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análise-estatística

Análise estatística guiada para dados de pesquisa – seleção de testes, verificação de pressupostos, tamanhos de efeito, análise de poder, alternativas bayesianas e relatórios no formato APA. Use sempre que o usuário quiser comparar grupos, testar uma hipótese, analisar dados experimentais ou de pesquisa, verificar pressupostos estatísticos, calcular tamanhos amostrais necessários ou redigir resultados – mesmo que ele nunca nomeie um teste específico. Abrange testes t, ANOVA, qui-quadrado, correlação, regressão, métodos não paramétricos e bayesianos. Para APIs de modelo de baixo nível, consulte as habilidades statsmodels e pymc.

O que é análise-estatística?

Esta habilidade (skill) capacita agentes de IA a realizar análises estatísticas completas e robustas para dados de pesquisa, seguindo um fluxo de trabalho sistemático: desde a formulação da pergunta até o relatório final no formato APA. Ela automatiza a tarefa de escolher o teste estatístico correto (testes t, ANOVA, qui-quadrado, correlação, regressão, métodos não paramétricos e bayesianos), verificar os pressupostos subjacentes a cada teste (normalidade, homogeneidade de variâncias, linearidade) com funções dedicadas, calcular tamanhos de efeito com intervalos de confiança e realizar análises de poder para planejamento de estudos. Projetada para ser usada em plataformas como Claude Code, Cursor ou Codex, a skill utiliza as bibliotecas Python pingouin, statsmodels, scipy, PyMC e ArviZ. Ela é particularmente útil para evitar erros comuns, como p-hacking, e garante que cada análise seja defensável e reproduzível, documentando cada etapa. A habilidade também oferece orientações claras sobre o que fazer quando os pressupostos são violados, incluindo alternativas paramétricas e não paramétricas, e fornece modelos de relatório prontos para uso.

Funciona com~Claude Code~Codex CLI~Cursor
npx skills add https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/statistical-analysis

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Documentação

Análise Estatística

Visão Geral

Conduza testes de hipóteses (testes t, ANOVA, qui-quadrado), regressão, correlação e análises bayesianas com verificação sistemática de pressupostos, tamanhos de efeito e relatórios no estilo APA. O objetivo é uma análise que um revisor não conseguiria desmontar: o teste correto, pressupostos verificados, tamanhos de efeito honestos e um relatório completo.

Quando Usar Esta Habilidade

Use esta habilidade quando:

  • Conduzir testes de hipóteses estatísticas (testes t, ANOVA, qui-quadrado, não paramétricos)
  • Realizar análises de regressão ou correlação
  • Executar análises estatísticas bayesianas
  • Verificar pressupostos e diagnósticos estatísticos
  • Calcular tamanhos de efeito e conduzir análises de poder
  • Relatar resultados estatísticos no formato APA
  • Analisar dados experimentais ou observacionais para pesquisa

Instalação

Use o uv para instalar as bibliotecas utilizadas nesta habilidade. Fixe as versões em produção; instalações sem fixação são adequadas para exploração.

# Stack frequentista central (Python 3.10+; 3.12+ recomendado para as versões mais recentes de SciPy/ArviZ)
uv pip install "pingouin>=0.6" "scipy>=1.11" "statsmodels>=0.14.6" pandas matplotlib seaborn

# Modelagem Bayesiana (PyMC 5 + ArviZ)
uv pip install "pymc>=5.0" "arviz>=1.0"

Notas de compatibilidade (verificadas com pingouin 0.6.1, statsmodels 0.14.6, arviz 1.2, 2026):

  • Pingouin 0.6.0 renomeou colunas de saída para remover caracteres especiais: p_val, cohen_d, CI95, p_unc (anteriormente p-val, cohen-d, CI95%, p-unc na versão 0.5.x). Os exemplos abaixo usam os nomes atuais; se estiver preso na versão 0.5.x, use os formulários com hífen.
  • statsmodels + SciPy: use statsmodels>=0.14.6 com scipy>=1.11 para evitar erros de importação _lazywhere no SciPy 1.16+.
  • ArviZ 1.x: az.summary() agora usa como padrão intervalos de 89% (colunas eti89) e o parâmetro de largura é ci_prob (não hdi_prob). Para relatar um intervalo de credibilidade convencional de 95%, passe az.summary(trace, ci_prob=0.95).
  • Fatores de Bayes unilaterais foram removidos do Pingouin: pg.ttest(..., alternative='greater') silencia a coluna BF10, e pg.bayesfactor_ttest gera um erro para alternativas unilaterais. Para testes bayesianos unilaterais, use o PyMC diretamente (calcule a probabilidade posterior da hipótese direcional) ou o BayesFactor do JASP/R.

