentes principales; las demás sections: (resumen + resultados + discusión). Contradicción: máximo 3 búsquedas. Bola de nieve opcional.
• deep: 25+ fuentes, bola de nieve, exploradores en paralelo, lecturas completas de todas las fuentes A/B.
• update: el usuario descargó archivos o pidió actualizar → Fase 6.
• Restricciones duras en la solicitud (una rúbrica que necesita 2 capítulos de libro, un límite de palabras, una base de datos requerida) son requisitos, no sugerencias. Cúmplelos con fuentes verificadas, o di claramente cuál no se cumple.

Fase 0 — Marco

Un mensaje:

• el objetivo del plan y para qué sirve (agente / skill / MCP / informe / experimento / decisión);
• alcance, años, profundidad y modo;
• restricciones duras;
• 2–6 ejes MECE (subpreguntas no superpuestas).

Crea una lista de tareas: Marco → Clasificación → Lectura → Síntesis → Escritura → Verificación. Si no existe una herramienta de tareas, mantén la lista al inicio de research/<slug>/run-notes.md. ◆ Punto de control: ejes + alcance.

Fase 1 — Clasificación (ejecutar source-triage)

Biblioteca primero → descubrir → integridad de todo lo que vayas a nombrar → acceso + alcance → grado / rol / ⭐.

El ledger se escribe sobre la marcha. Añade cada búsqueda y cada fuente clasificada inmediatamente; el contexto puede perderse a mitad de la ejecución, y el archivo ledger es lo que sobrevive.

En modo profundo con subagentes, envía un explorador por eje en paralelo. Cada explorador:

• usa ≤15 llamadas a herramientas;
• escribe notes/<eje>.md con las secciones Conclusión · Hallazgos citados (con enlaces) · Inferencias · Lagunas;
• añade sus candidatos al ledger.

Sin subagentes, ejecuta los ejes en secuencia. ◆ Punto de control: recuentos por clase de acceso + lista breve ⭐.

Fase 2 — Lectura

• Lee fuentes legibles/en posesión, comenzando por el grado más alto. Prefiere rutas sin procesar (XML Europe PMC vía shell, texto PDF) y guarda el texto en notes/raw/<citekey>.txt.
• Una lectura WebFetch es read: full (extracted). Úsala para comprensión, pero las afirmaciones que se basen en ella obtienen ⚠ extracted y nunca están "respaldadas" por una cita.
• Para textos largos, lee en fragmentos hasta llegar a la lista de referencias. El modo quick permite lecturas sections:; etiquétalas.
• Establece read en cada fila del ledger: full · sections:<cuáles> · abstract · metadata.
• Por fuente, notes/<citekey>.md contiene:
  • POR QUÉ (problema);
  • CÓMO (método, datos);
  • QUÉ (hallazgos: números copiados exactamente, con localizador de sección/página);
  • LÍMITES, cada uno etiquetado como autor-manifiesto (con localizador) o mi-inferencia. Sin texto completo: limits: not assessed (read: abstract).
• Cuando una oración vaya a sustentar una afirmación en el plan, copia una cita textual ≥40 caracteres del texto sin procesar en claims.json: {"id","claim","source":"notes/raw/<citekey>.txt","quote","locator"}.
• Nunca rellenes una nota de memoria. "No está en la parte que leí" es una respuesta válida.

Fase 3 — Síntesis

• Matriz de evidencia: fuentes × temas (respaldan / contradicen / silencio). Agrupa por tema, nunca fuente por fuente.
• Convergencia (≥3 coinciden) · divergencia (explica por método, población o tiempo) · silencio (<2 fuentes: una laguna).
• Conteo independiente: "4 estudios (2 independientes)". Un conjunto de datos, cohorte, equipo o ensayo compartido cuenta una vez.
• Pasada de contradicción: para los hallazgos principales, busca nulos, replicaciones fallidas y críticas. Registra los términos incluso si no aparece nada. Modo quick: máximo 3 búsquedas.
• Afirmaciones negativas ("nadie ha hecho X") llevan las búsquedas detrás, limitadas por lo buscado.
• Verificación de contribución: ¿qué puede hacer el usuario con este plan que no podía antes? ¿Qué descarga ⭐ lo cambiaría más?
• Pasada del abogado del diablo: el contraargumento más fuerte, cherry-picking y una premisa incuestionada. No descartes una objeción porque sea incómoda.

