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통계 분석

연구 데이터를 위한 체계적인 통계 분석 — 검정 선택, 가정 확인, 효과 크기, 검정력 분석, 베이지안 대안 및 APA 형식 보고. 사용자가 그룹을 비교하거나, 가설을 검정하거나, 실험/설문 데이터를 분석하거나, 통계적 가정을 확인하거나, 필요 표본 크기를 계산하거나, 결과를 작성하려 할 때 사용하세요. t-검정, ANOVA, 카이제곱, 상관, 회귀, 비모수 및 베이지안 방법을 포함합니다.

통계 분석란 무엇인가요?

이 스킬은 연구 데이터 분석을 위한 포괄적인 통계 분석 워크플로우를 제공합니다. t-검정, ANOVA, 카이제곱, 상관, 회귀 분석과 같은 빈도주의적 방법과 베이지안 대안을 모두 지원하며, 분석 전에 반드시 가정 확인을 수행하도록 안내합니다. 주요 기능으로는 검정 선택 가이드, 가정 진단(정규성, 등분산성, 선형성 등), 효과 크기 계산 및 APA 형식 보고서 생성을 포함합니다. 사용자는 핑구인(Pingouin), SciPy, Statsmodels, PyMC, ArviZ와 같은 인기 있는 Python 통계 라이브러리를 활용할 수 있으며, 각 분석 단계에서 체계적인 검증과 결과 해석을 지원합니다. 이 스킬은 연구자, 데이터 분석가, 그리고 통계적 엄격함이 요구되는 모든 환경에서 사용하기에 적합합니다.

지원 대상~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/statistical-analysis

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문서

통계 분석은(는) 무엇을 하나요?

개요

가설 검정(t-검정, ANOVA, 카이제곱), 회귀 분석, 상관 분석 및 베이지안 분석을 체계적인 가정 확인, 효과 크기 계산, APA 스타일 보고와 함께 수행합니다. 목표는 검토자가 흠잡을 수 없는 분석 결과를 제공하는 것입니다: 올바른 검정, 검증된 가정, 정직한 효과 크기, 그리고 완전한 보고서.

이 스킬을 사용해야 하는 경우

다음과 같은 상황에서 이 스킬을 사용하세요:

  • 통계적 가설 검정 수행 (t-검정, ANOVA, 카이제곱, 비모수 검정)
  • 회귀 또는 상관 분석 수행
  • 베이지안 통계 분석 수행
  • 통계적 가정 및 진단 확인
  • 효과 크기 계산 및 검정력 분석 수행
  • APA 형식으로 통계 결과 보고
  • 실험 또는 관찰 데이터 분석

설치

uv를 사용하여 이 스킬에서 사용하는 라이브러리를 설치하세요. 프로덕션에서는 버전을 고정하고, 탐색용으로는 고정하지 않은 설치도 괜찮습니다.

# 핵심 빈도주의 스택 (Python 3.10+; 최신 SciPy/ArviZ 사용 시 3.12+ 권장)
uv pip install "pingouin>=0.6" "scipy>=1.11" "statsmodels>=0.14.6" pandas matplotlib seaborn

# 베이지안 모델링 (PyMC 5 + ArviZ)
uv pip install "pymc>=5.0" "arviz>=1.0"

호환성 참고 사항 (pingouin 0.6.1, statsmodels 0.14.6, arviz 1.2 기준, 2026년):

  • Pingouin 0.6.0에서 출력 열 이름이 변경되어 특수 문자가 제거되었습니다: p_val, cohen_d, CI95, p_unc (이전 0.5.x에서는 p-val, cohen-d, CI95%, p-unc). 아래 예제는 현재 이름을 사용합니다. 0.5.x에 머물러 있다면 하이픈 형태를 사용하세요.
  • statsmodels + SciPy: SciPy 1.16+에서 발생하는 _lazywhere 가져오기 오류를 피하려면 statsmodels>=0.14.6과 scipy>=1.11을 사용하세요.
  • ArviZ 1.x: az.summary()는 기본적으로 89% 구간(eti89 열)을 사용하며 너비 매개변수는 ci_prob입니다 (hdi_prob가 아님). 일반적인 95% 신뢰 구간을 보고하려면 az.summary(trace, ci_prob=0.95)를 전달하세요.
  • 단측 베이즈 요인(Bayes Factor)은 Pingouin에서 제거됨: pg.ttest(..., alternative='greater')는 BF10 열을 자동으로 제거하고, pg.bayesfactor_ttest는 단측 대안에서 오류를 발생시킵니다. 단측 베이지안 검정이 필요하면 PyMC를 직접 사용하거나(방향성 가설의 사후 확률 계산) JASP/R의 BayesFactor를 사용하세요.