Para APIs específicas de modelo (OLS, GLM, ARIMA), consulte a habilidade statsmodels. Para fluxos de trabalho com PyMC, consulte a habilidade pymc.


Fluxo de Trabalho da Análise

Toda análise sólida segue o mesmo arco. Pular etapas é como as análises acabam sendo retratadas, então trabalhe através delas em ordem e diga o que você fez em cada uma.

  1. Formule a pergunta antes de tocar nos dados. Declare a hipótese, as variáveis de resultado e preditoras, e o desenho (grupos independentes vs. pareados, número de grupos). Comprometa-se com um teste planejado agora — escolher o teste depois de espiar os resultados é p-hacking, mesmo quando feito inocentemente.
  2. Inspecione os dados. Por grupo: n, média, DP, mediana, valores ausentes. Plote os dados brutos (histogramas ou box plots) antes de qualquer teste. Tamanhos de grupo desiguais, dados ausentes, efeitos teto/chão e outliers todos alteram qual teste é apropriado — apresente-os ao usuário em vez de contorná-los silenciosamente.
  3. Selecione o teste usando a referência rápida abaixo, ou references/test_selection_guide.md para desenhos além do básico (contagens, tempo até evento, confiabilidade, fatorial).
  4. Verifique os pressupostos com scripts/assumption_checks.py. Se um pressuposto falhar, mude para o teste corretivo (tabela abaixo) e relate tanto o plano quanto a mudança.
  5. Execute o teste e sempre calcule o tamanho do efeito junto com ele — um valor p diz que um efeito existe; o tamanho do efeito diz se alguém deveria se importar.
  6. Relate usando os templates APA abaixo, incluindo descritivas, estatísticas exatas, tamanhos de efeito com ICs e as verificações de pressupostos realizadas.

Se o usuário precisar apenas de uma etapa (por exemplo, "quantos participantes eu preciso?"), vá direto para essa seção — mas ainda confirme os pressupostos de desenho nos quais o cálculo se baseia.


Guia de Seleção de Testes

Referência Rápida: Escolhendo o Teste Correto

Use references/test_selection_guide.md para orientação abrangente (contagens, sobrevivência, confiabilidade, desenhos fatoriais). Referência rápida:

Comparando Dois Grupos:

  • Independente, contínuo, normal → Teste t independente
  • Independente, contínuo, não normal → Teste U de Mann-Whitney
  • Pareado, contínuo, normal → Teste t pareado
  • Pareado, contínuo, não normal → Teste de Wilcoxon (signed-rank)
  • Resultado binário → Qui-quadrado ou teste exato de Fisher

Comparando 3+ Grupos:

  • Independente, contínuo, normal → ANOVA de uma via
  • Independente, contínuo, não normal → Teste de Kruskal-Wallis
  • Pareado, contínuo, normal → ANOVA de medidas repetidas
  • Pareado, contínuo, não normal → Teste de Friedman

Relações:

  • Duas variáveis contínuas → Correlação de Pearson (normal) ou Spearman (não normal)
  • Resultado contínuo com preditor(es) → Regressão linear
  • Resultado binário com preditor(es) → Regressão logística

Alternativas Bayesianas: Todos os testes têm versões bayesianas que fornecem declarações de probabilidade diretas sobre hipóteses, Fatores de Bayes que quantificam evidências e a capacidade de apoiar a hipótese nula. Veja references/bayesian_statistics.md.


Verificação de Pressupostos

Sempre verifique os pressupostos antes de interpretar os resultados dos testes e relate as verificações — os revisores as procuram.

Use o módulo fornecido scripts/assumption_checks.py. Execute o Python a partir do diretório da habilidade (skills/statistical-analysis/) ou adicione scripts/ ao sys.path:

from assumption_checks import comprehensive_assumption_check

# Outliers + normalidade (por grupo) + homogeneidade de variância, com gráficos
results = comprehensive_assumption_check(
    data=df,
    value_col='score',
    group_col='group',  # Opcional: para comparações de grupo
    alpha=0.05
)