Fase 4 — Escribir los archivos

plan.md

• Encabezado: objetivo · para qué sirve · alcance · fecha · enlace al archivo de fuentes · Evidence base: N full (raw) · N full (extracted) · N sections · N abstract · N metadata.
• Cuerpo: lo que la solicitud necesite.
• Citas: <sup>[3](sources__<slug>__<date>.md#s3)</sup>, numeradas en orden de primer uso.
• Banderas después de una cita:
  • ⚠ abstract-only: solo se leyó el resumen;
  • ⚠ metadata-only: solo se conoce título/editorial;
  • ⚠ extracted: leído vía WebFetch, por lo que no es posible una verificación textual;
  • ⚠ preprint.
• Cierre con: Preguntas abiertas · Qué desbloquearían las descargas ⭐ · Restricciones no cumplidas (si las hay) · Changelog.

sources____.md

# Sources — <Título legible del tema> (<fecha>)
Plan: [plan.md](./plan.md) · Pregunta: <una línea> · Modo: <quick|deep> · Buscado en: <bases de datos + fechas>
Recuentos: N total · ⭐ X · legibles R · libres-pero-bloqueadas B · con muro de pago P · no-artículo W · excluidas E     (total = cada fila del ledger)
Base de evidencia: <mismo desglose que en plan.md>

## ⭐ 1. Descargar estas para contexto local
| # | Fuente | Tipo | Grado | Acceso · Licencia | Por qué es importante para <lo que se está construyendo> | Cómo obtenerlo | Guardar como | Redistribuir |

## 2. Abiertas y legibles (destiladas en el plan)
### <Tema A>
<a id="s1"></a>**[1]** Autores (Año). [Título](URL). *Revista / Título del libro, páginas*. [DOI](https://doi.org/…) — `gold · CC-BY` · `legible:europepmc-xml` · read: full · Grado A · evidencia
(un preprint añade una etiqueta `` `preprint` `` a esta línea; el verificador entonces requiere `⚠ preprint` en sus citas)
- POR QUÉ … · CÓMO … · QUÉ … · LÍMITES …

## 3. Libres pero bloqueadas para agentes de IA (ábrelas tú mismo)
Entrada + el bloqueo observado + enlace directo + cualquier copia verde.

## 4. Con muro de pago
Entrada + enlace de copia verde o "ninguna encontrada" + la conclusión a nivel de resumen, si se usa.

## 5. Fuentes no académicas
Por tipo, nivel T1–T5. Literatura gris: URL + fecha de acceso + enlace de instantánea.

## 6. Excluidas (y por qué)
Un bullet por registro excluido, comenzando **Excluido:** <razón>.

## 7. Registro de búsqueda e informe de ruta de acceso

Reglas:

• Cada entrada tiene un ancla <a id="sN"> que coincida con la numeración del plan.
• Cada URL es un enlace [texto](url), incluso en las líneas de encabezado.
• Las filas ⭐ apuntan al número de entrada principal.
• Agrupa por clase de acceso, luego por tema.

Fase 5 — Verificar, luego entregar

1. Comprobaciones deterministas: ejecuta python3 <carpeta de este skill>/scripts/research_checks.py all research/<slug>/. Corrige cada error (anclas faltantes, banderas ⚠ faltantes, discrepancias de recuento, vocabulario, citas no en la fuente) y vuelve a ejecutar hasta que pase.
2. Verificación de evidencia: ejecuta evidence-check.
   • Con subagentes: en uno nuevo, dándole solo los archivos.
   • Sin ellos: una verificación en la misma sesión que relee cada archivo del disco y no usa memoria de haberlos escrito. Etiquétala same-session (not independent) y sugiere al usuario que ejecute evidence-check en un nuevo chat antes de confiar en ella.
3. Abre al azar 3 enlaces por clase de acceso. Un 403/429 de un editor no prueba nada; dilo.

Entrega ambos archivos con una línea sobre:

• el titular del plan;
• el recuento ⭐;
• cuántas fuentes necesitan descarga manual;
• restricciones no cumplidas.

En modo auto, enumera también tus elecciones (ejes, años, bases de datos, filtros, límites).

Fase 6 — Actualización (después de que el usuario descargue)

1. Empareja los archivos de la carpeta con los nombres "Guardar como".
2. Valídelos (python3 <carpeta de este skill>/scripts/research_checks.py pdf <archivos>).
3. Lee cada uno, guarda su texto sin procesar y establece held: user y read: full.
4. Reclasifica, eliminando las calificaciones ? provisionales.
5. Convierte las banderas ⚠ en afirmaciones respaldadas con citas, o reescribe las afirmaciones que el nuevo texto contradiga.
6. Vuelve a ejecutar la Fase 5 en las secciones modificadas.
7. Escribe un nuevo archivo de fuentes con fecha y añade una entrada de changelog.

Señales de alarma

Pensamiento	Realidad
"Comprobaré el acceso después de leer"	Clasifica primero, o los resúmenes con muro de pago moldean silenciosamente el plan.
"Es OA, así que puedo leerlo"	Prueba la ruta. Artículos OA estuvieron bloqueados en pruebas.
"WebFetch me dio el texto"	Dio una extracción del modelo. Úsalo para leer, nunca para citas.
"Conozco este artículo / capítulo"	Las pruebas produjeron títulos incorrectos, libros incorrectos y un artículo inexistente de memoria. Búscalo primero.
"El DOI resuelve, así que el capítulo es correcto"	Comprueba también el título del libro y las páginas.
"Bloqueado, probaré un espejo"	Nunca. Busca una copia verde legítima, si no, enumérala para el usuario.
"Escribiré el ledger al final"	Un reinicio de contexto lo borrará. Escríbelo sobre la marcha.
"Tres estudios coinciden"	Cuenta estudios independientes; busca los que fueron en la otra dirección.