모델별 API(OLS, GLM, ARIMA)에 대해서는 statsmodels 스킬을 참조하세요. PyMC 워크플로우에 대해서는 pymc 스킬을 참조하세요.


분석 워크플로우

모든 건전한 분석은 동일한 절차를 따릅니다. 단계를 건너뛰면 분석 결과가 철회될 수 있으므로 순서대로 작업하고 각 단계에서 수행한 작업을 설명하세요.

  1. 데이터를 보기 전에 질문을 명확히 하세요. 가설, 결과 및 예측 변수, 설계(독립 vs. 대응, 그룹 수)를 명시하세요. 지금 계획된 검정을 확정하세요 — 결과를 보고 검정을 선택하는 것은 무해한 의도라 할지라도 p-해킹(p-hacking)입니다.
  2. 데이터를 검사하세요. 각 그룹별: n, 평균, 표준편차(SD), 중앙값, 결측값 수. 검정 전에 원시 데이터를 히스토그램 또는 상자 그림으로 그리세요. 그룹 크기 불균형, 결측값, 바닥/천장 효과, 이상치는 모두 적절한 검정을 변경시킵니다 — 이를 조용히 우회하지 말고 사용자에게 표면화하세요.
  3. 아래 빠른 참조 또는 references/test_selection_guide.md를 사용하여 검정을 선택하세요 (기본 설계(카운트, 생존 시간, 신뢰도, 요인 설계)를 넘어서는 경우).
  4. scripts/assumption_checks.py로 가정을 확인하세요. 가정이 위반되면 수정 검정(아래 표)으로 전환하고 계획과 변경 사항을 모두 보고하세요.
  5. 검정을 실행하고 항상 효과 크기를 함께 계산하세요 — p-값은 효과의 존재를 나타내고, 효과 크기는 누군가가 신경 써야 할지 여부를 알려줍니다.
  6. 아래 APA 템플릿을 사용하여 보고하세요. 기술 통계, 정확한 통계량, 신뢰 구간이 포함된 효과 크기, 수행된 가정 확인을 포함하세요.

사용자가 한 단계만 필요하다면(예: "몇 명의 참가자가 필요합니까?") 해당 섹션으로 바로 이동하세요 — 그래도 계산의 기반이 되는 설계 가정을 확인하세요.


검정 선택 가이드

빠른 참조: 올바른 검정 선택

포괄적인 지침(카운트, 생존, 신뢰도, 요인 설계)은 references/test_selection_guide.md를 사용하세요. 빠른 참조:

두 그룹 비교:

  • 독립적, 연속형, 정규 분포 → 독립 표본 t-검정
  • 독립적, 연속형, 비정규 분포 → Mann-Whitney U 검정
  • 대응, 연속형, 정규 분포 → 대응 표본 t-검정
  • 대응, 연속형, 비정규 분포 → Wilcoxon 부호 순위 검정
  • 이분형 결과 → 카이제곱 검정 또는 Fisher의 정확 검정

3개 이상 그룹 비교:

  • 독립적, 연속형, 정규 분포 → 일원 ANOVA
  • 독립적, 연속형, 비정규 분포 → Kruskal-Wallis 검정
  • 대응, 연속형, 정규 분포 → 반복 측정 ANOVA
  • 대응, 연속형, 비정규 분포 → Friedman 검정

관계:

  • 두 연속형 변수 → Pearson 상관(정규 분포) 또는 Spearman 상관(비정규 분포)
  • 연속형 결과와 예측 변수 → 선형 회귀
  • 이분형 결과와 예측 변수 → 로지스틱 회귀

베이지안 대안: 모든 검정에는 가설에 대한 직접적인 확률 진술, 증거를 정량화하는 베이즈 요인(Bayes Factor), 귀무 가설을 지지하는 기능을 제공하는 베이지안 버전이 있습니다. references/bayesian_statistics.md를 참조하세요.


