gget 是做什麼的？
當任務需要透過 gget CLI 或 Python 套件快速查詢基因組參考資料庫時，請使用此技能。
使用時機
- 尋找 Ensembl ID、基因中繼資料、轉錄體細節或序列。
- 執行快速 BLAST 或 BLAT 查詢，無需建置完整的本地管線。
- 從 Ensembl 取得參考基因組下載連結與註解。
- 透過單一介面查詢蛋白質結構、訊號路徑、癌症、表現或疾病關聯模組。
- 在轉向 Biopython、Snakemake、Nextflow、BLAST+ 或特定資料庫用戶端等較重型工具前，建立可重現的初步證據記錄。
當任務需要法規級別的臨床解讀、高產量生產管線，或對資料庫版本與本地索引有精細控制需求時，請改用專屬工作流程而非 gget。
安裝
請使用乾淨的 Python 環境。
python -m venv .venv
. .venv/bin/activate
python -m pip install --upgrade pip
python -m pip install --upgrade gget
gget --help
若 uv 可用：
uv venv
. .venv/bin/activate
uv pip install gget
在依賴舊環境前，請先升級 gget 並重新檢查模組文件。gget 查詢的上游資料庫會隨時間變更。
基本模式
CLI 格式：
gget <module> [arguments] [options]
Python 格式：
import gget
result = gget.search(["BRCA1"], species="human")
print(result)
常見工作流程：
- 確定所需的物種、組裝版本、基因 ID 類型及資料庫。
- 查看目前模組文件的參數說明。
- 先執行小型查詢。
- 使用明確的檔案名稱與日期儲存輸出結果。
- 記錄模組名稱、版本、參數與資料庫假設。
常用模組
請使用最新的上游文件確認確切參數。以下為常見的優先選擇模組：
gget search：從搜尋詞尋找 Ensembl ID。gget info：取得 Ensembl、UniProt 或相關 ID 的中繼資料。gget seq：擷取核苷酸或胺基酸序列。gget ref：取得參考基因組下載連結。gget blast：執行快速 BLAST 查詢。gget blat：針對支援的基因組組裝找出序列位置。gget muscle：執行多重序列比對。gget diamond：對參考序列執行本地序列比對。gget alphafold和gget pdb：檢視蛋白質結構參考資料。gget enrichr、gget opentargets、gget archs4、gget bgee、gget cbio和gget cosmic：探索富集分析、目標、表現、癌症及疾病關聯資料。
請勿假設每個模組都支援所有 Python 版本或依賴套件集合。某些選用的科學依賴套件，其版本支援範圍比核心套件更窄。
快速範例
尋找基因：
gget search -s human brca1 dna repair -o brca1-search.json
取得基因中繼資料：
gget info ENSG00000012048 -o brca1-info.json
取得序列：
gget seq ENSG00000012048 -o brca1-seq.fa
執行小型 BLAST 查詢：
gget blast "MEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPEN" -l 10 -o blast-results.json
Python 範例：
import gget
genes = gget.search(["BRCA1", "DNA repair"], species="human")
info = gget.info(["ENSG00000012048"])
sequence = gget.seq("ENSG00000012048")
重現性記錄
為科學輸出結果加入足夠的中繼資料，以便重現查詢。
| 日期 | gget 版本 | 模組 | 查詢 | 物種/組裝 | 輸出 | 備註 |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| 2026-05-11 | `gget --version` | search | `BRCA1 DNA repair` | human | `brca1-search.json` | 執行前已檢查文件 |
同時記錄：
- Python 版本與環境管理工具。
- 透過
gget setup安裝的任何選用依賴套件。 - 查詢回傳的資料庫特定識別碼。
- 輸出格式為 JSON、CSV、FASTA 或 DataFrame 匯出。
- 任何因升級
gget而解決的失敗情況。
審查清單
- 是否已升級或驗證安裝的
gget版本？ - 使用參數前是否已檢查最新上游模組文件？
- 物種或組裝版本是否明確指定？
- 識別碼是否完全保留（包括 Ensembl/UniProt 前綴）？
- 結果是否標註為資料庫輸出而非臨床解讀？
- 從已儲存的命令或 Python 片段能否重現查詢？
- 選用依賴套件是否安裝在隔離環境中？