Que fait excel-pubmed-fulltext-review ?
Compétence Codex pour le téléchargement de textes intégraux PubMed, la complétion institutionnelle et les résumés d'interprétation de la littérature à partir d'Excel.
Aperçu
Cette compétence permet de télécharger automatiquement les articles en texte intégral à partir d'identifiants PubMed (PMID) dans une feuille Excel. Elle gère la complétion institutionnelle (proxy, abonnements) et génère des résumés d'interprétation structurés de la littérature.
Utilisation
- Préparez un fichier Excel contenant une colonne avec des PMIDs valides.
- Invoquez la compétence via Codex avec la commande :
excel-pubmed-fulltext-review --input fichier.xlsx. - La compétence traitera chaque PMID, téléchargera le texte intégral (via NCBI E-utilities ou un proxy institutionnel), et ajoutera une colonne de résumé.
Plateformes prises en charge
- Codex (CLI et interface web)
Configuration
PUBMED_API_KEY: clé API NCBI optionnelle pour des taux de requête plus élevés.INSTITUTIONAL_PROXY: URL du proxy institutionnel pour l'accès aux abonnements.
Sortie
- Fichier Excel mis à jour avec une colonne
Résumécontenant les résumés d'interprétation. - Les articles en texte intégral sont enregistrés dans le dossier
./articles/.
Exemple
| PMID | Titre | Résumé |
|---|---|---|
| 12345678 | Exemple d'article | Cette étude explore... |
Dépannage
- Assurez-vous que le fichier Excel a une en-tête de colonne nommée
PMID. - Vérifiez votre connexion réseau si les téléchargements échouent.
Licence
MIT