가정 확인

검정 결과를 해석하기 전에 항상 가정을 확인하고 확인 결과를 보고하세요 — 검토자들이 이를 확인합니다.

번들로 제공되는 scripts/assumption_checks.py 모듈을 사용하세요. 스킬 디렉토리(skills/statistical-analysis/)에서 Python을 실행하거나 sys.path에 scripts/를 추가하세요:

from assumption_checks import comprehensive_assumption_check

# 이상치 + (그룹별) 정규성 + 등분산성, 그래프 포함
results = comprehensive_assumption_check(
    data=df,
    value_col='score',
    group_col='group',  # 선택 사항: 그룹 비교용
    alpha=0.05
)

특정 확인을 위해 개별 함수를 가져올 수 있습니다:

from assumption_checks import (
    check_normality,                # Shapiro-Wilk + Q-Q plot + 히스토그램
    check_normality_per_group,
    check_homogeneity_of_variance,  # Levene 검정 + 상자 그림
    check_linearity,                # 산점도 + 잔차 그림 (단순 회귀용)
    check_regression_diagnostics,   # 전체 OLS 진단 (아래 회귀 참조)
    detect_outliers                 # IQR 또는 z-점수 방법
)

result = check_normality(data=df['score'], name='Test Score', alpha=0.05, plot=True)
print(result['interpretation'])
print(result['recommendation'])

가정이 위반되었을 때 대처 방법

정규성 위반:

  • 경미한 위반 + 그룹당 n > 30 → 모수적 검정 진행 (강건함)
  • 중간 수준 위반 → 비모수적 대안 사용
  • 심각한 위반 → 데이터 변환 또는 비모수 검정 사용

등분산성 위반:

  • t-검정의 경우 → Welch의 t-검정 사용 (pg.ttest는 correction='auto'로 자동 적용)
  • ANOVA의 경우 → Welch의 ANOVA (pg.welch_anova) 또는 Brown-Forsythe 사용
  • 회귀의 경우 → 강건 표준 오차 또는 가중 최소 제곱 사용

선형성 위반 (회귀):

  • 다항식 항 추가, 변수 변환, 또는 비선형 모델 / GAM 사용

n이 증가함에 따라 공식 검정은 과민해집니다: n ≥ 100인 경우, Shapiro-Wilk p-값보다 Q-Q plot을 더 중요하게 고려하세요. 포괄적인 지침은 references/assumptions_and_diagnostics.md를 참조하세요.


통계 검정 실행

주요 라이브러리:

  • pingouin: 사용자 친화적인 검정으로 기본적으로 효과 크기를 반환 — 표준 검정에 선호
  • scipy.stats: 핵심 통계 검정
  • statsmodels: 회귀, 진단, 검정력 분석
  • pymc + arviz: 베이지안 모델링 및 진단

완전한 보고가 포함된 t-검정

import pingouin as pg

# correction='auto'는 분산이 같지 않을 때 Welch 보정 적용
result = pg.ttest(group_a, group_b, correction='auto')

# Pingouin >= 0.6 열 이름
t_stat = result['T'].values[0]
df = result['dof'].values[0]
p_value = result['p_val'].values[0]
cohens_d = result['cohen_d'].values[0]
ci_lower, ci_upper = result['CI95'].values[0]  # 평균 차이의 CI

print(f"t({df:.0f}) = {t_stat:.2f}, p = {p_value:.3f}, d = {cohens_d:.2f}")

ANOVA와 사후 검정

import pingouin as pg

aov = pg.anova(dv='score', between='group', data=df, detailed=True)
print(aov)

# 효과 크기: 부분 에타 제곱
eta_p2 = aov['np2'].values[0]

# 유의하면 사후 검정 수행 (Tukey HSD는 가족 단위 오류 제어)
if aov['p_unc'].values[0] < 0.05:
    posthoc = pg.pairwise_tukey(dv='score', between='group', data=df)
    print(posthoc)  # 각 쌍에 대한 Hedges' g 포함

진단이 포함된 선형 회귀

import statsmodels.api as sm
from assumption_checks import check_regression_diagnostics

X = sm.add_constant(X_predictors)  # 절편 추가
model = sm.OLS(y, X).fit()
print(model.summary())

