NCATS ARAX
Verwenden Sie ARAX als einen eingeschränkten Dienst zur Suche in Wissensgraphen. Reichen Sie überprüfte CURIEs und explizite Biolink-Typen ein, bewahren Sie den exakten TRAPI-Austausch, untersuchen Sie Query-Edge-Bindungen und Provenienz, und behandeln Sie jeden zurückgegebenen Pfad als Kandidaten für eine nachfolgende Verifikation.
Lesen Sie query-contract.md, bevor Sie eine Abfrage erstellen. Lesen Sie output-schema.md, wenn Sie gespeicherte Artefakte, Warnungen, Provenienz oder Teilergebnisse interpretieren.
Sicherheitsgrenze
- Verwenden Sie nur öffentliche, nicht-sensitive Forschungfragen. ARAX-Statusfunktionen können Abfrage- und
Aufrufermetadaten offenlegen, selbst wenn
store=falseangefordert wird. - Übermitteln Sie keine Patienteninformationen, vertrauliche Forschungsfragen, unveröffentlichte Compound- Programme oder proprietäre Zielhypothesen.
- Stellen Sie einen zurückgegebenen Pfad nicht als validierten Mechanismus oder klinische Empfehlung dar.
- Melden Sie eine Null als "unter diesen Einschränkungen nicht zurückgegeben", niemals als Beweis, dass keine Beziehung existiert.
- Beschreiben Sie die Position als ungewichtete Antwortreihenfolge, niemals als Rank.
- Überprüfen Sie wichtige Kandidaten separat mit Fachliteratur und maßgeblichen Datenbanken.
Arbeitsablauf
- Normalisieren Sie Freitext separat, überprüfen und berichten Sie dann den vorgeschlagenen CURIE und die Kategorie.
- Wählen Sie eine typisierte Ein-Hop-Abfrage oder eine exakte Zwei-Hop-Abfrage mit beiden Endpunkten fixiert.
- Verwenden Sie die standardmäßige RTX-KG2-Suche, es sei denn, der Benutzer nennt explizit zwei bis fünf Anbieter.
- Bestätigen Sie, dass die biomedizinische Abfrage öffentlich ist, und wählen Sie ein neues oder leeres Ausgabeverzeichnis.
- Führen Sie den Client einmal aus. Ändern Sie nicht stillschweigend die Anbieterauswahl oder die Expansionsreihenfolge nach einem Fehler oder leeren Ergebnis.
- Untersuchen Sie
summary.jsonauf begrenzte Bindungen und Provenienz sowieresponse.jsonauf die exakte TRAPI-Nutzlast. - Überprüfen Sie wissenschaftlich wichtige Pfade außerhalb von ARAX.
Vorabprüfung
Überprüfen Sie die Produktions-OpenAPI, ohne eine biomedizinische Abfrage zu stellen:
python skills/ncats-arax/scripts/arax_client.py preflight
Der Client verifiziert, dass der Dienst sich als ARAX identifiziert, /query bereitstellt und eine
unterstützte TRAPI-Version meldet. Ein Nicht-Produktions-Endpunkt oder eine nicht getestete TRAPI-Serie erfordert eine explizite
Override; keine der Overrides ändert die festgelegten Abfrageformen oder -operationen.
Entität normalisieren
Die Normalisierung dient nur der Überprüfung und löst niemals eine Graphabfrage aus:
python skills/ncats-arax/scripts/arax_client.py normalize "primäre Myelofibrose" \
--expected-category biolink:Disease \
--max-synonyms 10 \
--acknowledge-public-query \
--output-dir outputs/normalize-myelofibrose
Überprüfen Sie den kanonischen Bezeichner, Namen, die Kategorie und die Synonymvorschau, bevor Sie einen CURIE verwenden. Melden
Sie alle CURIEs und Kategorien unabhängig vom Abfrageergebnis. Eine Kategoriewarnung oder ein Null-Ergebnis ist ein
Grund, den Bezeichner zu kuratieren, nicht automatisch an /query zu ketten.
Ein-Hop-Suche
Fixieren Sie mindestens einen Endpunkt und typisieren Sie beide Knoten:
python skills/ncats-arax/scripts/arax_client.py one-hop \
--subject-id CHEBI:31690 \
--subject-category biolink:SmallMolecule \
--predicate biolink:affects \
--object-id NCBIGene:25 \
--object-category biolink:Gene \
--qualifier biolink:object_aspect_qualifier=activity_or_abundance \
--qualifier biolink:object_direction_qualifier=decreased \
--acknowledge-public-query \
--output-dir outputs/imatinib-abl1
Der Lookup-Modus ist der Standard und fixiert die Expansion auf infores:rtx-kg2. Er verwendet standardmäßig 20 Ergebnisse.
