gget は何をしますか？
このスキルは、gget CLIまたはPythonパッケージを使用して、ゲノム参照データベースに対する迅速なバイオインフォマティクス検索が必要なタスクに使用します。
使用すべき場面
- Ensembl ID、遺伝子メタデータ、転写産物の詳細、または配列を検索する場合。
- 完全なローカルパイプラインを構築せずに、迅速なBLASTまたはBLAT検索を実行する場合。
- Ensemblから参照ゲノムのリンクとアノテーションを取得する場合。
- タンパク質構造、パスウェイ、がん、発現、または疾患関連モジュールを単一のインターフェースでクエリする場合。
- Biopython、Snakemake、Nextflow、BLAST+、またはデータベース固有のクライアントなどのより重いツールに移行する前に、再現可能な一次エビデンスログを作成する場合。
規制対象の臨床解釈、高スループットの本番パイプライン、またはデータベースバージョンとローカルインデックスを細かく制御する必要があるタスクでは、gget の代わりに専用のワークフローを使用してください。
インストール
クリーンなPython環境を使用してください。
python -m venv .venv
. .venv/bin/activate
python -m pip install --upgrade pip
python -m pip install --upgrade gget
gget --help
uv が利用可能な場合:
uv venv
. .venv/bin/activate
uv pip install gget
古い環境を再利用する前に、gget をアップグレードし、モジュールのドキュメントを確認し直してください。gget がクエリする上流データベースは時間とともに変化します。
基本的なパターン
CLIの形式:
gget <module> [arguments] [options]
Pythonの形式:
import gget
result = gget.search(["BRCA1"], species="human")
print(result)
一般的なワークフロー:
- 必要な種、アセンブリ、遺伝子IDタイプ、データベースを特定します。
- 現在のモジュールドキュメントで引数を確認します。
- 最初に小さなクエリを実行します。
- 出力を明示的なファイル名と日付で保存します。
- モジュール名、バージョン、引数、データベースの前提条件を記録します。
一般的なモジュール
正確な引数については、最新の上流ドキュメントを参照してください。これらのモジュールは一般的な最初の選択肢です:
gget search: 検索語からEnsembl IDを見つけます。gget info: Ensembl、UniProt、または関連IDのメタデータを取得します。gget seq: ヌクレオチドまたはアミノ酸配列を取得します。gget ref: 参照ゲノムのダウンロードリンクを取得します。gget blast: 高速BLASTクエリを実行します。gget blat: サポートされているゲノムアセンブリに対して配列を特定します。gget muscle: 複数配列アラインメントを実行します。gget diamond: 参照配列に対してローカル配列アラインメントを実行します。gget alphafoldおよびgget pdb: タンパク質構造参照を調べます。gget enrichr、gget opentargets、gget archs4、gget bgee、gget cbio、およびgget cosmic: エンリッチメント、ターゲット、発現、がん、および疾患関連データを探索します。
すべてのモジュールがすべてのPythonバージョンまたは依存関係セットをサポートしているとは限りません。一部のオプションの科学計算依存関係は、コアパッケージよりもバージョンサポートが狭い場合があります。
簡単な例
遺伝子を検索:
gget search -s human brca1 dna repair -o brca1-search.json
遺伝子メタデータを取得:
gget info ENSG00000012048 -o brca1-info.json
配列を取得:
gget seq ENSG00000012048 -o brca1-seq.fa
小さなBLASTクエリを実行:
gget blast "MEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPEN" -l 10 -o blast-results.json
Pythonの例:
import gget
genes = gget.search(["BRCA1", "DNA repair"], species="human")
info = gget.info(["ENSG00000012048"])
sequence = gget.seq("ENSG00000012048")
再現性ログ
科学的な出力の場合は、クエリを再実行するのに十分なメタデータを含めてください。
| 日付 | ggetバージョン | モジュール | クエリ | 種/アセンブリ | 出力 | 備考 |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| 2026-05-11 | `gget --version` | search | `BRCA1 DNA repair` | human | `brca1-search.json` | 実行前にドキュメントを確認 |
以下の項目も記録してください:
- Pythonのバージョンと環境マネージャー。
gget setupを通じてインストールされたオプションの依存関係。- クエリによって返されたデータベース固有の識別子。
- 出力がJSON、CSV、FASTA、またはDataFrameエクスポートのいずれかであること。
ggetのアップグレードによって解決された障害。
レビューチェックリスト
- インストールされている
ggetのバージョンをアップグレードまたは確認しましたか？ - 引数を使用する前に、現在の上流モジュールドキュメントを確認しましたか？
- 種またはアセンブリは明示的に指定されていますか？
- Ensembl/UniProtの接頭辞を含め、識別子は正確に保持されていますか？
- 結果は、臨床解釈ではなくデータベース出力としてラベル付けされていますか？
- クエリは、保存されたコマンドまたはPythonスニペットから再現可能ですか？
- オプションの依存関係は分離された環境にインストールされていますか？