NCATS ARAX は何をしますか？
ARAX を制約付き知識グラフルックアップサービスとして使用します。レビュー済みのCURIEと明示的なBiolink型を送信し、正確なTRAPI交換を保持し、クエリエッジのバインディングと証明情報を検査し、返されたすべてのパスをその後の検証のための候補として扱います。
クエリを構築する前に query-contract.md を読んでください。保存されたアーティファクト、警告、証明情報、または部分的な結果を解釈する際は output-schema.md を読んでください。
安全境界
- 公開された非機密の研究質問のみを使用してください。ARAXのステータス機能は、
store=falseが要求された場合でも、クエリと呼び出し元のメタデータを公開する可能性があります。 - 患者情報、機密の研究質問、未発表の化合物プログラム、または独占的なターゲット仮説を送信しないでください。
- 返されたパスを検証済みのメカニズムや臨床推奨として提示しないでください。
- ゼロを「これらの制約下では返されなかった」と報告し、関係が存在しないという証拠としては決して扱わないでください。
- 位置をスコアなしの応答順序として説明し、ランクとしては決して説明しないでください。
- 重要な候補は、文献と権威データベースを使用して別途検証してください。
ワークフロー
- フリーテキストを個別に正規化し、提案されたCURIEとカテゴリを確認して報告します。
- 型指定された1ホップクエリ、または両方のエンドポイントを固定した正確に2ホップのクエリを選択します。
- ユーザーが明示的に2〜5つのプロバイダーを指定しない限り、デフォルトのRTX-KG2ルックアップを使用します。
- 生物医学クエリが公開されていることを確認し、新しい空の出力ディレクトリを選択します。
- クライアントを1回実行します。障害や空の結果が発生しても、プロバイダーの選択や展開順序を黙って変更しないでください。
summary.jsonで境界バインディングと証明情報を、response.jsonで正確なTRAPIペイロードを検査します。- 科学的に重要なパスはARAXの外部で検証してください。
事前確認
生物医学クエリを行わずに、プロダクションOpenAPIを確認します：
python skills/ncats-arax/scripts/arax_client.py preflight
クライアントは、サービスが自身をARAXとして識別し、/query エンドポイントを公開し、サポートされているTRAPIバージョンを報告することを確認します。非プロダクションエンドポイントまたは未テストのTRAPIシリーズでは明示的なオーバーライドが必要です。どちらのオーバーライドも、固定されたクエリ形状や操作を変更しません。
エンティティの正規化
正規化はレビューのみであり、グラフクエリをトリガーすることはありません：
python skills/ncats-arax/scripts/arax_client.py normalize "primary myelofibrosis" \
--expected-category biolink:Disease \
--max-synonyms 10 \
--acknowledge-public-query \
--output-dir outputs/normalize-myelofibrosis
CURIEを使用する前に、標準識別子、名前、カテゴリ、および同義語プレビューを確認してください。クエリの結果に関係なく、すべてのCURIEとカテゴリを報告してください。カテゴリの警告や結果がゼロの場合は、自動的に /query にチェーンするのではなく、識別子をキュレーションする理由となります。
1ホップルックアップ
少なくとも1つのエンドポイントを固定し、両方のノードに型を指定します：
python skills/ncats-arax/scripts/arax_client.py one-hop \
--subject-id CHEBI:31690 \
--subject-category biolink:SmallMolecule \
--predicate biolink:affects \
--object-id NCBIGene:25 \
--object-category biolink:Gene \
--qualifier biolink:object_aspect_qualifier=activity_or_abundance \
--qualifier biolink:object_direction_qualifier=decreased \
--acknowledge-public-query \
--output-dir outputs/imatinib-abl1
ルックアップモードがデフォルトであり、展開を infores:rtx-kg2 に固定します。デフォルトでは20件の結果を返します。--result-limit N を使用して1〜50件の結果を要求します。50がどちらのモードでもハードリミットです。
エンドポイント固定2ホップルックアップ
型指定された、固定されていない中間ノードを1つだけ使用します：
python skills/ncats-arax/scripts/arax_client.py two-hop \
--subject-id CHEBI:66901 \
--subject-category biolink:SmallMolecule \
--predicate-1 biolink:affects \
--intermediate-category biolink:Gene \
--predicate-2 biolink:associated_with \
--object-id MONDO:0009061 \
--object-category biolink:Disease \
--qualifier-1 biolink:object_aspect_qualifier=activity_or_abundance \
--qualifier-1 biolink:object_direction_qualifier=increased \
--expand-order right-first \
--acknowledge-public-query \
--output-dir outputs/ivacaftor-cystic-fibrosis
右側優先展開がデフォルトです。空の結果に対して別の試行を行う価値がある場合は、明示的に --expand-order left-first を指定して新しいクエリを実行し、実行結果を分離して保持してください。
選択プロバイダー連携
連携は明示的であり、2〜5つの名前付きプロバイダーを受け入れます：
python skills/ncats-arax/scripts/arax_client.py one-hop \
--subject-id CHEBI:31690 \
--subject-category biolink:SmallMolecule \
--predicate biolink:affects \
--object-id NCBIGene:25 \
--object-category biolink:Gene \
--mode federated \
--kp infores:rtx-kg2 \
--kp infores:molepro \
--acknowledge-public-query \
--output-dir outputs/federated-imatinib-abl1
連携はデフォルトでハードリミットの50件の結果を返します。プロバイダーエラーが有用な結果と共存する可能性があります。その場合、実行はアーティファクトを保持して終了コード7で終了し、部分的としてマークされます。
保存された証明情報の検査
ネットワークアクセスなしで境界サマリーを再構築します：
python skills/ncats-arax/scripts/arax_client.py summarize \
--request outputs/ivacaftor-cystic-fibrosis/request.json \
--response outputs/ivacaftor-cystic-fibrosis/response.json \
--format text
インスペクタは、ライブコマンドが生成するものと同じ制約付きリクエスト形状と固定操作のみを受け入れます。標準出力に正規化されたビューを表示するには --format json を使用します。
結果の解釈
- 各分析のクエリエッジバインディングに従ってください。すべての知識グラフエッジを要約しないでください。
- ARAXによって返された物理エッジのサブジェクト、プレディケート、オブジェクト、および修飾子の値を保持してください。返されるプレディケートや修飾子のアスペクトは、クエリ制約よりも具体的な場合があります。
- プライマリ、アグリゲータ、サポーティングデータ、アップストリームリソース、ソースレコードURLフィールドを含む、すべてのソースオブジェクトを検査してください。
publication_availability: not_returnedは、文献が存在しないという証拠ではなく、メタデータが欠落しているものとして扱ってください。- 欠落している補助グラフ参照とプロバイダー障害は、明示的な警告として扱ってください。
- 境界サマリーが詳細を省略している場合、またはサービス応答が部分的、不明、科学的に驚くべきものである場合は、生のレスポンスを参照してください。
意図的な除外事項
このクライアントには、生クエリ、ワークフロー、操作、オーバーレイ、ランキング、推論、リンク予測、Pathfinder、ARS、バッチ、全プロバイダー、3ホップ、キャッシュ、デーモン、SDK、MCP、または自然言語からTRAPIへのインターフェースは含まれていません。このスキルの下で、直接HTTP呼び出しを使用してこれらの制限を回避しないでください。