gget

Que fait gget ?

Utilisez cette compétence lorsqu'une tâche nécessite une recherche bioinformatique rapide dans des bases de données génomiques de référence via l'interface en ligne de commande gget ou le package Python.

Quand l'utiliser

• Trouver des identifiants Ensembl, des métadonnées de gènes, des détails sur les transcrits ou des séquences.
• Effectuer des recherches BLAST ou BLAT rapides sans construire un pipeline local complet.
• Récupérer des liens vers des génomes de référence et des annotations depuis Ensembl.
• Interroger des modules sur la structure des protéines, les voies de signalisation, le cancer, l'expression ou les associations de maladies via une interface unique.
• Créer un journal de preuves reproductible de première passe avant de passer à des outils plus lourds comme Biopython, Snakemake, Nextflow, BLAST+ ou des clients spécifiques à une base de données.

Utilisez un workflow dédié à la place de gget lorsque la tâche nécessite une interprétation clinique réglementée, des pipelines de production à haut débit, ou un contrôle précis des versions de bases de données et des index locaux.

Installation

Utilisez un environnement Python propre.

python -m venv .venv
. .venv/bin/activate
python -m pip install --upgrade pip
python -m pip install --upgrade gget
gget --help

Si uv est disponible :

uv venv
. .venv/bin/activate
uv pip install gget

Avant de vous reposer sur un environnement plus ancien, mettez à niveau gget et vérifiez à nouveau la documentation du module. Les bases de données en amont interrogées par gget évoluent avec le temps.

Modèles de base

Syntaxe en ligne de commande :

gget <module> [arguments] [options]

Syntaxe Python :

import gget

result = gget.search(["BRCA1"], species="human")
print(result)

Workflow courant :

1. Identifiez l'espèce, l'assemblage, le type d'identifiant de gène et la base de données nécessaires.
2. Vérifiez la documentation actuelle du module pour les arguments.
3. Exécutez d'abord une petite requête.
4. Sauvegardez la sortie avec un nom de fichier et une date explicites.
5. Enregistrez le nom du module, la version, les arguments et les hypothèses sur la base de données.

Modules courants

Utilisez la documentation en amont actuelle pour les arguments exacts. Ces modules sont des choix courants :

• gget search : trouver des identifiants Ensembl à partir de termes de recherche.
• gget info : récupérer des métadonnées pour Ensembl, UniProt ou des identifiants similaires.
• gget seq : récupérer des séquences nucléotidiques ou d'acides aminés.
• gget ref : récupérer les liens de téléchargement du génome de référence.
• gget blast : exécuter une requête BLAST rapide.
• gget blat : localiser une séquence par rapport à des assemblages génomiques pris en charge.
• gget muscle : exécuter un alignement de séquences multiples.
• gget diamond : exécuter un alignement local de séquences par rapport à des séquences de référence.
• gget alphafold et gget pdb : inspecter les références de structure des protéines.
• gget enrichr, gget opentargets, gget archs4, gget bgee, gget cbio et gget cosmic : explorer les données d'enrichissement, de cibles, d'expression, de cancer et d'association de maladies.

Ne supposez pas que chaque module prend en charge toutes les versions de Python ou tous les ensembles de dépendances. Certaines dépendances scientifiques facultatives ont une prise en charge de version plus restreinte que le package de base.

Exemples rapides

Trouver des gènes :

gget search -s human brca1 dna repair -o brca1-search.json

Récupérer des métadonnées de gènes :

gget info ENSG00000012048 -o brca1-info.json

Récupérer une séquence :

gget seq ENSG00000012048 -o brca1-seq.fa

Exécuter une petite requête BLAST :

gget blast "MEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPEN" -l 10 -o blast-results.json

Exemple Python :

import gget

genes = gget.search(["BRCA1", "DNA repair"], species="human")
info = gget.info(["ENSG00000012048"])
sequence = gget.seq("ENSG00000012048")

Journal de reproductibilité

Pour les résultats scientifiques, incluez suffisamment de métadonnées pour rejouer la requête.

| Date | Version de gget | Module | Requête | Espèce/assemblage | Sortie | Notes |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| 2026-05-11 | `gget --version` | search | `BRCA1 DNA repair` | human | `brca1-search.json` | Documentation vérifiée avant exécution |

Enregistrez également :

• La version de Python et le gestionnaire d'environnement.
• Toute dépendance facultative installée via gget setup.
• Les identifiants spécifiques à la base de données retournés par la requête.
• Si la sortie est au format JSON, CSV, FASTA ou un export DataFrame.
• Toute défaillance résolue par la mise à niveau de gget.

Liste de vérification

• Avez-vous mis à niveau ou vérifié la version installée de gget ?
• Avez-vous vérifié la documentation actuelle du module en amont avant d'utiliser des arguments ?
• L'espèce ou l'assemblage est-il explicite ?
• Les identifiants sont-ils préservés exactement, y compris les préfixes Ensembl/UniProt ?
• Le résultat est-il étiqueté comme une sortie de base de données plutôt qu'une interprétation clinique ?
• La requête est-elle reproductible à partir de la commande enregistrée ou de l'extrait Python ?
• Les dépendances facultatives sont-elles installées dans un environnement isolé ?

Références

• Documentation gget
• Mises à jour gget
• Dépôt GitHub gget
• Article bioinformatique gget