gget 是做什麼的？
當任務需要透過 gget CLI 或 Python 套件快速查詢基因組參考資料庫時，請使用此技能。
使用時機
- 尋找 Ensembl ID、基因元數據、轉錄本細節或序列。
- 執行快速 BLAST 或 BLAT 查詢，無需建立完整的本地管道。
- 從 Ensembl 擷取參考基因組連結與註釋。
- 透過單一介面查詢蛋白質結構、路徑、癌症、表現或疾病關聯模組。
- 在轉移至較重的工具（如 Biopython、Snakemake、Nextflow、BLAST+ 或特定資料庫用戶端）之前，建立可重現的初步證據記錄。
當任務需要受規範的臨床判讀、高產量生產流程，或對資料庫版本與本地索引進行精細控制時，請使用專用工作流程而非 gget。
安裝
使用乾淨的 Python 環境。
python -m venv .venv
. .venv/bin/activate
python -m pip install --upgrade pip
python -m pip install --upgrade gget
gget --help
如果有 uv 可用：
uv venv
. .venv/bin/activate
uv pip install gget
在依賴舊環境之前，請先升級 gget 並重新檢查模組文件。gget 查詢的上游資料庫會隨時間變動。
基本模式
CLI 格式：
gget <module> [arguments] [options]
Python 格式：
import gget
result = gget.search(["BRCA1"], species="human")
print(result)
常見工作流程：
- 識別所需的物種、組裝版本、基因 ID 類型與資料庫。
- 檢查目前模組文件中的參數。
- 先執行一個小型查詢。
- 使用明確的檔名與日期儲存輸出。
- 記錄模組名稱、版本、參數與資料庫假設。
常見模組
請使用最新的上游文件來確認確切參數。以下是常見的首選模組：
gget search：從搜尋詞找出 Ensembl ID。gget info：擷取 Ensembl、UniProt 或相關 ID 的元數據。gget seq：擷取核苷酸或胺基酸序列。gget ref：擷取參考基因組下載連結。gget blast：執行快速 BLAST 查詢。gget blat：比對序列與支援的基因組組裝版本。gget muscle：執行多序列比對。gget diamond：針對參考序列執行本地序列比對。gget alphafold與gget pdb：檢查蛋白質結構參考。gget enrichr、gget opentargets、gget archs4、gget bgee、gget cbio與gget cosmic：探索富集分析、目標、表現、癌症與疾病關聯資料。
請勿假設每個模組都支援所有 Python 版本或依賴組合。某些選用的科學運算相依套件的版本支援範圍比核心套件更窄。
快速範例
尋找基因：
gget search -s human brca1 dna repair -o brca1-search.json
擷取基因元數據：
gget info ENSG00000012048 -o brca1-info.json
擷取序列：
gget seq ENSG00000012048 -o brca1-seq.fa
執行小型 BLAST 查詢：
gget blast "MEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPEN" -l 10 -o blast-results.json
Python 範例：
import gget
genes = gget.search(["BRCA1", "DNA repair"], species="human")
info = gget.info(["ENSG00000012048"])
sequence = gget.seq("ENSG00000012048")
可重現性記錄
對於科學輸出，請包含足夠的元數據以重播查詢。
| 日期 | gget 版本 | 模組 | 查詢 | 物種/組裝 | 輸出 | 備註 |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| 2026-05-11 | `gget --version` | search | `BRCA1 DNA repair` | human | `brca1-search.json` | 執行前已檢查文件 |
同時記錄：
- Python 版本與環境管理器。
- 透過
gget setup安裝的任何選用相依套件。 - 查詢回傳的資料庫特定識別碼。
- 輸出格式為 JSON、CSV、FASTA 或 DataFrame 匯出。
- 任何透過升級
gget解決的失敗。
審查清單
- 是否已升級或驗證已安裝的
gget版本？ - 在使用參數前是否檢查了最新的上游模組文件？
- 物種或組裝版本是否明確指定？
- 識別碼是否完全保留，包括 Ensembl/UniProt 前綴？
- 結果是否標記為資料庫輸出，而非臨床判讀？
- 查詢是否可以從儲存的命令或 Python 程式碼片段中重現？
- 選用相依套件是否安裝在隔離環境中？