Para verificações direcionadas, importe funções individuais:

from assumption_checks import (
    check_normality,                # Shapiro-Wilk + gráfico Q-Q + histograma
    check_normality_per_group,
    check_homogeneity_of_variance,  # Teste de Levene + box plots
    check_linearity,                # gráfico de dispersão + resíduos para regressão simples
    check_regression_diagnostics,   # diagnósticos completos de OLS (veja Regressão abaixo)
    detect_outliers                 # métodos IQR ou z-score
)

result = check_normality(data=df['score'], name='Test Score', alpha=0.05, plot=True)
print(result['interpretation'])
print(result['recommendation'])

O Que Fazer Quando os Pressupostos São Violados

Normalidade violada:

  • Violação leve + n > 30 por grupo → Proceda com teste paramétrico (robusto)
  • Violação moderada → Use alternativa não paramétrica
  • Violação severa → Transforme os dados ou use teste não paramétrico

Homogeneidade de variância violada:

  • Para teste t → Use o teste t de Welch (pg.ttest aplica-o automaticamente com correction='auto')
  • Para ANOVA → Use ANOVA de Welch (pg.welch_anova) ou Brown-Forsythe
  • Para regressão → Use erros padrão robustos ou mínimos quadrados ponderados

Linearidade violada (regressão):

  • Adicione termos polinomiais, transforme variáveis ou use modelos não lineares / GAM

Testes formais tornam-se excessivamente sensíveis à medida que n cresce: para n ≥ 100, pese o gráfico Q-Q mais fortemente do que o valor p de Shapiro-Wilk. Veja references/assumptions_and_diagnostics.md para orientação abrangente.


Executando Testes Estatísticos

Bibliotecas principais:

  • pingouin: testes fáceis de usar que retornam tamanhos de efeito por padrão — prefira-o para testes padrão
  • scipy.stats: testes estatísticos principais
  • statsmodels: regressão, diagnósticos, análise de poder
  • pymc + arviz: modelagem bayesiana e diagnósticos

Teste T com Relatório Completo

import pingouin as pg

# correction='auto' aplica a correção de Welch quando as variâncias são desiguais
result = pg.ttest(group_a, group_b, correction='auto')

# Nomes de colunas do Pingouin >= 0.6
t_stat = result['T'].values[0]
df = result['dof'].values[0]
p_value = result['p_val'].values[0]
cohens_d = result['cohen_d'].values[0]
ci_lower, ci_upper = result['CI95'].values[0]  # IC para a diferença das médias

print(f"t({df:.0f}) = {t_stat:.2f}, p = {p_value:.3f}, d = {cohens_d:.2f}")

ANOVA com Testes Post-Hoc

import pingouin as pg

aov = pg.anova(dv='score', between='group', data=df, detailed=True)
print(aov)

# Tamanho do efeito: eta-quadrado parcial
eta_p2 = aov['np2'].values[0]

# Se for significativo, conduza testes post-hoc (Tukey HSD controla o erro familiar)
if aov['p_unc'].values[0] < 0.05:
    posthoc = pg.pairwise_tukey(dv='score', between='group', data=df)
    print(posthoc)  # inclui g de Hedges por par

Regressão Linear com Diagnósticos

import statsmodels.api as sm
from assumption_checks import check_regression_diagnostics

X = sm.add_constant(X_predictors)  # Adiciona intercepto
model = sm.OLS(y, X).fit()
print(model.summary())

# Gráfico de resíduos de 4 painéis + Shapiro-Wilk, Breusch-Pagan, Durbin-Watson, VIF
diag = check_regression_diagnostics(model)
print(diag['interpretation'])
print(diag['vif'])

# Se heterocedasticidade foi sinalizada, relate erros padrão robustos
robust = model.get_robustcov_results('HC3')

Teste T Bayesiano

import pymc as pm
import arviz as az
import numpy as np

with pm.Model() as model:
    # Prioris
    mu1 = pm.Normal('mu_group1', mu=0, sigma=10)
    mu2 = pm.Normal('mu_group2', mu=0, sigma=10)
    sigma = pm.HalfNormal('sigma', sigma=10)

    # Verossimilhança
    y1 = pm.Normal('y1', mu=mu1, sigma=sigma, observed=group_a)
    y2 = pm.Normal('y2', mu=mu2, sigma=sigma, observed=group_b)

    # Quantidade derivada
    diff = pm.Deterministic('difference', mu1 - mu2)

    trace = pm.sample(2000, tune=1000)

# ArviZ 1.x usa intervalos de 89% como padrão; solicite 95% explicitamente para relatório
print(az.summary(trace, var_names=['difference'], ci_prob=0.95))

# Declaração de probabilidade direta (é nisso que perguntas unilaterais se tornam)
prob_greater = np.mean(trace.posterior['difference'].values > 0)
print(f"P(mu1 > mu2 | dados) = {prob_greater:.3f}")

# ArviZ 1.x removeu az.plot_posterior; use plot_dist (no 0.x, plot_posterior ainda funciona)
az.plot_dist(trace, var_names=['difference'], ci_prob=0.95)

Escalone as prioris para os dados (por exemplo, sigma=10 é adequado para resultados com DP próximo de 10; use o DP observado como guia) e declare as prioris no relatório.


