gget 是做什么的？
当任务需要通过 gget CLI 或 Python 包对基因组参考数据库进行快速生物信息学查询时使用此技能。
使用时机
- 查找 Ensembl ID、基因元数据、转录本详情或序列。
- 运行快速 BLAST 或 BLAT 查找，无需构建完整的本地管道。
- 从 Ensembl 获取参考基因组链接和注释。
- 通过单一接口查询蛋白质结构、通路、癌症、表达或疾病关联模块。
- 在进行 Biopython、Snakemake、Nextflow、BLAST+ 或特定数据库客户端等更重型的工具之前，创建可重复的初步证据日志。
当任务需要受监管的临床解读、高吞吐量生产管道或对数据库版本和本地索引进行精细控制时，请使用专用工作流代替 gget。
安装
使用干净的 Python 环境。
python -m venv .venv
. .venv/bin/activate
python -m pip install --upgrade pip
python -m pip install --upgrade gget
gget --help
如果 uv 可用：
uv venv
. .venv/bin/activate
uv pip install gget
在依赖旧环境之前，升级 gget 并重新检查模块文档。gget 查询的上游数据库会随时间变化。
基本模式
CLI 格式：
gget <module> [arguments] [options]
Python 格式：
import gget
result = gget.search(["BRCA1"], species="human")
print(result)
常见工作流：
- 确定所需物种、组装、基因 ID 类型和数据库。
- 检查当前模块文档以获取参数。
- 先运行一个小型查询。
- 使用明确的文件名和日期保存输出。
- 记录模块名称、版本、参数和数据库假设。
常见模块
使用最新的上游文档获取确切参数。这些模块是常见首选：
gget search：通过搜索词查找 Ensembl ID。gget info：检索 Ensembl、UniProt 或相关 ID 的元数据。gget seq：获取核苷酸或氨基酸序列。gget ref：检索参考基因组下载链接。gget blast：运行快速 BLAST 查询。gget blat：将序列定位到支持的基因组组装。gget muscle：运行多序列比对。gget diamond：对参考序列进行本地序列比对。gget alphafold和gget pdb：检查蛋白质结构参考。gget enrichr、gget opentargets、gget archs4、gget bgee、gget cbio和gget cosmic：探索富集、靶点、表达、癌症和疾病关联数据。
不要假设每个模块都支持每个 Python 版本或依赖集。某些可选的科学依赖项具有比核心包更窄的版本支持。
快速示例
查找基因：
gget search -s human brca1 dna repair -o brca1-search.json
获取基因元数据：
gget info ENSG00000012048 -o brca1-info.json
获取序列：
gget seq ENSG00000012048 -o brca1-seq.fa
运行小型 BLAST 查询：
gget blast "MEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPEN" -l 10 -o blast-results.json
Python 示例：
import gget
genes = gget.search(["BRCA1", "DNA repair"], species="human")
info = gget.info(["ENSG00000012048"])
sequence = gget.seq("ENSG00000012048")
可重复性日志
对于科学输出，包含足够的元数据以重放查询。
| 日期 | gget 版本 | 模块 | 查询 | 物种/组装 | 输出 | 备注 |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
| 2026-05-11 | `gget --version` | search | `BRCA1 DNA repair` | human | `brca1-search.json` | 运行前检查了文档 |
还要记录：
- Python 版本和环境管理器。
- 通过
gget setup安装的任何可选依赖项。 - 查询返回的特定于数据库的标识符。
- 输出是 JSON、CSV、FASTA 还是 DataFrame 导出。
- 通过升级
gget解决的所有失败。
审查清单
- 您是否已升级或验证已安装的
gget版本？ - 在使用参数前，您是否检查了最新的上游模块文档？
- 物种或组装是否明确？
- 标识符是否完全保留，包括 Ensembl/UniProt 前缀？
- 结果是否被标记为数据库输出而非临床解读？
- 查询是否可通过保存的命令或 Python 片段重现？
- 可选依赖项是否安装在隔离的环境中？