gget

Que fait gget ?

Utilisez cette compétence lorsqu'une tâche nécessite une requête bioinformatique rapide dans les bases de données génomiques de référence via l'interface CLI ou le package Python gget.

Quand utiliser

• Trouver des identifiants Ensembl, des métadonnées de gènes, des détails de transcrits ou des séquences.
• Effectuer des recherches BLAST ou BLAT rapides sans construire un pipeline local complet.
• Récupérer les liens vers les génomes de référence et les annotations depuis Ensembl.
• Interroger les modules de structure protéique, de voies métaboliques, de cancer, d'expression ou d'association de maladies via une interface unique.
• Créer un journal de preuves reproductible de première passe avant de passer à des outils plus lourds comme Biopython, Snakemake, Nextflow, BLAST+ ou des clients spécifiques à une base de données.

Utilisez un workflow dédié plutôt que gget lorsque la tâche nécessite une interprétation clinique réglementée, des pipelines de production à haut débit ou un contrôle précis des versions de bases de données et des index locaux.

Installation

Utilisez un environnement Python propre.

python -m venv .venv
. .venv/bin/activate
python -m pip install --upgrade pip
python -m pip install --upgrade gget
gget --help

Si uv est disponible :

uv venv
. .venv/bin/activate
uv pip install gget

Avant de vous fier à un environnement plus ancien, mettez à jour gget et vérifiez à nouveau la documentation du module. Les bases de données interrogées par gget évoluent avec le temps.

Schémas de base

Syntaxe CLI :

gget <module> [arguments] [options]

Syntaxe Python :

import gget

resultat = gget.search(["BRCA1"], species="human")
print(resultat)

Workflow courant :

1. Identifiez l'espèce, l'assemblage, le type d'ID de gène et la base de données nécessaires.
2. Consultez la documentation actuelle du module pour les arguments.
3. Exécutez d'abord une petite requête.
4. Sauvegardez la sortie avec un nom de fichier et une date explicites.
5. Enregistrez le nom du module, sa version, les arguments et les hypothèses de la base de données.

Modules courants

Utilisez la documentation en amont actuelle pour les arguments exacts. Ces modules sont souvent les premiers choix :

• gget search : trouver des identifiants Ensembl à partir de termes de recherche.
• gget info : récupérer des métadonnées pour Ensembl, UniProt ou des identifiants apparentés.
• gget seq : récupérer des séquences nucléotidiques ou d'acides aminés.
• gget ref : récupérer les liens de téléchargement du génome de référence.
• gget blast : lancer une requête BLAST rapide.
• gget blat : localiser une séquence sur les assemblages génomiques pris en charge.
• gget muscle : effectuer un alignement multiple de séquences.
• gget diamond : effectuer un alignement local de séquences par rapport à des séquences de référence.
• gget alphafold et gget pdb : inspecter les références de structure protéique.
• gget enrichr, gget opentargets, gget archs4, gget bgee, gget cbio et gget cosmic : explorer les données d'enrichissement, de cibles, d'expression, de cancer et d'association de maladies.

Ne supposez pas que chaque module prend en charge toutes les versions de Python ou tous les ensembles de dépendances. Certaines dépendances scientifiques optionnelles ont une plage de versions prise en charge plus étroite que le package de base.

Exemples rapides

Rechercher des gènes :

gget search -s human brca1 dna repair -o brca1-search.json

Récupérer les métadonnées d'un gène :

gget info ENSG00000012048 -o brca1-info.json

Récupérer une séquence :

gget seq ENSG00000012048 -o brca1-seq.fa

Lancer une petite requête BLAST :

gget blast "MEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPEN" -l 10 -o blast-results.json

Exemple Python :

import gget

genes = gget.search(["BRCA1", "DNA repair"], species="human")
infos = gget.info(["ENSG00000012048"])
sequence = gget.seq("ENSG00000012048")

Journal de reproductibilité

Pour les résultats scientifiques, incluez suffisamment de métadonnées pour rejouer la requête.

| Date | Version gget | Module | Requête | Espèce/assemblage | Sortie | Notes |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| 2026-05-11 | `gget --version` | search | `BRCA1 DNA repair` | human | `brca1-search.json` | Documentation vérifiée avant exécution |

Enregistrez également :

• La version de Python et le gestionnaire d'environnement.
• Toute dépendance optionnelle installée via gget setup.
• Les identifiants spécifiques à la base de données renvoyés par la requête.
• Si la sortie est en JSON, CSV, FASTA ou une exportation DataFrame.
• Toute échec résolu en mettant à jour gget.

Liste de vérification

• Avez-vous mis à jour ou vérifié la version installée de gget ?
• Avez-vous consulté la documentation actuelle du module en amont avant d'utiliser les arguments ?
• L'espèce ou l'assemblage est-il explicite ?
• Les identifiants sont-ils conservés exactement, y compris les préfixes Ensembl/UniProt ?
• Le résultat est-il étiqueté comme sortie de base de données plutôt que comme interprétation clinique ?
• La requête est-elle reproductible à partir de la commande sauvegardée ou de l'extrait Python ?
• Les dépendances optionnelles sont-elles installées dans un environnement isolé ?

Références

• Documentation gget
• Mises à jour gget
• Dépôt GitHub gget
• Article bioinformatique gget