Was macht excel-pubmed-fulltext-review?
Codex-Fähigkeit für Excel PubMed Volltext-Download, institutionelle Vervollständigung und Literaturinterpretationszusammenfassungen.
Beschreibung
Diese Fähigkeit automatisiert den Workflow: Excel-Tabelle mit PubMed-IDs → Abruf von Metadaten (Titel, Abstract, DOI) → Download der Volltexte (falls verfügbar) → Institutionelle Zugänge nutzen, um fehlende Texte zu vervollständigen → Erstellung einer prägnanten Zusammenfassung der Literaturinterpretation.
Verwendung
- Eingabe: Eine Excel-Datei (.xlsx) mit einer Spalte
pmid(oderpmids/pubmed_id) mit gültigen PubMed-IDs. - Verarbeitung:
- Der Agent verwendet die NCBI E-Utilities-API (
efetch) mitdb=pubmed, um Metadaten für jede ID abzurufen. - Bei erfolgreichem Abruf wird der Abstract extrahiert (optional in den Volltextlink umgewandelt, wenn verfügbar).
- Der Agent versucht, den Volltext über einen öffentlichen Zugang (z.B. PubMed Central) oder über eine konfigurierte institutionelle Proxy-URL herunterzuladen.
- Wenn kein Volltext verfügbar ist, wird ein Flag gesetzt (
fulltext_available = FALSE).
- Der Agent verwendet die NCBI E-Utilities-API (
- Ausgabe: Die Ergebnisse werden in eine neue Excel-Tabelle geschrieben mit den Spalten:
pmid,title,abstract,doi,fulltext_url,fulltext_path,fulltext_available,summary.
Konfiguration
- Umgebungsvariablen:
NCBI_API_KEY(optional): Erhöht das API-Ratenlimit für NCBI E-Utilities.INSTITUTIONAL_PROXY(optional): Basis-URL für institutionellen Proxy, z.B.https://proxy.example.com.OUTPUT_DIR(optional): Pfad zum Speicherverzeichnis; standardmäßig./output.
Plattformen
- Codex-CLI (getestet)
- Andere Agenten-Plattformen, die die SKILL.md-Spezifikation unterstützen
Beispiel-Workflow
# Pseudo-Code für die Agentenlogik
import pandas as pd
from Bio import Entrez
# Excel einlesen
df = pd.read_excel('pubmed_list.xlsx')
pmids = df['pmid'].tolist()
# Metadaten abrufen
Entrez.email = '[email protected]'
for pmid in pmids:
handle = Entrez.efetch(db='pubmed', id=pmid, retmode='xml')
# ... XML parsen, Abstract extrahieren, Volltext suchen ...
# Ergebnisse exportieren
df_results.to_excel('pubmed_analysis.xlsx', index=False)
Hinweise
- Die Fähigkeit erfordert eine aktive Internetverbindung für NCBI-API-Aufrufe und Downloads.
- Institutionelle Zugänge können Einschränkungen unterliegen; bitte die Nutzungsbedingungen der jeweiligen Institution beachten.
- Bei großen Datensätzen (über 100 IDs) wird eine API-Ratenbegrenzung empfohlen.
Lizenz
MIT