Verwenden Sie --result-limit N, um 1-50 Ergebnisse anzufordern; 50 ist die harte Obergrenze in beiden Modi.
Endpunkt-fixierte Zwei-Hop-Suche
Verwenden Sie genau einen typisierten, nicht fixierten Zwischenknoten:
python skills/ncats-arax/scripts/arax_client.py two-hop \
--subject-id CHEBI:66901 \
--subject-category biolink:SmallMolecule \
--predicate-1 biolink:affects \
--intermediate-category biolink:Gene \
--predicate-2 biolink:associated_with \
--object-id MONDO:0009061 \
--object-category biolink:Disease \
--qualifier-1 biolink:object_aspect_qualifier=activity_or_abundance \
--qualifier-1 biolink:object_direction_qualifier=increased \
--expand-order right-first \
--acknowledge-public-query \
--output-dir outputs/ivacaftor-zystische-fibrose
Die Rechts-zuerst-Expansion ist der Standard. Wenn ein leeres Ergebnis einen weiteren Versuch rechtfertigt, führen Sie eine neue Abfrage
explizit mit --expand-order left-first durch und halten Sie die Läufe getrennt.
Ausgewählte-Provider-Föderation
Die Föderation ist explizit und akzeptiert zwei bis fünf benannte Anbieter:
python skills/ncats-arax/scripts/arax_client.py one-hop \
--subject-id CHEBI:31690 \
--subject-category biolink:SmallMolecule \
--predicate biolink:affects \
--object-id NCBIGene:25 \
--object-category biolink:Gene \
--mode federated \
--kp infores:rtx-kg2 \
--kp infores:molepro \
--acknowledge-public-query \
--output-dir outputs/federiert-imatinib-abl1
Die Föderation verwendet standardmäßig das harte Maximum von 50 Ergebnissen. Anbieterfehler können neben nützlichen Ergebnissen auftreten; ein solcher Lauf wird mit Exit-Code 7 beendet, nachdem seine Artefakte erhalten bleiben, und als teilweise markiert.
Gespeicherte Provenienz inspizieren
Erstellen Sie eine begrenzte Zusammenfassung ohne Netzwerkzugriff neu:
python skills/ncats-arax/scripts/arax_client.py summarize \
--request outputs/ivacaftor-zystische-fibrose/request.json \
--response outputs/ivacaftor-zystische-fibrose/response.json \
--format text
Der Inspektor akzeptiert nur dieselben eingeschränkten Abfrageformen und festgelegten Operationen, die die Live-
Befehle generieren. Verwenden Sie --format json für die normalisierte Ansicht auf der Standardausgabe.
Ergebnisse interpretieren
- Folgen Sie den Query-Edge-Bindungen jeder Analyse; fassen Sie nicht jede Kante des Wissensgraphen zusammen.
- Bewahren Sie die physischen Edge-Subject-, Predicate-, Object- und Qualifier-Werte, die von ARAX zurückgegeben werden. Zurückgegebene Prädikate oder Qualifier-Aspekte können spezifischer sein als die Abfrageeinschränkung.
- Untersuchen Sie alle Quellobjekte, einschließlich primärer, Aggregator-, unterstützender-Daten-, Upstream-Ressourcen- und Quell-Datensatz-URL-Felder.
- Behandeln Sie
publication_availability: not_returnedals fehlende Metadaten, nicht als Beweis, dass keine Publikationen existieren. - Behandeln Sie fehlende Referenzen auf Hilfsgraphen und Anbieterfehler als explizite Warnungen.
- Konsultieren Sie die rohe Antwort, wann immer die begrenzte Zusammenfassung Details auslässt oder die Dienstantwort teilweise, unbekannt oder wissenschaftlich überraschend ist.
Bewusste Ausschlüsse
Der Client hat keine Rohabfrage-, Workflow-, Operation-, Overlay-, Ranking-, Inferenz-, Link-Prediction-, Pathfinder-, ARS-, Batch-, Alle-Anbieter-, Drei-Hop-, Cache-, Daemon-, SDK-, MCP- oder Natürlichsprache-zu-TRAPI-Oberfläche. Umgehen Sie diese Grenzen nicht mit direkten HTTP-Aufrufen unter diesem Skill.