Tamanhos de Efeito

Tamanhos de efeito quantificam a magnitude; valores p apenas indicam existência. Relate um para cada teste. Veja references/effect_sizes_and_power.md para o guia completo.

Referência Rápida: Tamanhos de Efeito Comuns

TesteTamanho do EfeitoPequenoMédioGrande
Teste td de Cohen0,200,500,80
ANOVAη²_p0,010,060,14
Correlaçãor0,100,300,50
RegressãoR²0,020,130,26
Qui-quadradoV de Cramér0,070,210,35

Os pontos de referência são convenções, não leis — um efeito "pequeno" pode ser enormemente importante (efeitos colaterais de medicamentos) e um "grande" pode ser trivial. Interprete no contexto.

Calculando Tamanhos de Efeito

Pingouin retorna tamanhos de efeito com seus testes (cohen_d de pg.ttest, np2 de pg.anova, hedges de pg.pairwise_tukey; r de pg.corr já é um tamanho de efeito).

Intervalos de Confiança para Tamanhos de Efeito

Relate um IC para o tamanho do efeito para mostrar sua precisão. Use pg.compute_esci (nota: pg.compute_effsize_from_t retorna apenas a estimativa pontual — ela não retorna um IC):

import pingouin as pg

d = pg.compute_effsize(group_a, group_b, eftype='cohen')
ci_lower, ci_upper = pg.compute_esci(stat=d, nx=len(group_a), ny=len(group_b),
                                     eftype='cohen', confidence=0.95)
print(f"d = {d:.2f}, 95% IC [{ci_lower:.2f}, {ci_upper:.2f}]")

Análise de Poder

Análise de Poder a Priori (Planejamento do Estudo)

Determine o tamanho amostral necessário antes da coleta de dados:

from statsmodels.stats.power import tt_ind_solve_power, FTestAnovaPower

# Teste t: Qual n por grupo é necessário para detectar d = 0,5?
n_required = tt_ind_solve_power(
    effect_size=0.5,
    alpha=0.05,
    power=0.80,
    ratio=1.0,
    alternative='two-sided'
)
print(f"n necessário por grupo: {n_required:.0f}")

# ANOVA de uma via: Qual n é necessário para detectar f de Cohen = 0,25?
# Notas: o parâmetro é k_groups; effect_size é f de Cohen (f = sqrt(eta2/(1-eta2)));
# e solve_power retorna o TAMANHO TOTAL da amostra, não n por grupo.
import math
anova_power = FTestAnovaPower()
n_total = anova_power.solve_power(
    effect_size=0.25,
    k_groups=3,
    alpha=0.05,
    power=0.80
)
print(f"N total necessário: {math.ceil(n_total)} ({math.ceil(n_total / 3)} por grupo)")

Análise de Sensibilidade (Pós-Estudo)

Determine qual tamanho de efeito o estudo poderia detectar:

# Com n=50 por grupo, qual efeito poderíamos detectar com 80% de poder?
detectable_d = tt_ind_solve_power(
    effect_size=None,  # Resolver para este
    nobs1=50,
    alpha=0.05,
    power=0.80,
    ratio=1.0,
    alternative='two-sided'
)
print(f"O estudo poderia detectar d >= {detectable_d:.2f}")

Nota: O "poder observado" post-hoc (calcular o poder a partir do efeito observado) é circular e enganoso — é uma função determinística do valor p. Se um estudo for concluído e alguém perguntar sobre poder, execute uma análise de sensibilidade.

Veja references/effect_sizes_and_power.md para orientação detalhada.