# 4-패널 잔차 그림 + Shapiro-Wilk, Breusch-Pagan, Durbin-Watson, VIF
diag = check_regression_diagnostics(model)
print(diag['interpretation'])
print(diag['vif'])

# 이분산성이 지적된 경우, 대신 강건 표준 오차 보고
robust = model.get_robustcov_results('HC3')

베이지안 t-검정

import pymc as pm
import arviz as az
import numpy as np

with pm.Model() as model:
    # 사전 분포
    mu1 = pm.Normal('mu_group1', mu=0, sigma=10)
    mu2 = pm.Normal('mu_group2', mu=0, sigma=10)
    sigma = pm.HalfNormal('sigma', sigma=10)

    # 우도
    y1 = pm.Normal('y1', mu=mu1, sigma=sigma, observed=group_a)
    y2 = pm.Normal('y2', mu=mu2, sigma=sigma, observed=group_b)

    # 파생량
    diff = pm.Deterministic('difference', mu1 - mu2)

    trace = pm.sample(2000, tune=1000)

# ArviZ 1.x는 기본적으로 89% 구간을 사용합니다. 보고용으로는 95%를 명시적으로 요청하세요.
print(az.summary(trace, var_names=['difference'], ci_prob=0.95))

# 직접 확률 진술 (단측 질문이 이렇게 됩니다)
prob_greater = np.mean(trace.posterior['difference'].values > 0)
print(f"P(mu1 > mu2 | data) = {prob_greater:.3f}")

# ArviZ 1.x는 az.plot_posterior를 제거했습니다. plot_dist를 사용하세요. (0.x에서는 plot_posterior가 여전히 작동합니다)
az.plot_dist(trace, var_names=['difference'], ci_prob=0.95)

사전 분포를 데이터에 맞게 조정하고(예: 표준편차가 10 근처인 결과에는 sigma=10이 적합, 관찰된 SD를 가이드로 사용) 보고서에 사전 분포를 명시하세요.


효과 크기

효과 크기는 크기를 정량화합니다. p-값은 존재만을 나타냅니다. 모든 검정에 대해 효과 크기를 보고하세요. 전체 가이드는 references/effect_sizes_and_power.md를 참조하세요.

빠른 참조: 일반적인 효과 크기

검정효과 크기작음중간큼
t-검정Cohen's d0.200.500.80
ANOVAη²_p0.010.060.14
상관r0.100.300.50
회귀R²0.020.130.26
카이제곱Cramér's V0.070.210.35

기준은 관례일 뿐, 법칙이 아닙니다 — "작은" 효과가 엄청나게 중요할 수 있고(약물 부작용), "큰" 효과가 사소할 수 있습니다. 맥락에 따라 해석하세요.

효과 크기 계산

Pingouin은 검정과 함께 효과 크기를 반환합니다 (pg.ttest의 cohen_d, pg.anova의 np2, pg.pairwise_tukey의 hedges; pg.corr의 r은 자체로 효과 크기입니다).

효과 크기에 대한 신뢰 구간

효과 크기의 정밀도를 보여주기 위해 CI를 보고하세요. pg.compute_esci를 사용하세요 (참고: pg.compute_effsize_from_t는 점 추정치만 반환하며 CI를 반환하지 않습니다):

import pingouin as pg

d = pg.compute_effsize(group_a, group_b, eftype='cohen')
ci_lower, ci_upper = pg.compute_esci(stat=d, nx=len(group_a), ny=len(group_b),
                                     eftype='cohen', confidence=0.95)
print(f"d = {d:.2f}, 95% CI [{ci_lower:.2f}, {ci_upper:.2f}]")

검정력 분석

사전 검정력 분석 (연구 계획)

데이터 수집 전에 필요한 표본 크기를 결정합니다:

from statsmodels.stats.power import tt_ind_solve_power, FTestAnovaPower

# t-검정: d = 0.5를 탐지하려면 그룹당 몇 명이 필요한가?
n_required = tt_ind_solve_power(
    effect_size=0.5,
    alpha=0.05,
    power=0.80,
    ratio=1.0,
    alternative='two-sided'
)
print(f"필요한 그룹당 n: {n_required:.0f}")

