Was macht gget?
gget CLI und Python-Workflow für schnelle genomische Datenbankabfragen, Sequenzsuche, BLAST-ähnliche Suchen, Anreicherungschecks und reproduzierbare Bioinformatik-Evidenzprotokolle.
Überblick
Das gget-Tool ermöglicht es, direkt über die Kommandozeile oder als Python-Modul auf eine Vielzahl öffentlicher Genomdatenbanken zuzugreifen. Es unterstützt gängige Operationen wie:
- Sequenzsuche: Abruf von DNA-, RNA- oder Proteinsequenzen.
- BLAST-ähnliche Suchen: Homologie-Suchen gegen Referenzdatenbanken.
- Anreicherungsanalyse: GO-Term- oder Pathway-Anreicherung basierend auf Genlisten.
- Protokollierung: Automatische Erstellung nachvollziehbarer Logs für jeden Befehl.
Installation
pip install gget
CLI-Nutzung
Sequenzabruf:
gget seq ENSG00000141510
BLAST-Suche:
gget blast --query sequence.fasta --db nr
Anreicherung:
gget enrich --genes gene_list.txt --ontology GO
Python-Modul
import gget
# Sequenz abrufen
seq = gget.seq("ENSG00000141510")
# BLAST-Suche durchführen
blast_results = gget.blast("ATCGATCG...")
# Anreicherungscheck
enrichment = gget.enrich(["TP53", "BRCA1", "EGFR"])
Plattformen
Dieser Skill ist optimiert für:
- Claude Code
- Cursor
- Codex
- Andere KI-Agenten, die CLI- oder Python-Workflows unterstützen
Lizenz
Siehe LICENSE.