O que excel-pubmed-fulltext-review faz?
Habilidade do Codex para download de texto completo do PubMed via Excel, complementação institucional e resumos de interpretação de literatura.
Visão Geral
Esta habilidade automatiza o processo de:
- Baixar textos completos de artigos do PubMed a partir de uma planilha Excel
- Completar metadados institucionais (afiliações, DOIs, datas de publicação, etc.)
- Gerar resumos interpretativos em linguagem natural para revisão rápida
Como Funciona
- Entrada: Planilha Excel com uma coluna contendo identificadores de artigos (PMIDs, DOIs ou títulos)
- Processamento:
- Consulta à API E-utilities do NCBI
- Download do texto completo via PubMed Central (PMC) quando disponível
- Preenchimento automático de campos vazios na planilha
- Saída:
- Planilha enriquecida com dados completos
- Arquivo de texto com resumos interpretativos por artigo
Plataformas Suportadas
- Python: via bibliotecas como pandas, requests, xml.etree.ElementTree
- Serviços Online: integração com Google Sheets ou Microsoft 365
Exemplo de Uso
import pandas as pd
from utilidades.pubmed import baixar_texto_completo, complementar_metadados
# Carregar planilha
df = pd.read_excel('artigos.xlsx')
# Processar cada artigo
for index, row in df.iterrows():
pmid = row['PMID']
texto = baixar_texto_completo(pmid)
metadados = complementar_metadados(pmid)
df.loc[index, 'Texto_Completo'] = texto
df.loc[index, 'Afiliação'] = metadados['afiliacao']
df.loc[index, 'DOI'] = metadados['doi']
# Salvar planilha atualizada
df.to_excel('artigos_completos.xlsx', index=False)
Notas Técnicas
- API Limite: Respeitar limite de 3 solicitações por segundo (padrão NCBI)
- Formato Saída: Planilha .xlsx e arquivo .md com resumos
- Idioma Resumo: Preferencialmente português, mas pode ser configurado para inglês
Licença
Uso acadêmico livre. Consulte os termos de uso do NCBI.