gget は何をしますか？
このスキルは、タスクが「gget」CLIまたはPythonパッケージを使用してゲノム参照データベースを介した迅速なバイオインフォマティクス検索を必要とする場合に使用します。
使用するタイミング
- Ensembl ID、遺伝子メタデータ、転写産物の詳細、または配列を検索する場合。
- 完全なローカルパイプラインを構築せずに、迅速なBLASTまたはBLAT検索を実行する場合。
- Ensemblから参照ゲノムのリンクとアノテーションを取得する場合。
- 単一のインターフェースを通じて、タンパク質構造、経路、がん、発現、または疾患関連モジュールをクエリする場合。
- Biopython、Snakemake、Nextflow、BLAST+、またはデータベース固有のクライアントなどのより重いツールに移行する前に、再現可能なファーストパスエビデンスログを作成する場合。
タスクが規制された臨床的解釈、高スループットの本番パイプライン、またはデータベースバージョンとローカルインデックスに対する詳細な制御を必要とする場合は、「gget」の代わりに専用のワークフローを使用してください。
インストール
クリーンなPython環境を使用してください。
python -m venv .venv
. .venv/bin/activate
python -m pip install --upgrade pip
python -m pip install --upgrade gget
gget --help
「uv」が利用可能な場合：
uv venv
. .venv/bin/activate
uv pip install gget
古い環境に依存する前に、「gget」をアップグレードし、モジュールのドキュメントを再確認してください。ggetがクエリする上流データベースは時間の経過とともに変更されます。
基本パターン
CLIの形式：
gget <module> [arguments] [options]
Pythonの形式：
import gget
result = gget.search(["BRCA1"], species="human")
print(result)
一般的なワークフロー：
- 必要な生物種、アセンブリ、遺伝子IDタイプ、およびデータベースを特定する。
- 現在のモジュールドキュメントで引数を確認する。
- まず小さなクエリを実行する。
- 明示的なファイル名と日付を付けて出力を保存する。
- モジュール名、バージョン、引数、およびデータベースの前提条件を記録する。
一般的なモジュール
正確な引数については、現在の上流ドキュメントを参照してください。これらのモジュールは、最初の選択肢として一般的です：
gget search：検索語からEnsembl IDを検索します。gget info：Ensembl、UniProt、または関連IDのメタデータを取得します。gget seq：ヌクレオチドまたはアミノ酸配列を取得します。gget ref：参照ゲノムのダウンロードリンクを取得します。gget blast：迅速なBLASTクエリを実行します。gget blat：サポートされているゲノムアセンブリに対して配列を位置特定します。gget muscle：マルチプル配列アラインメントを実行します。gget diamond：参照配列に対するローカル配列アラインメントを実行します。gget alphafoldおよびgget pdb：タンパク質構造の参照を調査します。gget enrichr、gget opentargets、gget archs4、gget bgee、gget cbio、およびgget cosmic：エンリッチメント、ターゲット、発現、がん、および疾患関連データを探索します。
すべてのモジュールがすべてのPythonバージョンまたは依存関係セットをサポートしているとは想定しないでください。一部のオプションの科学的依存関係は、コアパッケージよりも狭いバージョンサポート範囲を持つ場合があります。
クイック例
遺伝子を検索：
gget search -s human brca1 dna repair -o brca1-search.json
遺伝子メタデータを取得：
gget info ENSG00000012048 -o brca1-info.json
配列を取得：
gget seq ENSG00000012048 -o brca1-seq.fa
小さなBLASTクエリを実行：
gget blast "MEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPEN" -l 10 -o blast-results.json
Pythonの例：
import gget
genes = gget.search(["BRCA1", "DNA repair"], species="human")
info = gget.info(["ENSG00000012048"])
sequence = gget.seq("ENSG00000012048")
再現性ログ
科学的な出力については、クエリを再現するのに十分なメタデータを含めてください。
| 日付 | gget バージョン | モジュール | クエリ | 生物種/アセンブリ | 出力 | 備考 |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| 2026-05-11 | `gget --version` | search | `BRCA1 DNA repair` | human | `brca1-search.json` | 実行前にドキュメント確認済み |
また、以下も記録してください：
- Pythonのバージョンと環境マネージャー。
gget setupを通じてインストールされたオプションの依存関係。- クエリによって返されたデータベース固有の識別子。
- 出力がJSON、CSV、FASTA、またはDataFrameエクスポートのいずれであるか。
ggetのアップグレードによって解決された障害。
レビューチェックリスト
- インストールされている
ggetのバージョンをアップグレードまたは確認しましたか？ - 引数を使用する前に、現在の上流モジュールのドキュメントを確認しましたか？
- 生物種またはアセンブリは明示的ですか？
- Ensembl/UniProtのプレフィックスを含め、識別子は正確に保持されていますか？
- 結果は、臨床的解釈ではなくデータベース出力としてラベル付けされていますか？
- 保存されたコマンドまたはPythonスニペットからクエリを再現できますか？
- オプションの依存関係は分離された環境にインストールされていますか？