Relatando Resultados

Siga references/reporting_standards.md para o estilo APA. Cada relatório precisa de:

  1. Estatísticas descritivas: M, DP, n para todos os grupos/variáveis
  2. Estatísticas de teste: Nome do teste, estatística, gl, valor p exato (p = 0,034, não p < 0,05; use p < 0,001 apenas abaixo de 0,001)
  3. Tamanhos de efeito: Com intervalos de confiança
  4. Verificações de pressupostos: Quais testes foram executados, resultados e ações tomadas
  5. Todas as análises planejadas: Incluindo resultados não significativos — omiti-los é cherry-picking

Modelos de Relatório de Exemplo

Teste T Independente

O Grupo A (n = 48, M = 75,2, DP = 8,5) pontuou significativamente mais alto do que
o Grupo B (n = 52, M = 68,3, DP = 9,2), t(98) = 3,42, p = 0,001, d de Cohen = 0,78,
IC 95% [0,37, 1,19].

ANOVA de Uma Via

Uma ANOVA de uma via revelou um efeito significativo do grupo na pontuação,
F(2, 147) = 5,23, p = 0,006, η²_p = 0,07. Testes post-hoc de Tukey indicaram que
o Grupo A (M = 75,2, DP = 8,5) pontuou significativamente mais alto do que o Grupo C
(M = 68,1, DP = 9,8), g de Hedges = 0,76, IC 95% [0,30, 1,22], p = 0,004. Nenhuma
outra diferença foi significativa (ps > 0,10).

Correlação

Houve uma correlação positiva moderada entre os anos de experiência e a pontuação
de proficiência, r(128) = 0,38, IC 95% [0,22, 0,52], p < 0,001.

Regressão

O modelo de regressão linear foi significativo, F(2, 97) = 12,45, p < 0,001,
R² = 0,20, R² ajustado = 0,19. Anos de experiência (β = 0,31, p < 0,001) e
horas de treinamento (β = 0,22, p = 0,015) foram preditores significativos.
O VIF para ambos os preditores foi < 1,5, indicando baixa multicolinearidade.

Resolução de Problemas

Problema: Pingouin retorna p-val em vez de p_val

Solução: Você está usando Pingouin 0.5.x. Atualize com uv pip install "pingouin>=0.6" ou use os nomes de coluna com hífen.

Problema: Erro de importação _lazywhere

Solução: Atualize SciPy e statsmodels: uv pip install "scipy>=1.11" "statsmodels>=0.14.6".

Problema: ArviZ retorna intervalos de 89% em vez de 95%

Solução: Passe ci_prob=0.95 explicitamente em az.summary() e az.plot_dist().

Problema: Testes de normalidade ou homogeneidade são significativos para amostras grandes

Solução: Para n ≥ 100, foque em inspeções visuais (gráfico Q-Q, box plots) em vez de apenas no valor p.

Problema: Código PyMC é lento para compilar

Solução: Certifique-se de que o PyMC 5.x esteja instalado. A primeira compilação de modelo é mais lenta; execuções subsequentes são mais rápidas. Amostragem com draws=500, tune=500 para iterações rápidas de prototipação.


Leitura Adicional

Consulte references/ para:

  • test_selection_guide.md — Guia abrangente de seleção de testes
  • assumptions_and_diagnostics.md — Tratamento detalhado de pressupostos
  • effect_sizes_and_power.md — Guia completo de tamanhos de efeito e poder
  • bayesian_statistics.md — Introdução às alternativas bayesianas
  • reporting_standards.md — Modelos de relatório no formato APA

Licença

MIT

Individual skills in this repo

This repo contains 20 individual skills — each has its own dedicated page.

adaptyv

How to use the Adaptyv Bio Foundry API and Python SDK for protein experiment design, submission, and results retrieval. Use this skill whenever the user mentions Adaptyv, Foundry API, protein binding assays, protein screening experiments, BLI/SPR assays, thermostability assays, or wants to submit protein sequences for experimental characterization. Also trigger when code imports `adaptyv`, `adaptyv_sdk`, or `FoundryClient`, or references `foundry-api-public.adaptyvbio.com`.

aeon

This skill should be used for time series machine learning tasks including classification, regression, clustering, forecasting, anomaly detection, segmentation, and similarity search. Use when working with temporal data, sequential patterns, or time-indexed observations requiring specialized algorithms beyond standard ML approaches. Particularly suited for univariate and multivariate time series analysis with scikit-learn compatible APIs.

alphagenome

Look up precomputed AlphaGenome Atlas effects for any GRCh38 single-nucleotide variant (AVI score with Phred and 18 SHAP feature attributions, plus raw and quantile scores for RNA-seq, DNase, ATAC, ChIP-TF, ChIP-histone, CAGE, PRO-cap, splicing, polyadenylation and contact-map tracks), score variants or scan windows on demand with the AlphaGenome model for human and mouse (variant scoring, in silico mutagenesis, REF-versus-ALT track prediction), and build Atlas website deep links. Use when the user mentions AlphaGenome, AlphaGenome Atlas, AVI or AlphaGenome Variant Impact, DeepMind variant effect prediction, or wants to prioritise or mechanistically interpret non-coding, regulatory, splicing, enhancer, promoter, or chromatin-accessibility effects of SNVs from a VCF, credible set, or region. Research use only; not a clinical tool.

