affaan-m/gget

¿Qué hace gget?

Flujo de trabajo en CLI y Python para consultas rápidas en bases de datos genómicas, búsqueda de secuencias, búsquedas tipo BLAST, verificaciones de enriquecimiento y registros de evidencia bioinformática reproducibles.

Uso

CLI

gget tool [opciones] [argumento]

Python

import gget

gget.tool(argumento, opciones)

Herramientas disponibles

Herramienta	Descripción
blast	Realiza búsquedas BLAST de una secuencia o acceso contra bases de datos de nucleótidos o proteínas.
enrichr	Realiza análisis de enriquecimiento de conjuntos de genes.
search	Busca en bases de datos genómicas (NCBI, Ensembl, UniProt).
find	Encuentra genes por nombre o descripción.
muscle	Alinea secuencias músculo.
seq	Obtiene secuencias a partir de accesos.
info	Obtiene información sobre un gen o proteína.
genes	Obtiene genes asociados con una enfermedad.
convert	Convierte identificadores de genes entre bases de datos.

Ejemplos

CLI

# Buscar secuencia usando BLAST
gget blast "ATGCTAGCTAGCTA"

# Buscar enriquecimiento de genes
gget enrichr --genes CASP8 TP53 BRCA1

# Buscar un gen en NCBI
gget search -db ncbi -q TP53

Python

import gget

# Búsqueda BLAST
resultado = gget.blast("ATGCTAGCTAGCTA")
print(resultado)

# Enriquecimiento
resultado = gget.enrichr(["CASP8", "TP53", "BRCA1"], database="KEGG_2021_Human")
print(resultado)

# Búsqueda
resultado = gget.search("TP53", db="ncbi")
print(resultado)

Variables de entorno

No se requieren variables de entorno adicionales. gget usa las configuraciones predeterminadas del sistema. Opcionalmente, se pueden configurar para entornos de red:

export GGET_CACHE_DIR=/ruta/a/cache
export GGET_TIMEOUT=30

Registro de evidencia

Para un flujo reproducible, se recomienda redirigir la salida a un archivo markdown:

gget blast "ATGCTAGCTAGCTA" >> evidencia_blast.md

Plataformas compatibles

Este skill está diseñado para funcionar con:

• Claude Code
• Cursor AI
• Codex CLI

Instalación

pip install gget

O clonar e instalar desde GitHub:

git clone https://github.com/affaan-m/gget.git
cd gget
pip install -r requirements.txt

Licencia

Este proyecto está licenciado bajo la licencia MIT. Ver el archivo LICENSE para más detalles.