# 일원 ANOVA: Cohen's f = 0.25를 탐지하려면 몇 명이 필요한가?
# 참고: k_groups는 그룹 수; effect_size는 Cohen's f (f = sqrt(eta2/(1-eta2)));
# solve_power는 그룹별 n이 아닌 전체 표본 크기를 반환합니다.
import math
anova_power = FTestAnovaPower()
n_total = anova_power.solve_power(
    effect_size=0.25,
    k_groups=3,
    alpha=0.05,
    power=0.80
)
print(f"필요한 전체 N: {math.ceil(n_total)} (그룹당 {math.ceil(n_total / 3)}명)")

민감도 분석 (연구 후)

연구가 어떤 효과 크기를 탐지할 수 있었는지 결정합니다:

# 그룹당 n=50일 때, 80% 검정력으로 탐지 가능한 효과 크기는?
detectable_d = tt_ind_solve_power(
    effect_size=None,  # 이것에 대해 풀기
    nobs1=50,
    alpha=0.05,
    power=0.80,
    ratio=1.0,
    alternative='two-sided'
)
print(f"연구는 d >= {detectable_d:.2f}를 탐지할 수 있음")

참고: 사후 "관찰된 검정력"(관찰된 효과로 검정력 계산)은 순환적이며 오해의 소지가 있습니다 — 이는 p-값의 결정론적 함수입니다. 연구가 완료되었고 누군가 검정력에 대해 묻는다면, 대신 민감도 분석을 실행하세요.

자세한 지침은 references/effect_sizes_and_power.md를 참조하세요.


결과 보고

APA 스타일은 references/reporting_standards.md를 따르세요. 모든 보고서에는 다음이 필요합니다:

  1. 기술 통계: 모든 그룹/변수에 대한 M, SD, n
  2. 검정 통계량: 검정 이름, 통계량, 자유도, 정확한 p-값 (p = .034, p < .05가 아님; .001 미만에서만 p < .001 사용)
  3. 효과 크기: 신뢰 구간 포함
  4. 가정 확인: 실행된 검정, 결과, 취해진 조치
  5. 모든 계획된 분석: 유의하지 않은 결과도 포함 — 생략은 체리 피킹입니다

예시 보고 템플릿

독립 표본 t-검정

그룹 A (n = 48, M = 75.2, SD = 8.5)는 그룹 B (n = 52, M = 68.3, SD = 9.2)보다 유의하게 높은 점수를 보였으며,
t(98) = 3.42, p = .001, d = 0.68, 95% CI [0.30, 1.06]이었습니다.

일원 ANOVA

일원 ANOVA를 통해 그룹 간 점수에 유의한 차이가 있는 것으로 나타났습니다,
F(2, 147) = 5.23, p = .006, η²_p = .066, 90% CI [.012, .141].
Tukey HSD 사후 검정 결과, 그룹 A(M = 75.2, SD = 8.5)가 그룹 B(M = 68.3, SD = 9.2)보다 유의하게 높았으며,
p = .004, Hedges' g = 0.72입니다. 그룹 C와의 다른 차이는 유의하지 않았습니다(p > .05).

참고: ANOVA 부분 η²에 대한 보고 신뢰 구간은 90% CI입니다(Cohen, 1973; APA Publication Manual에 따름). pingouin 또는 scripts/effect_size_helpers.py의 compute_eta2_ci를 사용하세요.


추가 리소스

참조 문서:

  • references/bayesian_statistics.md — 가설 검정을 위한 베이지안 방법
  • references/effect_sizes_and_power.md — 효과 크기 및 검정력 분석
  • references/assumptions_and_diagnostics.md — 포괄적인 가정 확인
  • references/test_selection_guide.md — 전체 검정 선택
  • references/reporting_standards.md — APA 보고 기준

관련 스킬:

  • statsmodels — 모델별 API (OLS, GLM, ARIMA)
  • pymc — 베이지안 모델링 워크플로우

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

analytical-method-validation

Plan, execute, and document validation, verification, and transfer of analytical procedures under the governing framework - ICH Q2(R2) and Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10 bioanalytical, CLSI EP, or ISO/IEC 17025. Use for HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, dissolution, qNMR, qPCR, NIR, and ligand binding or cell-based assays whenever the question is whether a procedure is fit for its intended purpose. Triggers include

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

>

biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

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