analytical-method-validation

Plan, execute, and document validation, verification, and transfer of analytical procedures under the governing framework - ICH Q2(R2) and Q14, USP <1220>/<1225>/<1226>, ICH M10 bioanalytical, CLSI EP, or ISO/IEC 17025. Use for HPLC, LC-MS/MS, GC, CE, ICP-MS, dissolution, qNMR, qPCR, NIR, and ligand binding or cell-based assays whenever the question is whether a procedure is fit for its intended purpose. Triggers include

anndata

Data structure for annotated matrices in single-cell analysis. Use when working with .h5ad files or integrating with the scverse ecosystem. This is the data format skill—for analysis workflows use scanpy; for probabilistic models use scvi-tools; for population-scale queries use cellxgene-census.

arbor

Autonomously improve a real artifact (code, training recipe, agent harness, data pipeline, prompt) against an objective and an evaluator, using Hypothesis Tree Refinement (HTR) from the Arbor paper. Use this whenever someone wants to iteratively optimize something over many experiments without overfitting — e.g.

arboreto

Infer gene regulatory networks (GRNs) from gene expression data using scalable algorithms (GRNBoost2, GENIE3). Use when analyzing transcriptomics data (bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq) to identify transcription factor-target gene relationships and regulatory interactions. Supports distributed computation for large-scale datasets.

astropy

Core Python library for astronomy and astrophysics workflows that need Astropy APIs, including units/quantities, coordinates, FITS I/O, tables, time systems, WCS, and cosmology. Use when implementing or debugging astronomical data analysis code with Astropy.

autoskill

Observe the user

benchling-integration

Benchling Python SDK and REST API integration for registry entities, inventory, ELN entries, workflows, Benchling Apps, and Data Warehouse queries. Use when automating lab data with benchling-sdk or the v2 API.

bgpt-paper-search

Search scientific papers and retrieve structured experimental data extracted from full-text studies via the BGPT MCP server. Returns 25+ fields per paper including methods, results, sample sizes, quality scores, and conclusions. Use for literature reviews, evidence synthesis, and finding experimental details not available in abstracts alone.

bids

>

biopython

Comprehensive molecular biology toolkit. Use for sequence manipulation, file parsing (FASTA/GenBank/PDB), phylogenetics, and programmatic NCBI/PubMed access (Bio.Entrez). Best for batch processing, custom bioinformatics pipelines, BLAST automation. For quick lookups use gget; for multi-service integration use bioservices.

bioservices

Unified Python interface to 40+ bioinformatics services. Use when querying multiple databases (UniProt, KEGG, ChEMBL, Reactome) in a single workflow with consistent API. Best for cross-database analysis, ID mapping across services. For quick single-database lookups use gget; for sequence/file manipulation use biopython.

bulk-rnaseq

End-to-end bulk RNA-seq orchestrator — takes raw FASTQ reads through QC and trimming (FastQC, fastp/Trim Galore), alignment and quantification (STAR, Salmon, featureCounts), assembles a gene-level counts matrix, then hands off to differential expression (pydeseq2), pathway/GSEA enrichment (pathway-enrichment), and publication figures (scientific-visualization). Use whenever the user has bulk RNA-seq reads or quant output and wants a complete, reproducible differential-expression workflow — e.g.

cellxgene-census

Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.

cirq

Google quantum computing framework. Use when targeting Google Quantum AI hardware, designing noise-aware circuits, or running quantum characterization experiments. Best for Google hardware, noise modeling, and low-level circuit design. For IBM hardware use qiskit; for quantum ML with autodiff use pennylane; for physics simulations use qutip.

citation-management

Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

clinical-decision-support

Prepare and validate research-only clinical decision-support evaluation, evidence-profile, cohort, survival, biomarker/model, privacy, and governance artifacts. Use for aggregate or synthetic research documentation and traceability—not patient care or live clinical operation.

clinical-reports

Create safety-bounded draft structures and run local deterministic checks for clinical case, diagnostic, trial, safety, and aggregate research reports. Use only with synthetic, de-identified, or aggregate inputs and verified source-fact manifests; every output requires qualified review.

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