gget は何をしますか？
gget CLIとPythonワークフロー: 迅速なゲノムデータベースクエリ、配列検索、BLASTスタイル検索、エンリッチメントチェック、再現可能なバイオインフォマティクス証拠ログを実行します。
はじめに
ggetは、公開ゲノムデータベースへの簡単なアクセスを可能にするコマンドラインツールおよびPythonライブラリです。このスキルは、AIエージェントがggetワークフローを使用して次のことを行うためのガイドを提供します:
- 遺伝子アノテーションの検索
- 配列のルックアップ
- BLAST相同性検索
- 遺伝子オントロジー(GO)エンリッチメント解析
- すべての操作の再現可能なログの生成
対応プラットフォーム
- Claude Code
- Cursor
- Codex
- コマンドラインインターフェース
- Python 3.7+
インストール
pip install gget
基本的な使用方法
遺伝子アノテーションの検索
gget search "BRCA1" -s human
配列のルックアップ
gget seq ENSG00000012048
BLAST検索
gget blast --sequence ATGC... --db refseq_rna
エンリッチメント解析
gget enrichment --genes BRCA1,TP53,EGFR --db GO_Biological_Process_2021
Pythonでのワークフロー例
import gget
# 遺伝子アノテーションの検索
annotation = gget.search("TP53", species="human")
print(annotation)
# 配列のルックアップ
sequence = gget.seq("ENSG00000141510")
# エンリッチメント解析
enrichment = gget.enrichment(["TP53", "BRCA1", "EGFR"], databases=["GO_Biological_Process_2021"])
ログ
ggetは、すべてのクエリと結果を詳細な証拠ログに記録し、研究の再現性を確保します。ログはデフォルトでgget_log.txtに保存されます。